西安醫學高等專科學校藥學系現設藥學專業，分設藥品生產技術、藥品質量與安全、藥品經營與管理三個專業方向，其次共分為五個學習層次，包括三年制統招大專，三年製成考大專，普通中專，五年一貫制大專，西安交通大學遠程教育本科。
教學資源,師資力量,
教學資源
藥學專業所有的主幹課程都有與其相應的實驗室，擁有藥理學、藥物分析、藥物化學、藥劑學四個專業課實訓室，配有Agilent GC7890氣相色譜儀、紫外光譜儀、高效液相色譜儀等總值63.6萬元的專用儀器設備，能滿足學生基礎課程與公共課程的學習，並且能夠滿足專業基礎和專業課程實踐的需要，實驗室開出率100%。
校有附屬醫院四所，實習醫院40餘家，分布於全國各地，並與省內大中型製藥企業、醫藥公司、藥檢所等建立了長期合作關係，藥學系實習就業網路覆蓋省內外近30餘家企事業單位，能夠充分滿足學生頂崗實習的多種需求。2015年，藥學系配合校就業指導中心對校企合作的藥企單位進行了遴選，最終選定了“西安楊森製藥有限公司”“北京沛合健康科技有限公司西安分公司”、“西安怡康醫藥連鎖公司”“老百姓大藥房連鎖（陝西）公司”、“清華德人幸福醫藥公司”5家適合藥學生頂崗實習的合作單位，作為校外實習基地。
師資力量
藥學專業現共有專任教師52人。其中，教授3人，副教授2人，講師5人；研究生學歷13人，學士學位26人；雙師素質教師20人，具有研究生學位的專任教師達到25%以上。26名專業課教師中，其中“雙師”20人，占76.9%。專職實訓指導教師具有職業資格證書和醫院工作經歷。主講教師中副高職稱教師每年均為學生講授1-2門課。
