軍中教長區是羅馬天主教的一種教會治理體系。是為了負責軍中的天主教信徒的宗教上的需求而建立的一種不以地區而是以各國軍隊為指向的管理體系。
1986年前他們被稱做軍中代牧區。如同宗座代牧區是由教宗選任一名主教擔任此軍中機構的代理牧者。1986年4月21日教宗若望保祿二世頒發的宗座憲令《SPIRITUALIMILITUMCURAE》(軍人之牧靈)中對於軍中的信徒之信仰需求的機構的安排變得更加完善。因而軍中代牧區得以成為正式的軍中教長區。繼而成立一種由一位主教管理的非地區性質的管理單位,早先管理這些軍中教長區的主教大多會有一個已經不存在的教區作為領銜,近日則改以所管理的教長區作為主教頭銜。這些主教或總主教也可能會由另一個教區的主教兼任。因此為了分擔教務該主教也可能派遣一名神父或輔理主教專門負責此間事務。雖然在分類上都是軍事教長區,但隨著各國軍事教長區成立時的情形的不同,因此有些軍事教長區有教區或主教區的稱呼,如美國的軍事服務總教區。