蛋白質模擬的多尺度方法

《蛋白質模擬的多尺度方法》是2014年2月1日科學出版社出版的圖書，作者是Andrzej Kolinski，譯者是王存新。

基本介紹

• 書名：蛋白質模擬的多尺度方法
• 作者：Andrzej Kolinski
• 譯者：王存新
• ISBN：9787030396495
• 頁數：304
• 定價：118.00
• 出版社：科學出版社
• 出版時間：2014年2月1日
• 裝幀：平裝
• 開本：16
• 叢書名：新生物學叢書

內容簡介

《蛋白質模擬的多尺度方法》涉及蛋白質分子模擬領域內最新的綜述和通用方法，學術思想新穎，內容包括蛋白質結構預測方法、蛋白質動力學、蛋白質摺疊機理及生物大分子相互作用等方面的理論和套用，涵蓋了各種不同的採樣技術、粗粒化模型、分子對接方法的原理與方法，以及在分子設計與藥物設計等生物物理學與生物醫學方面的套用等十分廣闊的範圍。《蛋白質模擬的多尺度方法》各章的作者都是目前該領域的知名專家學者。

圖書目錄

《新生物學叢書》叢書序

譯者序

前言

第1章格子聚合物和蛋白質模型

1.1鏈分子的簡化模型

1.2簡單的格子聚合物

1.3具有類蛋白質性質的簡單格子聚合物

1.4最小類蛋白質模型

1.5高協調格子蛋白模型

1.6套用格子模型的蛋白質摺疊和結構預測

參考文獻

第2章蛋白質和多肽的多尺度對接

2.1引言

2.2剛性對接程式

2.3柔性對接

2.4CABS多尺度柔性對接

2.4.1柔性處理

2.4.2多肽對接到受體蛋白的示例

2.4.3蛋白質蛋白質對接

2.5展望

參考文獻

第3章蛋白質粗粒化模型：理論與套用

3.1引言

3.2蛋白質粗粒化模型的發展史

3.3構象空間表示方式的選擇

3.4相互作用設計形式

3.5粗粒化力場的獲得

3.5.1基本公式

3.5.2統計勢（玻耳茲曼原理）

3.5.3PMF的因子展開

3.5.4力匹配方法

3.5.5有效能量函式的最佳化

3.5.6“基於知識”和“基於物理”的勢能

3.6粗粒化模型在蛋白質結構預測中的套用

3.7粗粒化模型在研究蛋白質動力學和熱力學中的套用

3.8結論與展望

參考文獻

第4章基於原子模型和粗粒化模型的結構預測與最佳化中的構象採樣

4.1引言

4.2疊代結構最佳化框架

4.2.1採樣效率的定量度量

4.3不同解析度的蛋白質模型

4.3.1蛋白質的全原子模型

4.3.2蛋白質的粗粒化模型

4.4採樣不同蛋白質模型進行疊代最佳化

4.4.1採樣方法

4.4.2向天然態的精細最佳化

4.5結論與展望

參考文獻

.x.第5章蛋白質的有效全原子勢

5.1引言

5.2有效勢

5.3套用

5.3.1摺疊熱力學

5.3.2機械去摺疊

5.3.3聚集性

5.4結論

參考文獻

第6章蛋白質粗粒化模擬中的統計接觸勢：從兩體到多體勢

6.1引言

6.2基於知識的勢函式的發展歷史

6.2.1逆玻耳茲曼關係

6.2.2準化學近似

6.3距離無關的勢函式

6.3.1採樣權重

6.4距離相關的勢函式

6.5幾何勢函式

6.6多體勢

6.6.1四體接觸勢

6.6.2四體接觸勢的能量方程

6.7最佳化方法

6.8蛋白質統計接觸勢與理想的胺基酸相互作用模式的比較分析

6.9蛋白質粗粒化模型的統計力場

6.10基於知識勢函式的套用

6.11未來發展趨勢

參考文獻

第7章蛋白質集合運動的全原子描述和粗粒化描述之間的關聯

7.1引言

