主要過程
爆發
獨立星系邦聯主要由商業行會、
貿易聯盟、星際銀行業集團和技術聯盟等反對共和國的組織組成。在杜庫的遊說下,數千個星系加入了獨立星系邦聯。杜庫伯爵授意吉奧諾西斯的機器人工廠生產大批戰鬥機器人,同時秘密聘請賞金獵人
詹戈·費特充當母體,在卡米諾星球為共和國生產複製人部隊,為戰爭爆發做準備。
2年後(22BBY),絕地大師歐比旺·克諾比察覺到獨立星系邦聯正在製造戰鬥機器人的事實,並且發現了卡米諾星球的複製人部隊,將這些事實報告給了銀河共和國。他隨後被邦聯逮捕。銀河議會召開緊急會議,決定授予最高議長帕爾帕廷緊急處置權,以批准組建
大共和國軍。
與此同時,歐比旺的徒弟阿納金·天行者和
銀河議會議員帕德梅·阿米達拉前往吉奧諾西斯援助克諾比,卻不幸被俘。克諾比、天行者和阿米達拉被判死刑。吉奧諾西斯人把他們送入行刑角斗場,讓野獸的尖牙利爪來處決他們。共和國的增援部隊令這一切化險為夷。絕地大師
梅斯·溫杜率領兩百名絕地對抗杜庫的部隊,他本人在戰場上將詹戈斬首。絕地大師尤達很快從卡米諾帶來了二十多萬複製人士兵。這支倉促組建的共和國常備軍經受住了吉奧諾西斯一役的戰火考驗。複製人戰爭由此爆發,絕地以將軍的身份加入
大共和國軍,指揮複製人軍隊。
經過
吉奧諾西斯戰役之後,複製人戰爭的範圍逐漸擴大到了整個銀河系。以最高議長帕爾帕廷為首的銀河共和國和以杜庫伯爵為首的的獨立星系邦聯在全銀河系範圍內展開了爭奪,共和國使用複製人部隊而獨立星系邦聯使用戰鬥機器人部隊。戰爭中湧現出許多優秀的將軍,例如共和國一方的歐比旺·克諾比和阿納金·天行者,邦聯一方的
格里弗斯將軍和
阿薩吉·文崔斯等。複製人部隊中也出現了雷克斯、科迪和福克斯還有沃爾夫等優秀的複製人指揮官。
戰爭雙方為獲得中立國家和種族的支持而費盡心機。例如赫特人,獨立星系邦聯為了取得赫特人的支持,阻止共和國使用赫特人的航路,決定與赫特人齊羅合作,綁架赫特人首領
賈巴的兒子羅塔,並栽贓共和國,令賈巴與共和國交惡。但這一陰謀被銀河議會議員帕德梅·阿米達拉得知。雖然帕德梅被齊羅的刺客機器人活捉,但她成功通知
C-3PO,並由他帶領一隊留守在科洛桑的複製人巡邏兵拘捕已加入獨立星系邦聯的齊羅,並救走帕德梅。同時,阿納金·天行者和他的學徒
阿索卡·塔諾從文崔斯那裡奪回了賈巴之子,並交還給賈巴。共和國與赫特人重歸於好。
戰爭過程中爆發了賈畢姆戰役、昂巴拉戰役等數次大型戰役,共和國與邦聯各有勝負,戰爭持續了三年之久。
結束
席捲銀河的複製人戰爭進入到第三年(19BBY),恐怖的分離勢力機器人
格里弗斯將軍奇襲銀河共和國首都,綁架了最高議長
帕爾帕廷。就在分離勢力艦隊企圖帶著人質逃離
科洛桑時,歐比旺·克諾比和阿納金·天行者登上分離勢力的旗艦“無形之手”號,展開了營救行動。
阿納金救出議長,將
杜庫伯爵斬首,然後控制“無形之手”號迫降科洛桑地表。被擊敗的分離勢力艦隊退守外環星域。分離勢力的末日似乎不遠了,但帕爾帕廷卻命令絕地將軍們加強進攻,拒絕放棄權力。
梅斯·溫杜逐漸相信議長為了個人私利而想延長戰爭。很快,阿納金·天行者知道了帕爾帕廷的真實身份——
達斯·西迪厄斯,並告知了溫杜。由於尤達在卡西剋星球忙於應付分離勢力的進攻,歐比旺在尤塔帕星球奮力追殺格里弗斯將軍,溫杜輕率地前去逮捕帕爾帕廷。
溫杜試圖殺死帕爾帕廷,阿納金·天行者不同意這么做,他砍傷了溫杜,帕爾帕廷趁機用原力閃電襲擊溫杜,溫杜戰死。被帕爾帕廷賜名為達斯·維德後,阿納金率領大名鼎鼎的
501軍團的複製人士兵消滅了
絕地聖殿中的昔日夥伴。帕爾帕廷啟動了早已計畫好的自動預防機制——66號令。遍布銀河的複製人士兵向他們的絕地將軍們開火。維德趕赴
穆斯塔法星球,將分離主義委員會一網打盡,結束了複製人戰爭。在議會的歡呼聲中,帕爾帕廷稱帝,改組
銀河共和國為
銀河帝國。
戰爭性質
複製人戰爭實際上是由西斯尊主達斯·西迪厄斯一手策劃的陰謀。西迪厄斯和學徒杜庫伯爵分別扮演戰爭的雙方,自導自演了複製人戰爭,目的是分散絕地的注意力,弱化絕地的力量,激化公眾對絕地的反感,最終達到消滅絕地武士團、建立銀河帝國的目的。杜庫伯爵和獨立星系邦聯最終都被他無情地拋棄。