《蛋白質摺疊和蛋白質複雜性表征》是依託南京大學，由王煒擔任項目負責人的面上項目。
《蛋白質摺疊和蛋白質複雜性表征》是依託南京大學，由王煒擔任項目負責人的面上項目。項目摘要運用凝聚態統計物理的思想和方法，通過對蛋白質系統漏斗狀能量面特性的刻畫，建立蛋白質摺疊過程的基本圖象，研究蛋白質摺疊的物理機制．從殘...
第二章 蛋白質的基本結構單位--胺基酸 11 第一節 胺基酸的結構及分類 11 第二節 胺基酸的理化性質與套用 16 第三節 胺基酸的製備、分離與分析 23 第三章 胺基酸的連線--肽鍵與肽 29 第四章 蛋白質的表征 37 第一節 蛋白質的定量 37 第二節 蛋白質純度的測定 45 第三節 蛋白質相對分子質量的測定 48 ...
從mRNA角度考慮，實際上僅包括了轉錄水平調控，並不能全面代表蛋白質表達水平。實驗也證明，組織中mRNA豐度與蛋白質豐度的相關性並不好，尤其對於低豐度蛋白質來說，相關性更差。更重要的是，蛋白質複雜的翻譯後修飾、蛋白質的亞細胞定位或遷移、蛋白質－蛋白質相互作用等則幾乎無法從mRNA水平來判斷。毋庸置疑，蛋白質...
觀察到了前人沒有揭示的生物大分子最早期的摺疊過程；進一步發展了高粘度液體超快混合技術和雙水力聚焦超快混合技術，並分別探討了G-四聚體在分子擁擠條件下的摺疊過程和蛋白質與DNA相互作用的動力學過程。本課題對於深入探討核酸和蛋白質摺疊的機制、摺疊動力學與功能的關係等基礎性生物學問題具有重要科學意義。
膜蛋白的結構與功能研究。研究動植物以及微生物在各種生命活動中的膜蛋白，包括受體蛋白、離子通道蛋白、轉運蛋白、膜整合酶的結構與功能。生物超分子複雜體系的結構與功能研究。研究生物體中由蛋白質、核酸、糖等形成的複合物、超分子複合體及亞細胞器的結構與功能。特別關注非編碼RNA和蛋白質複合物。蛋白質動態複合...
蛋白質摺疊是生物學的基本問題，但相關理論模型主要基於對可在胞外自發摺疊的、小尺寸模式蛋白的研究。C-反應蛋白（C-reactive protein, CRP）是一種典型的人類急性期因子，由五個分子量為23 kDa的相同亞基通過非共價相互作用組裝而成，其天然結構形成需要胞內環境。本項目以CRP為範例，發展了表征CRP胞內結構狀態的...
過去我們對生物的研究多是孤立在某一層次，比如：在基因表達層、蛋白質摺疊層次、酶催化層次、細胞里的定位層次等，而不是將層次之間耦聯、整合在一起，以發揮生物的最大功能。五大突破 按生態文化規律選擇五個突破口分別是：第一個突破口：離子流動力能將替代化石能和核能，成為人類廣泛使用的主要能源。如前面所述...
在那些方法中，REMD方法是模擬蛋白質摺疊最流行的方法之一。色氨酸籠 設計具有20個殘基的小蛋白Trp-cage（色氨酸籠），由於它非常小並且很容易摺疊，使它成為架起理論和實驗橋樑的理想的模型。Trp-cage(TC5B：NLYIQWLKDGGPSSGRPPS;PDBentry1L2Y)是由Neidigh等人設計，包括α-螺旋（殘基2-8）310–螺旋（殘基11-14...
1996年考入西北大學化學系分析化學專業攻讀碩士學位，師從於耿信篤教授。系統學習了色譜理論與生物大分子的分離與純化技術。畢業論文――《液－固界面上自由能分量研究及蛋白質摺疊自由能的測定》。畢業後一直在從事蛋白質變性後構象變化及蛋白質變性――復性機理的研究。2001年考入西安交通大學攻讀博士學位，師從賀浪沖...
2.發現與鑑定新型分子伴侶蛋白，闡釋其作用機理，並藉助結構生物學手段研究分子伴侶蛋白和底物的相互作用、解析並表征體內蛋白質穩態網路。3.篩選針對澱粉樣蛋白的多肽抑制劑，為預防及治療神經退行性疾病、二型糖尿病等蛋白質錯誤摺疊引起的疾病提供新的思路。4.以提升組蛋白H3K4甲基轉移酶家族的穩定性為切入點，解析...
蛋白質摺疊即生物大分子自組裝。蛋白質是由20種胺基酸組成的一維生物大分子，分為結構蛋白與功能蛋白兩類。結構蛋白組成膠原、肌肉、皮毛等組織。功能蛋白包括各種動力蛋白、信號（受體）蛋白、物質輸運（如離子通道）蛋白以及調控生化反應的酶，是生命活動的主要成分。這類大分子會自組裝成相對緊密的三維結構，生物功能...
4.4 蛋白質的摺疊 4.4.1 並非所有的蛋白質都採用穩定結構 4.4.2 球蛋白有分級結構 4.4.3 穩定的球狀結構需要組合設計策略 4.4.4 分子伴侶為摺疊提供最理想的環境 4.4.5 剛性可使蛋白質在高溫下更加穩定 4.4.6 很多蛋白質利用無序性 4.5 自組裝 4.5.1 對稱性允許具有確定大小的穩定複合體進行自...
