舟山市排污權交易中心是舟山市環境保護局直屬單位。
負責全市大氣、噪聲、光、機動車等污染防治和總量控制工作。組織擬訂大氣污染防治規劃、計畫、政策、制度、規範並監督實施；負責大氣、噪聲環境功能區劃編制；組織劃定大氣污染防治重點區域；建立大氣環境質量改善目標落實情況考核制度並組織實施；協調解決重大和跨區域的大氣環境污染問題；組織擬訂重污染大氣應付措施。負責城市煙塵控制區、噪聲達標區建設等工作。負責全市大氣環境相關重污染行業整治提升工作，配合制定氣污染防治類環保專項資金管理辦法的修訂、年度專項資金安排計畫。擬訂全市機動車排氣污染防治計畫、技術規範和措施並組織實施；組織開展全市機動車排氣污染防治及機動車尾氣環保檢測工作。
綜合協調環境污染物總量控制和排污權有償使用與交易、主要污染物總量指標平衡、刷卡排污管理工作，承擔市節能降耗減排工作領導小組污染減排辦公室的日常工作。負責擬定並組織實施全市排污權有償使用和交易工作的有關政策、制度和管理辦法；負責實施全市排污權儲備、排污權有償使用和排污權交易業務。負責全市總量賬戶核算和管理，統籌負責市本級排污權指標核定及市批建設項目的污染物總量指標平衡方案。配合制定排污權有償使用費使用補助方案。負責制定刷卡排污總量控制管理辦法、工作流程、建設計畫等。承辦局領導交辦的其他事項。
