另一點與主宇宙不同的是裡面的角色都比原來的年齡小一些。從2005年月到2007年初,marvel公司的漫畫都在打終極宇宙的廣告,終極宇宙漫畫開頭都帶有終極2字,並有一口號 “Ultimate Marvel: The Gold Standard”創作終極宇宙的漫畫家包括Brian Michael Bendis, Warren Ellis, Orson Scott Card,Mark Millar. 和Mark Millar. Joe Quesada 。甚至連MARVEL公司前總裁Bill Jemas 也參與過創作。
後來在終極通牒事件後,整個終極宇宙被重啟了一次,2009年重啟後更名為 終極漫畫#### 。緊接著,在2011年8月,MARVEL用終極蜘蛛俠之死事件再次重啟,這次以 Jonathan Hickman, Nick Spencer 和Brian Michael Bendis 為首,重啟後有終極漫畫:終極漫畫X戰警,終極漫畫:蜘蛛俠和終極漫畫。此外,終極漫畫:輻射和終極漫畫:“鷹眼”作為微型系列發布
為了能治療他的殘疾,以及將身體尺寸提升到可以符合自己的大頭,於是他綁架東尼和布魯斯,還瓦解鋼鐵人的裝甲,以及讓浩克的憤怒消變回布魯斯,然後企圖將他們的血液抽出來,(終極世界觀的東尼體內有許多奈米機器人)挪到自己身體使用。最後東尼用計,讓布魯斯再度變回浩克,打死 The Leader,不過在他死前已先用心靈能力,調派 F-22 轟炸機來進行轟炸,打算同歸於盡。最後,浩克走了出來,不過也因為這次臨時的變身,布魯斯體內已經產生排斥奈米機器人的抗體,所以他變身浩克逃走,而東尼則跟他說抱歉。
Ultimatum(終極通牒)
在解放者入侵事件時的前幾個月,尼克替終極戰隊帶來了一個新成員-黑豹(在此世界觀設定為 Weapon X 計畫下的突變人,可伸出亞德曼金屬的豹爪),但黑豹離開國家很久,很想念自己家園,所以美國上尉偽裝成他的樣子,讓黑豹能回去處理事情,另外還有一個自稱擁有北歐女武神瓦爾基莉神力的年輕女孩,也加入了終極戰隊,並跟托爾同居。
而旺達的死則是打算讓萬磁王跟人類開戰,等雙方兩敗俱傷後,機器人再坐收漁翁之利,同時終極戰隊則與 Savage Island 殘存的人類一起跟兄弟會戰鬥。
接著,終極戰隊那一方面臨苦戰,而機器人版的終極戰隊則趕去 Savage Island 進行攻擊,於是漢克和珍妮特放出早就被綁的東尼後,三人也一起趕去隊友的所在地。最後三方開始了大混戰,這時也揭露出機器人為了對抗萬磁王,是用特別製成自己的身體,不漢克隨後巨大化,把偽裝成自己的奧創的頭給扯了下來,而這台奧創就是母體,一摧毀其他奧創就失去動力。此時鷹眼則拿一把十字弓射向萬磁王,但速銀俠替自己父親檔下這一箭,使得憤怒的萬磁王將島上的大地飄浮起來,形成一個空中堡壘,並把受重傷的兒子帶走,不過托爾也奮力一擊將槌子丟出,卻被萬磁王用磁力接收。最後萬磁王跟皮特羅說些父親多愛自己孩子的話,接著就說到要人類付出終極代價。最後的最後,則出現了末日博士,意指他策畫機器人執行這些計畫,尤其暗殺旺達就是要讓萬磁王向人類宣戰,這樣子他才能因為阻止萬磁王,而被全世界當作救世主來景仰。
一群自稱是 Watchers(觀察者)種族的機器石像出現,神盾派出驚奇四超人跟他們溝通,而觀察者透過隱形女蘇發言。他們說到世界將會發生巨變,所以會選擇一個地球人當作他們的代表,接著就講到終極世界觀的一些過去歷史。比方說尼克也是超級士兵,找了一些科學家進行第二期超級士兵計畫,突變人是人為產生的,而非自然天生。至於被選中的使者,則是此世界的 Rick Jones(里克‧瓊斯),也是彼得的鄰居。