多序列比對的目標是使得參與比對的序列中有儘可能多的列具有相同的字元，即，使得相同殘基的位點位於同一列，這樣以便於發現不同的序列之間的相似部分，從而推斷它們在結構和功能上的相似關係，主要用於分子進化關係，預測蛋白質的二級結構和三級結構、估計蛋白質摺疊類型的總數，基因組序列分析等。背景及意義 雙序列比對...
三、基於神經網路的蛋白質二級結構預測130 參考文獻135 第五章 蛋白質摺疊與遺傳算法137 第一節 蛋白質摺疊137 一、蛋白質結構及其預測方法概述137 二、蛋白質摺疊預測的模型141 三、蛋白質摺疊預測的基本方法143 第二節 蒙特卡羅方法145 一、基本蒙特卡羅方法145 二、各種採樣方法介紹147 三、馬爾可夫鏈蒙特卡羅方法...
雙親分子膜是凝聚態物理軟物質，或者叫複雜流體的前沿研究對象，是物理、化學、生物學交叉學科的研究課題。本方向的研究正在向單分子膜、生物大分子與它們的生物功能聯繫（DNA單分子彈性、蛋白質摺疊等）的理論探索擴展。原子核理論 從20世紀九十年代中期開始到本世紀初的十年內，國際上先後有一批超大型核物理實驗裝置...
為了應對多面體和多面體鏈環( polyhedral links )在DNA和蛋白質以及病毒結構的合成和表征方面取得的令人興奮的的挑戰，我們在新穎的DNA和蛋白質多面體鏈環的理論表征方面做出了重要工作。自2005年以來，本課題在SCI刊物發表14篇學術論文，開創了在DNA和蛋白質多面體上建立多面體鏈環的新方法，為理解奇特的DNA和蛋白質折...
6．6。3基於蛋白質摺疊結構的方法………．．………．240 6．6．4基於基因次序的方法………240 6．6．5基於連線的直向同源蛋白的方法………．………240 6．6．6基於代謝途徑的方法………241 問題與練習………242 參考文獻………243 第7章蛋白質結構預測………245 7．1 引言………245 7．2蛋白質二級...
儀器主要用於手性光學活性物質的研究，能夠對生物大分子、有機小分子的結構、分子構象進行表征、 能夠對分子的構象變化和分子間的相互作用進行檢測。可用於有機立體化學研究、光學活性物質純度測試、 藥物定量分析、天然有機化學、生物化學與巨觀大分子、金屬配合物化學、聚合物化學、蛋白質摺疊研究、 蛋白質熱穩定性測量...
二、流動相鹽溶液對蛋白分離的影響 三、pH值對疏水層析的影響 四、溫度對疏水層析的影響 五、添加劑對疏水層析的影響 六、蛋白質的疏水性對疏水層析的影響 第三節 疏水層析分離介質的製備 一、疏水層析分離介質的基本結構 二、多孔矽膠疏水層析分離介質的製備 三、溴化氰活化合成多糖類疏水層析分離介質 四、環氧活化...
5.4變性蛋白質復性技術124 5.4.1包含體125 5.4.2蛋白質復性126 5.5蛋白質摺疊液相色譜法130 5.5.1凝膠排阻色譜法131 5.5.2離子交換色譜法133 5.5.3親和色譜法133 5.5.4疏水相互作用色譜134 5.5.5各種色譜復性方法比較136 參考文獻137 第6章膜分離技術及在生物工程中的套用140 6.1概述140 6.1....
6.3 AI與蛋白質三維結構的從頭預測 202 6.3.1 蛋白質結構預測簡史 202 6.3.2 驅動蛋白質摺疊的物理因素 203 6.3.3 蛋白質同源性與基於實驗數據的結構預測 203 6.3.4 同源建模的一般過程 205 6.3.5 AlphaFold2的成功經驗 207 6.3.6 尚未解決的蛋白質結構預測問題 209 6.4 GPT對藥物發現與設計思路...
刪改染色質重建與表觀遺傳，修改為組蛋白修飾與表觀遺傳；刪除先入模型與動態模型，增改為組蛋白修飾和染色質重建。增添原核生物和真核生物DNA複製體的組成及其功能內容， 對DNA的鹼基突變修復機制和雙鏈斷裂修復機制內容進行修改與補充。《基因組學（第4版）》由楊金水擔任主編。另外，楊金水承擔該教材書稿的文字輸入...
蛋白質鏈是如何摺疊成為天然結構的？玻璃質動力學過程與玻璃化轉變機制 DNA超拉伸形變的機理 用統計物理學方法處理約束滿足問題面臨的五個挑戰 聚合物晶體生長動力學 質子交換膜燃料電池內的水傳輸問題 微納通道中液體的傳輸 微納通道中相變傳熱 微納米尺度流體流動與傳熱的格子-玻爾茲曼模擬 熱流科學中多尺度多物理場...
主要研究方向：具有重要生物功能的膜蛋白和蛋白質複合體的結構與功能研究；重要生物體的蛋白質組學研究；針對蛋白質研究前沿中的技術瓶頸發展相關的新技術和新方法；蛋白質的轉錄調控、翻譯摺疊及降解的分子機制研究；重要生命活動相關的蛋白質的分子作用機制；生物系統的功能元件組成、相互作用和動態變化等方面的研究；...
