連線酶可以催化寡核苷酸模板上2條單鏈在缺口處形成磷酸二酯鍵。這種在缺口處需要單核苷酸互補的化學反應特性催生了連線酶介導技術。該技術已成功套用於對已知或未知點突變、小片段核酸插入或缺失、DNA甲基化、大規模單核苷酸多態性（SNP）分型，蛋白質-蛋白質相互作用、蛋白質-DNA相互作用的檢測以及分析。這些新的方法經過多重雜交和酶學反應後，仍能保持很高的檢測準確性，並為整個檢測反應提供了內在的質量控制校核。
