兩個家族之間的對立始於英王理查二世被他堂弟,蘭開斯特公爵亨利·博林布魯克(Henry of Bolingbroke)(岡特的約翰的長子,後來成為亨利四世)在1399年推翻。
根據先例,理查二世立了愛德華三世的次子安特衛普的萊昂內爾的外孫第四代馬奇伯爵羅傑·莫蒂默(Roger Mortimer)之子第五代馬奇伯爵埃德蒙·莫蒂默為王位繼承人。作為愛德華三世的第三子岡特的約翰(John of Gaunt)的兒子,亨利·博林布魯克對王位具有不是很強的繼承權。但是,亨利·博林布魯克加冕為亨利四世,因為理查二世的統治不得人心,所以他得到了容忍。
亨利四世在1413年死去。他的兒子兼繼承人,亨利五世是個傑出的軍人,他在英法百年戰爭中的軍事勝利為他贏得了大量的支持度,強化了蘭開斯特的統治權。亨利五世的統治經歷了一次由第一代約克公爵蘭利的埃德蒙的次子劍橋伯爵科尼斯伯勒的理查所領導的政治陰謀。劍橋伯爵因叛國罪而在1415年被處決,而劍橋伯爵的哥哥第二代約克公爵愛德華·金雀花也在戰役中陣亡,沒有後代,劍橋伯爵的兒子理查·金雀花便繼承伯父成為第三代約克公爵。劍橋伯爵的妻子安妮·莫蒂默也對王位有一定的繼承權,因為她是第四代馬奇伯爵羅傑·莫蒂默的女兒,是愛德華三世的次子克拉倫斯公爵安特衛普的萊昂內爾的後裔。亨利五世死於1422年,而劍橋伯爵科尼斯伯勒的理查與安妮·莫蒂默的兒子第三代約克公爵理查·金雀花(Richard Plantagenet,Duke of York)將對懦弱的亨利六世的王位發起挑戰。
蘭開斯特家族的英王亨利六世被不受歡迎的攝政和謀士所包圍。最有名的是埃德蒙·博福特(Edmund Beaufort)和威廉·德拉波羅(William de la Pole),有人指責他們管理政府無能並且在對法蘭西的百年戰爭中指揮不利。亨利六世時期,幾乎所有在法國的據點,包括亨利五世所贏得的,喪失殆盡。
當國王亨利六世在1453年遭受第一輪精神病時,攝政理事會建立了,由強大的約克家族的首領第三代約克公爵理查·金雀花(Richard Plantagenet,Duke of York)任攝政王。理查很快更大膽的開始加強了他對王位的要求,他囚禁了蒲福,並在一系列和亨利的支持者(如諾森伯蘭伯爵)的小衝突中給予他的同盟者薩爾斯堡和沃里克以支持。
亨利在1455年的痊癒挫敗了理查的野心,約克公爵理查被亨利六世的王后安茹的瑪格麗特(Margaret of Anjou)趕出朝廷。強力上進的瑪格麗特王后成了蘭開斯特派系的實際領袖。瑪格麗特王后建立了針對理查的一個同盟並和其他貴族密謀削弱他的影響力。遭受到更多挫敗的理查·金雀花最終付諸武力,在1455年在第一次聖奧爾本斯戰役(First Battle of St Albans)中挑起爭端。
1459年9月23日,在斯塔福德郡(Staffordshire)發生的布洛希思之役(Battle of Blore Heath)中,一支蘭開斯特家族的大部隊沒能阻止索爾茲伯里伯爵(Count Salisbury)理查·內維爾(Richard Neville)帶領下的一支約克家族的部隊從約克郡的米德勒姆城堡(Middleham Castel)出發並在魯德婁城堡(Ludlow Castle)和約克會師。
在蘭開斯特家族在路孚德橋戰役(Batlle of Ludford Bridge)中勝利之後,邊境伯爵愛德華(Earl Edward of Mcrch)約克公爵理查·金雀花的長子,後來成為愛德華四世、索爾茲伯里伯爵和沃里克逃往加萊(Calais)。蘭開斯特家族恢復了完全的控制,索姆賽特公爵被任命為Calais的總督。他驅除沃里克的企圖被輕易挫敗了,約克家族甚至開始在1459–60年從加萊發起對英格蘭海岸的幾次突襲,加劇了混亂和動盪的氣氛。
1460年聖誕,理查在韋克菲爾德(Wakefield)附近的桑德爾城堡(Sandal Castle)採取守勢。雖然瑪格利特的軍隊的人數是理查的軍隊的2倍(理查9000人,安茹的瑪格麗特約18000人),12月30日,約克還是下令他的部隊離開城堡出擊。他的軍隊在韋克菲爾德戰役(Battle of Wakefield)中慘敗。理查·金雀花在戰鬥中被殺,而薩爾斯堡和理查17歲的兒子拉特蘭伯爵埃德蒙(Edmund,Earl of Rutland)被捕並被砍頭。瑪格麗特下令將三人的頭掛在約克的城門。
