“聖嬰”出自聖經故事，是為了紀念古羅馬時期，猶太著名暴君
希律王在巴勒斯坦南部Judea地區屠殺的大量嬰兒（
馬太福音2:16-18）。
聖嬰公墓從12世紀開始使用，當時的海拔高度和現今的貝萊廣場（Place Joachim du Bellay）相當。18世紀，由於公墓過分擁擠，瘟疫滋生，法王在1775年3月10日宣布，將其在1780年關閉並在1786年清空。公墓中的骸骨隨後被轉移到了
蒙巴納斯街區的伊索爾墓園（Tombe Issoire）。此墓園當時屬巴黎近郊，前身是地下採石場。
文藝復興時期，現代解剖學之父安德里亞斯·維賽留斯曾經對聖嬰公墓中的屍骨進行過研究。
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