農副產品清選整理審計是指對農副產品收購以後的清選整理業務及其會計核算資料的真實性正確性、合理性和合法性所進行的審計。審計的主要內容是：（1）清選整理業務內部控制制度的健全性、有效性和可靠性，主要查明企業對購進的農副產品是否按要求進行清選整理；不同批次購進的農副產品是否分批進行清選整理；清達整理的原始記錄是否齊全；（2）清選整理後的分等定級是否合理；是否符合有關標準；有無故意提高或壓低等級的情況。（3）審查清選整理過程中的損耗是否真實、合理。要通過核對清選整理記錄和購進時驗收入局單上的數量（重量）、等級、查明清選整理中的損失是否真實；是否超過定額損耗，有無私分、丟失、偷竊等情況。（4）審查清選整理後商品的單價計算是否正確，有無將殘損變質的損失和其他非常損失擠入農副產品的進價成本內；
對於同一等級、同一規格但批次不同的商品，如果價格相差過大，還應進一步深入追查在收購、報耗、分等、定級、記帳和定價等環節是否出現差錯或隱藏不：常的財務損失等情況。