根據調解法案,韋克菲爾德(Wakefield)的事件使得三月伯爵愛德華,即約克公爵理查·金雀花的長子,成為約克公爵和王位的繼承人。薩爾斯堡的死同時使他的繼承人沃里克成為英格蘭最大的土地所有者。瑪格利特北上到蘇格蘭繼續尋求蘇格蘭的幫助。蘇格蘭王后蓋爾德雷的瑪麗(Mary of Gueldres)同意給瑪格利特一支軍隊,條件是英格蘭割讓貝里克(Berwick)鎮給蘇格蘭並把她女兒許配給愛德華王子,即威斯敏斯特的愛德華。瑪格利特同意了,但她沒有錢付給他的軍隊,所以她允諾在南英格蘭的富人無限制掠奪,只要掠奪不發生在特倫特河(Trent)以北。她把軍隊帶到金斯敦赫爾(Kingston upon Hull),一路上招募更多人手。
約克家族的愛德華在這個時候迎擊從威爾斯到達的潘布魯克(Jasper Tudor,1st Duke of Bedford|Pembroke),並在斯羅普郡(Shropshire)的莫蒂默十字路戰役(Battle of Mortimer's Cross)中完敗他們。他用清晨三個太陽的“幻象”來激勵戰士(一種稱為“幻日”(parhelion)的現象),告訴他們這是勝利的徵兆,並代表著約克家族的三個兒子—他自己、喬治和理查。這也導致後來愛德華採用燦日(sunne in splendour)的符號作為個人徽章。
當伍德維爾家族在朝廷上比奈維爾家族受寵時,尷尬轉成了苦澀。其他的因素和沃里克的幻想破滅交織在一起:愛德華傾向於和勃艮第(而不是法蘭西)結盟,以及愛德華不情願他的兄弟克拉倫斯公爵喬治(George,Duke of Clarence)和格洛斯特(Gloucester)公爵理查分別娶沃里克的女兒伊莎貝爾·奈維爾(Isabel Neville)和安妮·奈維爾(Anne Neville)為妻。而且,愛德華的受歡迎程度在此期間也處於減退狀態,因為高昂的稅率和法律與秩序的經常性中斷。
但沃里克的成功是短暫的。受到路易國王許諾的在尼德蘭的領土的誘惑,他過度擴張了他的計畫並隨法蘭西國王侵入勃艮第。這導致勃艮第的勇敢者查爾斯(Charles the Bold)[大膽的查理]支持愛德華。在1471年他提供資金和軍隊發動對英格蘭的入侵。同年愛德華在巴尼特(Barnet)戰役[巴內特戰役]擊敗沃里克。蘭開斯特的其餘部隊在圖克斯伯里(Tewkesbury)戰役[丟克斯伯里戰役]被滅,蘭開斯特家族的王位繼承人威斯敏斯特的愛德華王子被殺。亨利六世很快(1471年,5月14日)被謀殺,強化了約克家族對王位的占有。
在威廉·黑斯廷斯(William Hastings)和亨利·斯塔福德(Henry Stafford)的幫助下,格洛斯特(Gloucester)在白金漢郡的史東尼·斯塔福德(Stony Stratford)從伍德維爾家族那裡俘獲了年輕的國王。此後愛德華五世被格洛斯特(Gloucester)拘禁於倫敦塔,後來他的弟弟9歲的約克公爵理查也被送到那裡。控制了兩個男孩之後,理察宣稱愛德華四世和伊莉莎白·伍德維爾的婚姻非法,所以兩個孩子是私生子。國會表示同意並啟動王室權利(Titulus Regius)法案,正式任命格洛斯特(Gloucester)為理察三世(理察還有一個哥哥克拉倫斯公爵喬治,先前因叛國罪被愛德華四世處死,理察以此剝奪了喬治獨子的王位繼承權)。受關押的兩個男孩,也被稱為“塔里的王子(Princes in the Tower)”,失蹤了,可能被謀殺了;被誰謀殺以及誰下的命令是英格蘭歷史上最有爭議的主題之一。
很多史學家以亨利七世繼位為玫瑰戰爭結束的標誌。其他人則認為玫瑰戰爭直到1487年的斯托克戰役(Battle of Stoke)之後才結束,該戰役因一名王位的偽冒者的出現而發生,一個名為蘭伯特·西姆內爾(Lambert Simnel)的男孩長得很像約克家族最佳的男繼承人沃里克伯爵。偽冒者的計畫從一開始就注定失敗,因為年輕的伯爵還活著並被亨利國王所拘禁,所以沒人真正懷疑過他除了是騙子還能是什麼。在斯托克戰役,亨利擊敗了林肯伯爵約翰·德拉波羅的軍隊(John de la Pole,Earl of Lincoln) —— 他被理查三世任命為繼承人,但是在博斯沃思(Bosworth)戰役之後被亨利廢黜——這樣約克家族剩餘的抵抗實際上被除掉了。西姆內爾(Simnel)在叛變中的活動被赦免並被送去王室廚房工作。