萬磁王用磁力改變地軸,讓紐約市遭受海嘯襲擊,許多英雄和角色都死亡,尤其萬磁王還親手扭斷好友X教授的脖子。這時突變人兄弟會也趁亂,藉機用 Multiple Man 無限分身能力產生出來的複製人,發動自殺炸彈客攻擊,企圖癱瘓美國各個超人類機關和英雄團隊,許多英雄也因此跟著戰死,最後金鋼狼找到複製人本體,發現他原來只是個單純的小男孩,只是被 Lorelei 的控制才會大量用自己能力。所以原本想說服他,告訴他所處的現在一切都是個幻覺,Lorelei 用能力偽裝成他的母親,甚至讓他以為現在才一九九四年。
終極通牒事件後,海嘯造成的破壞也影響經濟,為此東尼無法再支出終極戰隊的費用,於是終極戰隊又轉回成神盾的超能力小隊,因此經費就由神盾負責。某一天晚上,一群自稱 Defenders 的團體突然襲擊終極戰隊,鋼鐵人和鷹眼用看似沒默契的合作方式,成功拖延到讓美國上尉、瓦爾基莉和力量公主趕來支援。戰鬥期間,瓦爾基莉將索爾之槌丟過去,沒想到這是 Defenders 的目的,他們用魔法能力將槌子帶走撤退。這時在冥界的索爾,問海拉怎麼能離開而回到人間,海拉則說她想要一個索爾的兒子。接著東尼非常生氣的詢問 Carol 有關這些 Defenders 的事情,Carol 則說別擔心,裡面成員有一個是神盾幹員當他們內應,但越吵越凶於是 Carol 叫東尼跟他私下談,實際上他們是吵到床上,所以吵架只是不讓其他人知道兩人在一起的偽裝。至於美國上尉知道瓦爾基莉跟這些 Defenders 有認識,所以詢問一些事情。這時來紐約觀光的 Ka-Zar 和 Shanna,由黑豹當導遊帶領他們觀光,三人加兩隻兩虎到中央公園時,卻遇見洛基和他的大軍。
畫面轉到美國上尉詢問瓦爾基莉,但因為怕黑寡婦是間諜的事情再現,所以將瓦爾基莉趕出隊伍,這時力量公主又對美國上尉調情,但美國上尉仍不甩她。這時 Enchantress 出現,並對力量公主說到這些人對她都不尊重而把她洗腦。這時東尼跟 Carol 上床的樣子被鷹眼看到,使得 Carol 氣呼呼跑出來,同樣也因為以不受尊重為理由被洗腦。接著 Enchantress 又出現在被趕出來的芭芭拉面前,她給芭芭拉看海拉跟索爾**的畫面,讓芭芭拉感到被背叛後再洗腦。這時新終極戰隊的男性成員都出去,跟洛基的半獸人和惡魔軍團戰鬥,結果被洗腦的三位女性給打敗,尤其瓦爾基莉還用劍砍斷了上尉的盾牌。
中間透露出,原來瓦爾基莉本名是 Barbara Norriss(芭芭拉‧諾拉斯),後來加入 Defenders 這一群想要效法終極戰隊的年輕人團隊。原本漢克也被邀請加入,眾人認為他可以提供真正的超能力給團隊,沒想到漢克卻還想在螢光幕前活躍,所以出爾反爾導致實驗失敗。失望的芭芭拉這時被洛基找上,並賦予她力量,之後芭芭拉則以女武神瓦爾基莉做為自己的英雄名字,加入終極戰隊並跟索爾談戀愛。畫面轉回現在,美國上尉等三人被囚禁,這時神盾指揮官 Carol 就偷偷跟鷹眼說到她沒有被控制,所以私下把美國上尉盾牌的碎片給鷹眼,接著鷹眼鬆綁後就很"客氣地″揍 Carol 一拳,因為要演戲。
突然有個AIM的殺手,他說自己叫做紅骷髏,經過查證他是美國上尉跟其二戰女友所生的無名兒子,原本是美國政府確定當美國上尉死亡後,接著訓練他成為第二代超級士兵,結果反而讓他變得比父親還強大。一九六三年,這位傳奇士兵的兒子十七歲了,他殺害基地所有士兵和人員,並用菜刀刮掉臉上所有的肉,開始自稱為紅骷髏,就逃出基地。紅骷髏所做的第一件事情就是暗殺甘乃迪總統,然後在各種戰爭里,負責訓練對抗美國的恐怖份子。在終極通牒事件後紅骷髏加入了AIM,並帶部隊偷走了李德的宇宙立方體其設計圖。至於美國上尉知道他有兒子後,整個就是不爽政府的隱瞞甚至反抗逃走,於是神盾領導者 Carol 將尼克招回,要他組織一個黑色行動秘密部隊-Avengers(復仇者),來對抗紅骷髏和逮捕美國上尉。
