聯行資金清算是人民銀行與專業銀行之間以及專業銀行之間匯劃資金的清算。全國聯行往來原來由中國人民銀行獨家辦理。隨著金融管理體制的改革和專業銀行的相繼成立，為加強聯行資金清算，對聯行清算制度進行了三次改革。
第一次改革是1981年為了改進農業銀行和中國銀行兩行參加人民銀行主辦的全國聯行往來，對匯差資金互不清算，存欠不計利息，造成聯行資金供給制。給人民銀行、農業銀行、中國銀行三行總行商定，對農業銀行、中國銀行兩行每天的匯差資金改為必須通過人民銀行、農業銀行 (或人民銀行、中國銀行) 兩行往來賬戶歸口清算，不得任意延壓，並且雙方通過專設的 “×行全國、分轄聯行匯差” 科目進行核算反映，以利考察。第二次改革是在1983年國務院決定中國人民銀行專門行使中央銀行職能，專業銀行成為經濟實體後，人民銀行為了改革全國銀行信貸體制，從1985年1月起，實行了 “統一計畫，劃分資金，實貸實存，相互融通” 的原則，對原來的全國聯行往來制度和專業銀行的全國聯行往來徹底分開，各自建立獨立的聯行核算系統，並制定了 《關於改革全國銀行聯行往來制度實施辦法》，於1985年4月1日起實行。其主要內容是： 人民銀行和專業銀行的聯行往來改為 “自成聯行系統，跨行直接通匯，相互發報移卡，及時清算資金。”第三次改革從1987年4月1日起，停止實行跨行直接通匯相互發報移卡的做法，改為實行專業銀行對跨行匯劃款項，一律實行相互轉匯的做法。即 “聯行仍然分開，跨行相互轉化，及時移證發報，堅持錢賬兩清。” 以上三次改革，從總體上看，每次對聯行清算制度改革都是有所加強。現在，人民銀行與專業銀行以及專業銀行之間的匯劃款項一律向人民銀行辦理轉匯，並已建立起人民銀行的清算銀行，充分運用電腦和衛星通訊傳輸，向實行全國電子聯行往來制度的目標前進。
