肽運算

肽運算是一種與傳統的矽基計算機技術不同的,運用了多肽-分子生物學的運算形式。

基本介紹

  • 中文名:肽運算
  • 領域:計算機
簡介,DNA運算,集合覆蓋問題,

簡介

這種計算模型是基於抗體在肽序列(胺基酸序列)的連結。與DNA運算相仿,肽序列與抗體之間的平行相互作用已被利用於這個模型來解決一些“NP完備”問題。具體來說,現在已經運用這種計算模型解決了漢米爾頓路徑問題(HPP)和一些版本的集合覆蓋問題。這種計算模型也顯示出自身的具有等用於通用圖靈機的計算能力(或者說是“圖靈完全”的)。
這種計算模型比起DNA運算有些關鍵優勢。打個比方,如果說DNA由4塊積木砌成(4種鹼基),多肽就用了20塊積木砌成(20種胺基酸)。肽-抗體相互作用也在相互識別及連結上比一條單鏈DNA及其互補鏈更加靈活。但是與DNA運算不同的是,這種模型還沒用實現現實中的利用。 主要的限制是該模型所需的單克隆抗體的有效性。

DNA運算

DNA運算DNA computing,或譯DNA計算)是一種電腦運算形式,利用DNA生物化學以及分子生物學原理,而非傳統上以為基礎的電腦技術。
DNA運算,或更廣泛的說,分子運算,是一個新出現的交叉學門領域。此領域內研究熱點包括理論、實驗和DNA運算的套用。
DNA運算最先由南加州大學倫納德·阿德曼在1994年實現。Adleman演示了一種將DNA套用於解決七點哈密頓路徑問題的概念驗證方法。自Adleman的實驗以後,學界又取得了許多進展,多種圖靈機被證明是可行的。
儘管一開始的研究熱點集中在解決P/NP問題,但人們旋即意識到此類問題並不是DNA運算的最佳套用場合,以致有多種意見要求尋找殺手級套用。1997年,計算機學家Mitsunori Ogihara和生物學家Animesh Ray一道提出了一種組合邏輯電路的評價方法,並描繪了實現方法。2002年,來自Weizmann Institute of Science的研究者公開了一種由DNA分子和酶,而不是矽組成的計算機器。2004年3月28日,Weizmann Institute的Ehud Shapiro, Yaakov Benenson, Binyamin Gil, Uri Ben-Dor,和Rivka Adar在自然雜誌上發表文章稱,他們實現了一種整合了輸入輸出的DNA計算機,理論上可以實現細胞內的癌症診斷,並釋放抗癌藥物。DNA分子由四種鹼基組成,通過酶改變他們的排列可以進行計算。近日,英國科學家成功的在一小團DNA中存儲了大量檔案,並成功讀取。

集合覆蓋問題

集合覆蓋問題Set covering problemSCP)是組合數學計算機科學計算複雜性理論中的一個經典問題。
集合覆蓋的決定性問題是卡普的二十一個NP-完全問題之一。

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