從價值層面上講，土地承包經營權流轉的法理基礎可以表述為效率與公平價值。土地承包經營權的物權基本屬性及其背後的農地利用效率最大化的現實需要，決定了土地承包經營權流轉的法律調整應該堅持效率價值取向；而土地承包經營權的物權特殊性及其所反映的人地緊張關係的現實狀況，又決定了土地承包經營權流轉的法律調整應該堅持公平價值取向。當然，統一土地承包經營權流轉法律調整的效率與公平價值取向的是社會的共同利益。
1.土地承包經營權流轉法律調整的效率價值取向
效率價值取向一直是農地立法的基本價值取向之一。從土地占有事實的保護到土地所有權的確立，從他物權在土地所有權上的發育與成長，到土地所有權的社會化運動，其目的都是為了促進農地的有效利用。土地占有事實的保護使得土地占有者獲得了一種較為穩定的占有利益，有利於調動土地占有者的生產積極性，因而土地占有的保護第一次解放了土地生產力。土地所有權的確立使得農地的保護更加充分。土地所有權被認為是權利主體對土地享有的永久的、完全的支配權.即土地所有者可以最大限度地對土地進行占有、使用、收益、處分。耕者有其田的農地所有制度就曾經激發起億萬農民耕作的巨大熱情，因而土地所有權制度的確立本身就是一種有效率的土地制度安排。土地他物權如永佃權的發育與成長，保護了土地的非所有人對土地的利用，有利於土地的非所有人對土地的勞動、資金投入。至於土地所有權的社會化運動，其目的之一也是促進土地的非所有人對土地的利用，因而也是一種有效率的安排。20世紀80年代，我國農村開始的土地制度改革，使農民獲得了對集體所有的土地的承包經營的權利。因為穩定了農民的土地權利，因而極大地提高了農民在土地上的勞動、資金投入，農業生產在短期內有了大幅度的增長。上述制度實踐的進步意義在於，有效界定土地權利人之間的利益邊界，起到了定分之爭、激發土地權利人對土地投入的作用，因而總體上有利於農地的有效利用，體現了農地制度設計的效率價值原則。
土地承包經營權流轉的法律調整同樣要服務於農地的有效利用。土地承包經營權的流轉表現了農地利用權利的動態組合，通過農地利用權利的進入與退出，達到最佳化配置農地利用權利、促進農地有效利用的目的。土地承包經營權流轉立法堅持效率價值取向的基本含義是：土地承包經營權能否流轉，以什麼樣的方式流轉，流轉的條件和程式又應該怎樣，等等，都應該堅持有利於提高土地利用效率的原則。
現行法律肯定了土地承包經營權的物權基本屬性，並明確土地承包經營權可以流轉，這是土地承包經營權流轉立法堅持效率價值取向的基本表現。允許土地承包經營權流轉，關鍵還是現實的需要。無力耕種或有其他原因不願耕種的農戶能夠將土地流轉出去，而一些種糧大戶或專業化的農業生產經營者則可以獲得更多的土地耕種。土地承包經營權流轉其實從包產到戶的第一天就開始了，近年來，隨著農民外出打工的增多，土地流轉規模越來越大，通過土地流轉形成的種植大戶也越來越多。在此，土地承包經營權的流轉溝通了農民相互之間的利益需求，土地作為主要的農業生產要素得到了最佳化配置，因而有利於土地的有效利用。在土地承包經營權以什麼樣的方式流轉方面，現行立法規定土地承包經營權可以以轉包、轉讓、互換、入股等方式流轉。但以家庭承包方式取得的土地承包經營權是否可以抵押，立法則沒有規定，學術界有不少否定意見。我們認為，從效率原則出發，應該允許以家庭承包方式取得的土地承包經營權抵押。因為這有利於土地承包經營權的資本化，有利於實現土地因素與資本因素在農業生產上的有機結合。在流轉的條件與程式制度設計方面，體現效率原則的做法應該是：明確發包人、地方政府在土地承包經營權流轉法律關係中的服務者與監督者的角色定位，建立有利於土地承包經營權人自主流轉的制度，並簡化土地的流轉程式，允許農民以簡便易行的方式流轉土地。反之，如果發包人、地方政府在土地承包經營權流轉中干預過多或者土地承包經營權流轉的程式設計過於繁瑣，就會增加土地承包經營權的流轉成本，甚至陰礙土地承包經營權的流轉，從而有礙土地的有效利用。如有學者在調查後發現，在近年來各地開展的農村土地流轉工作中，許多地方不是根據當地實際創造性地貫徹落實中央的政策精神，而是唯上、唯書，從本本和教條出發，照搬、照套《農村土地承包法》，對土地流轉制定了一系列規範性措施。如必須簽訂書面承包契約、必須經過發包方同意、必須經過鄉經管站鑑證等等。如此不僅沒有促進土地流轉，相反，還抑制、阻礙了土地流轉。此外，在土地承包經營權的流轉中，規定傭有相鄰土地使用權的本集體經濟組織的成員享有優先權，有利於提高土地的利用規模與經營效益，這應該成為土地流轉立法效率價值取向的新要求。
2.土地承包經營權流轉法律調整的公平價值取向
