袁世凱利用軍事優勢與政治手腕,在南北議和中取得絕對優勢。不久,孫中山讓位於袁世凱,政府遷都至北京,史稱北洋政府。 於此時期,中華民國遭遇兩次危機,一次是袁世凱欲稱帝的洪憲帝制,最終因蔡鍔、唐繼堯與李烈鈞等人發起護國戰爭(又稱雲南起義)推翻袁世凱政府。另一次為張勛發動的溥儀復辟,最終被段祺瑞所擊敗。而後段祺瑞廢除《臨時約法》,孫中山隨即發起護法運動,於廣州建立護法政府,軍政時期開始。