在終極通牒事件後,突變人就被政府整個監管,政府還下令可以當場殺掉或交給有關單位,為此突變人再度面臨迫害。而一個叫做 Jimmy Hudson(吉米‧哈迪森)的十六歲年輕人,之前玩賽車受重傷,接著傷口就馬上痊癒了。隔天,凱蒂出現在他面前講出他現在的父母並非親生的,他真正的父親就是金鋼狼。原來吉米現在的養父,是跟金鋼狼為從軍時期的戰友,也是金鋼狼把他的養父母送做堆,所以當金鋼狼有孩子時,他認為自己不適合當父親,所以才托他戰友照顧。接著凱蒂也把金鋼狼在終極通牒事件時,跟其他英雄組隊去攻打萬磁王前交給她的盒子轉送給吉米,原來裡面有雷射投影機器,影像中的金鋼狼說到希望吉米能尊重他的養父母,因為他們把他養大,此外也希望他能放眼於未來,言下之意就是要讓他選擇自己往後的人生。
之後他們兩人又幫助一個羽毛翅膀的突變人-Derek Morgan(德瑞克‧摩根),他一直用自己能力擔任城市的義警,不過卻會要歹徒把搶來的錢給他,因為他要繳住在**哥哥 Joe Morgan(喬‧摩根)家的房租。但德瑞克的哥哥認為他都沒有工作,哪來的錢可以繳房租所以產生懷疑,不過德瑞克礙於突變人法案,不敢說出其真相,導致大嫂雖然認為德瑞克是好人,但也不知道怎麼幫忙。之後德瑞克選擇跟哥哥說真相,但由於喬是個**,所以選擇法律,還槍傷了德瑞克,所幸琴和吉米出現救了他,之後琴就對喬洗腦,讓他認為自己弟弟有個非常非常好的工作,所以才離開他們,接著德瑞克也加入吉米和琴的 Ultimate X 小組。
再來他們要找的突變人,叫做 Lin Allen(莉茲‧艾倫,正統世界是著名的女英雄 Firestar),在這世界裡曾跟火炬人交往過,是個全身能轉變成火的突變人,以及莉茲的弟弟 Teddy(泰迪),兩人的父親就是萬磁王著名手下 Blob。原本泰迪也是個明星學生,就是擅長運動且家裡有錢的那種男學生,只不過認識一個痞子朋友把他帶壞,使得泰迪現在變得很痴肥,而莉茲也覺得有這弟弟很丟臉。
有次泰迪以前的校隊朋友嘲笑他和那個痞子,但痞子氣炸了,拿出一把手槍,還把來制止的老師開槍打死,泰迪為了阻止也被這痞子開一槍,結果卻被他整個肥肉給擋掉,這時才接露出泰迪也跟姊姊一樣是突變人,而莉茲也為了保護泰迪,發揮出突變人能力。可是莉茲的朋友卻因為突變人法案加上終極通牒事件,已經被媒體洗腦到認為突變人就等於恐怖分子,結果紛紛逃掉,而那痞子還裝英雄,說啥我用這把槍拖延他們,你們趕快出去。這時 Ultimate X 出現了,而速銀俠也率領著兄弟會跟著露臉,說跟琴一樣,他們要把殘存的突變人聚集起來,可是琴認為他們跟兄弟會不一樣,所以要這對姐弟選邊站,結果莉茲選擇琴,泰迪則因為姐姐的瞧不起,加上父親的關係選擇速銀俠。
某天晚上,吉米出去買酒,卻被劍齒虎襲擊成重傷,因為他想親手殺掉金鋼狼,可金鋼狼死了,所以想用他兒子來代替,結果在千鈞一髮之際,劍齒虎被速銀俠帶走。隨後 Ultimate X 小組把吉米帶回所居住的汽車旅館療傷,眾人說下手為強,於是琴認為既然要跟速銀俠宣戰,他們需要一個強大武力,也就是浩克。在終極通牒事件後,布魯斯就隱姓埋名,擔任義工給無家可歸的人傳送食物,而琴則透過心靈感應跟他對話,布魯斯說到突變人一向不是都只靠自己,但琴則說以起源來看,突變人的定義很複雜(詳見這篇文章的相關段落),也許浩克也算是突變人,琴也答應可以用心靈能力幫助布魯斯抑制浩克,讓浩克再度變成英雄。