連雲港邊防檢查站的前身是山東邊防保衛局連雲分局，組建於1951年5月1日，1952年7月正式改編為連雲港邊防檢查站。
建站以來，先後進行了多次體制調整和改編，現歸建中國人民武裝警察部隊序列，隸屬於江蘇公安邊防總隊，為一類站。連雲港邊檢站所在口岸類型為水港（海港），種類為一類口岸，所轄水域面積29.7平方公里，現有各類碼頭泊位35個，其中萬噸級以上泊位30個；與160多個國家和地區的港口建立通航關係，辟有至歐洲、美洲、中東、東北亞、東南亞等貨櫃和貨運班輪航線40多條，並開通了至韓國仁川、平澤兩條大型客箱班輪航線，是全省唯一既有船檢業務又有旅檢業務的海港邊檢站。
2011年，共檢查出入境（港）船舶7055艘次、旅客138593人次，員工116170人次，辦理各類證件51332份，同比分別增加1.61%、2.71%、3.08%，監護船舶2856艘，出動警力52360人次，辦理船員換班10163人次，檢查登輪人員124萬多人次，辦理行政案件5起，協助海事部門開展海上救助5次，獲贈錦旗14面、表揚信9封，午夜通關23次。
