草醯乙酸再生是在蘋果酸脫氫酶(malicdehydrogenase)作用下,蘋果酸仲醇基脫氫氧化成羰基,生成草醯乙酸(oxalocetate),NAD+是脫氫酶的輔酶,接受氫成為NADH·H+在此循環中,最初草醯乙酸因參加反應而消耗,但經過循環又重新生成。所以每循環一次,淨結果為1個乙醯基通過兩次脫羧而被消耗。
循環中有機酸脫羧產生的二氧化碳,是機體中二氧化碳的主要來源。在三羧酸循環中,共有4次脫氫反應,脫下的氫原子以NADH+H+和FADH2的形式進入呼吸鏈,最後傳遞給氧生成水,在此過程中釋放的能量可以合成ATP。乙醯輔酶A不僅來自糖的分解,也可由脂肪酸和胺基酸的分解代謝中產生。