元末天下大亂，許瑗胸懷鴻鵠大志，棄官雲遊江浙一帶，投奔了
朱元璋率領的起義軍。許瑗見遇到明主，十分興奮，他提出了《平亂策》等許多寶貴建議，
朱元璋都一一採納了，並當即賞賜他衣服鞍馬等，封給了博士頭銜，留在帳下，準備隨時聽取他的意見。
為奪取全國勝利，
朱元璋派遣許瑗擔任太平（今屬安徽省）知府，和通判
花雲、院判
王鼎一道駐守太平。到任以後，他們就立即著手整修城防工事，安撫百姓，發展生產，加強治安，使城區面貌煥然一新。
至正二十年（1360年），
陳友諒帶領水師，大舉進犯，包圍了太平府城。城內只有三千士兵，但由於眾志成城，防守嚴密，
陳友諒攻打了一個月，城池仍安然無恙。不幸，連降大雨，
護城河河水暴漲，攻城船隻隨之升高，
陳友諒乘夜深人靜之機，命令士卒把樓梯從大船尾部搭上城樓短牆，潛入城內。許瑗偕同
花雲、
王鼎率領眾將奮力巷戰，無奈寡不敵眾，終於被敵擒住。被捕以後，他們仍抗罵不屈，最後壯烈犧牲。當地百姓懷念他在世功德，偷偷收集許瑗遺骨、埋葬在凌火高台下。京劇《戰太平》敘述的就是這個悲壯的故事。
不久，
朱元璋收復了太平，追贈許瑗為大中大夫、
輕車都尉、高陽郡候，並在
太平府衙右側建祠祭祀。明嘉靖三十六年（1577年），為了紀念許瑗，太平知縣
龐尚鵬又在祝聖殿西側，建起了“忠臣祠”，題匾是“開國忠臣”。