7.2蛋白質在不同時間尺度的內在動力學： 研究方法

7.2.1低能的集體激發

7.2.2結構子態

7.2.3子態之間及子態內部的漲落

7.2.4不同子態的結構漲落之間的比較

7.2.5蛋白質動力學的粗粒化描述及模擬

7.3不同時間尺度上的蛋白質內在動力學： 以腺苷酸激酶為例

7.3.1在一個近乎平坦的自由能曲面下的構象漲落： 以TAT為例

7.4結論

參考文獻

.xi.第8章基於結構的生物分子模型： 蛋白質拉伸、結節動力學、流體動力學效應及

病毒衣殼刻痕

8.1引言

8.2基於結構的蛋白質模型

8.3基於結構的DNA和樹狀分子模型

8.4基於結構的蛋白模型套用舉例

8.4.117 134個蛋白質的機械強度

8.4.2結的動力學

8.4.3膜蛋白

8.4.4流體動力學相互作用

8.4.5病毒衣殼的納米壓痕

參考文獻

第9章蛋白質能量地貌採樣——有效算法探索

9.1引言

9.2基本的模擬技術

9.2.1分子動力學模擬

9.2.2蒙特卡洛模擬

9.2.3最佳化技術

9.3先進的模擬技術

9.3.1去摺疊模擬

9.3.2先進的更新方法

9.3.3廣義系綜技術

9.4最近的套用

9.5結論

參考文獻

第10章蛋白質結構預測： 從已知結構識別匹配到片段重組

10.1引言

10.2蛋白質結構預測方法：分類與關鍵評價

10.3基於模板的蛋白質結構預測的“元”方法

10.4從多模板模型到雜合模型

10.5片段組裝： 從頭蛋白質結構預測方法的新趨勢

10.5.1基於片段組裝的從頭預測（及隨後的結構最佳化）

10.5.2包含片段組裝和摺疊模擬的混合方法

10.5.3其他基於模板預測的蛋白質結構預測方法

10.6為什麼片段組裝方法能如此成功

10.7結論與展望

參考文獻

.xii.第11章基因組水平的蛋白質結構預測

11.1引言

11.2基因組水平蛋白質結構預測領域的最前沿研究

11.3TASSER方法

11.4ITASSER方法

11.5用TASSER/ITASSER進行大規模結構預測測試

11.6大腸桿菌基因組中中等大小ORF的結構預測

11.7人類基因組中的全部907個推定GPCR的結構預測

11.8ITASSER方法套用於沙眼衣原體基因組

11.9結論

參考文獻

第12章蛋白質摺疊動力學研究的多尺度方法

12.1引言

12.2將實驗與理論模擬相結合的結構動力學研究

12.3基於高精度簡化模型的蛋白質動力學研究

12.3.1採用高精度從頭模型的蛋白質摺疊研究範例體系

12.4結論

參考文獻

第13章基於模板的蛋白質結構模型的誤差估計

13.1引言

13.2質量評價方法的概述

13.2.1基於物理學的打分

13.2.2基於知識的勢

13.2.3評價比對質量

13.3SPAD分值

13.3.1SPAD分值的定義

13.3.2SPAD與模型RMSD的相關性

13.3.3與模型局部質量的相關性

13.4結構模型的真實值質量評價

13.4.1Tondel方法

13.4.2ProQ

13.4.3TVSMod

13.4.4SubAqua方法

13.5結論

參考文獻

第14章蛋白質結構預測評價方法： 問題與對策

14.1引言

14.2模型質量的數值計算

14.3成功策略的鑑定

14.4認識蛋白質結構預測的進展

14.5模型質量的先驗評價

14.6蛋白質模型在生物醫學研究中的套用

14.7結論與展望

參考文獻

術語表

彩圖