超級機器人大戰任天堂掌機系列第三彈作品（前兩作為《超級機器人大戰A》和《超級機器人大戰R》）。本作以《真蓋塔機器人世界最後之日》為故事主線，難度較前作有一定提升，此外也追加了一些新的系統。
基本介紹
背景故事,登場作品,新系統簡介,Comb武器,盾系統,
背景故事
正式步入宇宙時代的人類，不斷向宇宙深處擴展自己的生活圈。宇宙歷109年，人類和戰鬥種族，傑特拉迪遭遇，第一次宇宙戰爭爆發。戰爭中，由於和傑的一部分人達成和解協定，而順利擊破敵艦隊，使得第一次宇宙戰爭結束，然後由於戰火波及到了地面，地球被荒廢了。
地球統合政府，在傑特拉迪的協力下，展開了地球再生計畫。然後從那開始，人們加快了移居衛星殖民地的步伐，同時由於得到了傑特拉迪的超空間航法的技術，開始了對太陽系外的移民計畫。在地球環境慢慢復甦的同時，一些和政府有關者以及部分特權階級，開始了以地球為中心的回歸運動，地上人口再次增加。
然後，宇宙歷123年，想研究無限能源以及獲得蓋塔線而建立的月面研究設施，遭到名為invander的怪物的突然襲擊，激戰最後，雖然地球統合軍成功擊破invander，但是由於被戰害波及的殖民地，相對統合政府，也提出了種種保護政策。其中，遭受被害很深但又對統合政府處理善後不滿的衛星群，side3，在宇宙歷129年，以zion公國的名義發表獨立宣言。由於沒有宇宙移民者的回響，加上政府國力衰敗，導致最終戰敗。
此後，宇宙歷133年，研究蓋塔線的第一人：早乙女博士，突然對人類發起反亂。"早乙女反亂"，雖然最終以統合軍對中心地用重陽子飛彈爆擊而完結，可是，其導致的結果卻是，地面上蓋塔線污染面積加大，一度已經被被消滅的invander再一次出現在地球上。
由於一連串的事件，統合政府和宇宙移民者的對立，漸漸的在137-138年之間浮上表面，全面戰爭爆發。戰鬥中，由於統合軍內部分裂，加上以小惑星axis為據點的zion軍的攻擊，統合軍逐漸走向弱勢。為了採取對策，在歐洲特權階級集團，羅姆費拉財團的協力下，很快又組建了一直新的隊伍。而後，宇宙歷145年，羅姆費拉財團和統合軍內部結成秘密組織oz發動軍事叛變，一舉推翻了統合政府，地球圈統一政府成立。一方面，宇宙，借著這次混亂，各自的衛星群要求獨立的活動日益高漲。side2的贊斯卡爾帝國，side3的neo·zion等都發表各自的建國宣言。於是，地球圈內的各自勢力，進入了宇宙戰國時代。
終於，在neo·zion軍的小行星axis降下作戰的最後，令全人類驚訝的事，發生了……
登場作品
無限地帶23（初登場）
THE BIG O（初登場）
機動戰士高達 ~逆襲的夏亞~
真蓋塔機器人世界最後之日（初登場）
未來機器人達特紐斯（初登場）
六神合體Godmars
逾時空要塞7（初登場）
BANPRESTO原創
新系統簡介
Comb武器
這次首先加入的Comb武器使得玩家不需要Map武器也可以一擊擊破最多5架敵機！不過必須要有特定的Comb技能コンボ才可以使用。並且，武器必須有C這個標誌，表示可以連擊。這個新系統好在可以使用一次武器就可以擊倒多個敵人。這在消耗戰當中是不可多得的！又比如一些EN消費比較多的武器，像魔神凱撒一類的或者超級系主角的後繼機所持有的C屬性武器，一旦放到敵人堆里不修改EN的話，EN用完就是活靶子了。另外，使用C屬性武器的時候，根據對方或者我方第一人（即攻擊的那個人）來判定防禦、迴避的。除此以外，還有一個需要注意的是使用C屬性武器的時候必須要和敵人在同一直線上，而且是相鄰（這點特別需要注意）的才能夠連擊！！
盾系統
這次的盾系統和以往的不一樣，只要是有盾牌的機體，一旦選擇援護防禦或者防禦時，被擊中的話（除防禦時迴避成功、防禦時使用擊落切斬等特殊技）必定會使用盾防禦。這次的盾防禦和超級機器人大戰A中的盾系統不一樣，取消了SH的設定(即盾牌的HP值的設定），採用了同超級機器人大戰R一樣的盾系統。不過，對方的盾牌防禦對“直擊”這一精神是無效的。