土地承包經營權流轉問題不僅僅是一個效率問題，還是一個社會公平問題。在我國歷史上，土地權利變更問題一向是社會矛盾、社會衝突的一個焦點，土地權利變更有可能導致土地兼併，而土地兼併問題上的矛盾與衝突又常常導致社會動亂乃至政權更迭。“一般認為，中國的改朝換代與農民起義和土地問題有直接的關係；或者說，中國歷史上的政權更迭主要起因是由於土地兼併、橫徵暴斂而將農民推上了絕路。有感於中國歷代的地權失平，民主革命的先行者孫中山先生在其《三民主義》中提出了“平均地權”的主張。繼之，農民問題和土地問題的解決成為中國現代革命的基本任務。正是因為土地問題的敏感性，土地權利的配置總是離不開“公平二字。土地承包經營權流轉關係同樣具有社會敏感性，需要一套公平的土地流轉法律制度予以調控。
土地承包經營權流轉法律調整的公平價值取向的基本含義是：土地承包經營權的流轉應該體現等價交換、尊重土地承包經營權人的意願以及社會公正的原則。根據等價交換原則，土地承包經營權的流轉不得損害原土地承包經營權人的利益，原土地承包經營權人將土地流轉出去，應該得到充分的利益補償。當然，土地承包經營權的流轉也要注意保護實際耕地者的權益。由於實踐中原土地承包經營權人利益受損情況較為常見，因而此處僅從土地承包經營權益的補償角度進行分析。等價交換原則的真正實現，有賴於對土地承包經營權的交換價值構成的正確認識與立法確認。有學者精闢地分析了土地承包經營權的交換價值構成，並以此為基礎認為土地承包經營權的流轉需要滿足以下三個方面的利益補償才為公平：一是農戶的生存保障利益補償。在中國的社會保障體系還無法容納龐大的農業人口的條件下，土地是國家和集體提供給農民就業和養老的基本的物質資料。農民承包土地是支付了對價的，即表現為一般情況下不要求社會提供生老病死的社會保障。因此，土地承包的價值在於它能夠提供農戶基本的生活所需。當土地流轉使農民失去土地承包經營權時，農戶首先必須得到與生存保障利益相稱的土地收益才為公平。現在的土地流轉極少評估土地承包經營權中的生存保障利益，這是土地流轉常常不為農民接受的根本原因。二是農業生產經營者對土地的投入利益補償。農業經營的投入主要集中在維持和改善土地的生產條件上，土地承包經營權人不僅為當年的收成而投入，也常常對土地作基礎性的長期性的投入，尤其是荒地、廢田，往往要大量投入才能變成熟地良田。投入既包括物質成本，也包括人力成本。必須根據土地的狀況合理地評估農業生產經營者在土地上的投入，在土地流轉時予以返還。三是土地流轉的增值利益分成。同一塊土地，因經營方式的不同而呈現出不同的產出能力，以規模經營、集約經營為目的的土地流轉，是以提高土地的產出能力、增加土地收益的預期為基礎的。能不能對土地流轉後的增值有一定的分成利益，往往是土地承包經營權人願不願意流轉土地承包經營權的一個重要因素。
尊重土地承包經營權人的意願是指，土地承包經營權是否流轉，以什麼樣的方式流轉，流轉給誰，流轉的面積是多少，流轉的價格高低等都是土地承包經營權人自己的事情，農村集體經濟組織及基層政府的負責人不應該過多地干預。在土地承包經營權流轉實踐中，一些地方搞所謂的“反租倒包，即將已發包給農戶的土地反租回集體，集體經過投資開發，改善生產條件後，將土地重新發包給本集體經濟組織的農戶或租賃給集體經濟組織以外的人。在這種方式流轉中發包方有可能借土地流轉之名，從承包費與租金中賺取差價。由於利益驅動，發包方有可能隨意改變土地承包關係，強迫農民進行土地流轉，侵犯農民的土地流轉自主權。儘管這種有失公平的流轉方式已被中共中央《關於做好農戶承包地使用權流轉工作的通知》明令禁止，但一些地方仍然存在，這應該引起有關部門足夠的重視。
根據社會公正原則，土地承包經營權的流轉不得導致農民流離失所，不得形成大土地經營者對失地農民勞力的奴役。土地承包經營權的流轉必然導致大量的失地農民，因此必須將失地農民保障制度建設作為土地承包經營權流轉法制建設的一項內容。從法理上講，土地承包經營權的流轉有利於土地利用效率的提高，這是有益於全社會的事情，因土地承包經營權流轉失去土地的農民自然應得到社會的保障。土地承包經營權的流轉必然導致土地的規模經營，即產生大土地利用者。可以肯定，在同一個農民集體經濟組織內部，土地承包經營權的流轉，將使一部分農民失去土地的經營權，而同時產生少數大土地經營者。這些少數的大土地經營者依靠其較為雄厚的經濟實力往往與鄉(鎮)、村的負責人等權勢者交往密切，甚至形成利益共同體，如果制度不健全，有可能形成大土地經營者奴役失地農民勞力的局面。這是社會公正的理念所不能接受的。因此，土地承包經營權流轉形成的土地集中應該有規模上的限制。至於具體以多少畝為土地規模經營的上限，各地可根據土地的豐歉程度作不同的規定。
