1929年， 國民黨中央《關於蒙藏之決議案》中規定，“在教育部特設專管蒙藏教育之司科”。據此，教育部於1930年成立蒙藏教育司，作為中央管理蒙藏教育及其他邊疆民族教育的行政機構。規定蒙藏教育司有以下6項任務：①關於蒙藏地方教育之調查事項；②關於蒙藏地方各種教育事業之興辦事項；⑧關於蒙藏教育師資之培養事項；④關於蒙藏子弟人學之獎勵事項；⑤關於其他蒙藏教育事項；⑥關於其他邊疆教育事項。地方民族教育行政機構是各民族省區教育廳內專設的科、股，縣教育科設的股，或指定辦理民族教育的專人。1946年，國民黨政府教育部鑒於蒙藏教育司以“蒙藏”為名設司，“易滋其他邊地民族之誤會”，遂將該司更名為“邊疆教育司”，又規定該司有以下任務：①地方各級邊疆教育之計畫考核事項；②部轄各級邊疆學校之管理考核事項；⑧邊地青年入學之獎勵指導事項；④邊疆教育人才之儲備訓練事項；⑤邊疆教育之調查研究事項；⑥關於其他邊疆教育事項。
