據《南海顯志》記載："蓮峰書院在魁崗堡。石灣園尾蓮子崗南麓，康熙五十七年知縣宋瑋楷大江、大富、魁崗、深村、榕洲、張槎、土爐七堡紳士捐建……"現今保存下來的"書院碑記"亦有記載："南海大魁之間舊有文武廟，在豐寧古剎之左……因日久棟宇圮頹，召集各鄉紳士擬解奚囊，仍其舊而修葺之兼創後坐，大其規模，以廣嚶鳴之雅誼，或品商古今，或會課藝文……"
蓮峰書院歷代多有修葺，僅乾隆二十三年各鄉士紳就費了七百金，歷時三個月進行大規模的修葺。民初廢除了科舉考試，蓮峰書院由於歷史上的重要位置， "七堡總局"就設在蓮峰書院。七堡所管轄的範圍稱為"蓮華四十六"，後來，連佛山鎮亦包括在內，又稱為"蓮華四十七鄉"。
蓮峰書院作為一個教育場所，擁有自己的產業，除店鋪、田產收入，豐寧寺的收入亦歸蓮峰書院，光是豐寧的收入每年就近二千元。蓮峰書院訂有一套嚴格的制度， 《重建蓮峰書院題名碑禁例》裡面例有十二條禁例，其中提到如"如貪圖方便，擅進院內敘歡……如違議罰"。"蓮峰書院右有豐寧古寺，建醮甚多，一坊一姓之醮不許混擾院內，即合眾功果亦不得入院妄作壇場，倘在寺建醮，擅行開門，齊敘議罰緣首"。從禁例裡面可以看出，蓮峰書院不是一般的宇宙之類的公共場所，而是一間森嚴至尊的地方，由七堡士紳訂製的一系列禁例，得到了官府的認可與支持。
蓮峰書院是一個培養人才的書院，自己有了財權，得到了的官府的承認，於是在大肆宣傳與鼓動七堡弟子讀書做官，培養地方勢力，禁例裡面應有這樣的記載："書院原萃七堡英才，已冠末冠分題制藝，爭先砥礪，樹幟文壇"。清末曾立一規定，在七堡之內，凡院考中翰林者，給予"一千元"的"利是"，如中舉人、進士者均有不同獎勵。清末之蓮塘人陳如岳，中翰林最遲，此時蓮峰書院已經沒有什麼資金，有人讓陳如岳去參拜"文昌帝"。陳說："你準備一千元利是"。實際上是他已知蓮峰書院資金緊短，無法支付這筆錢，自己不想參拜而已。蓮峰書院是清初的建築物，受到了明代建築的影響。據文獻記載，蓮峰書院是在以前的文武廟基礎上擴大，後亦有明代的特點，如柱礎的復盆式（鹹水石），紅米石鑲嵌的天井石等等。由於幾次的增修，故亦有民國時期的格局，如最後一進的雙層樓。
蓮峰書院與右邊的豐寧寺一併，成為石灣一帶僅存的古建築群，實不可多得。現老一輩石灣人，對於豐寧寺、蓮峰書院無不知曉，茶餘飯後，常常津津樂道，石灣傳聞軼事，民民間傳說，多與豐寧寺、蓮峰書院有關。
