索隱派紅學的勢力沒有考證派紅學大，但出現時間比考證派早，雖經考證派與小說批評派的屢屢打擊，但影響從未斷絕，且不時有東山再起之勢。
索隱派紅學的產生，有作品本身的原因，也就是學派觀點的發端有其內在理路。舊紅學索隱派代表是蔡元培的《石頭記索隱》和鄧狂言的《紅樓夢釋真》。索隱，即探索幽隱，也就是發掘被小說表面故事所掩蓋的“本事”。本事意即：本來其事。
從《紅樓夢》面世以後的二百多年裡，關於它究竟是誰家故事，人們一直在猜測。無數人想從探尋《紅樓夢》真事隱去的究竟，索解出其所隱藏的秘密。甲戌本《紅樓夢》開篇的凡例寫道：
此書開卷第一回也。作者自云：“因曾歷過一番夢幻之後，故將真事隱去，而撰此《石頭記》一書也，故曰：甄士隱夢幻識通靈。”
既有“隱”，難怪人們要“索”，於是便有了種種說法。
蔡元培先生的《石頭記索隱》里認為，《紅樓夢》中的大多數人與事都有所影射。索隱派紅學的研究者，以嚴謹治學態度，解密的姿態，苦心蒐集文獻史料，企圖探尋《紅樓夢》真事隱去的究竟，找到最終解開《紅樓夢》之謎的鑰匙。
蔡元培先生多年悉心探究，於1915年11月，寫出了四萬餘言的《石頭記索隱》。賈寶玉，即傳國玉璽之義也，乃影射康熙時的廢太子胤礽。
蔡元培先生的《石頭記索隱》將發端於清徐時棟的“康熙朝政治狀態說”齊集完備，匯於一說，比較細密而又全面系統地對《紅樓夢》進行了索隱，可謂索隱派理論的典範之作。因而蔡元培被視為索隱派紅學的集大成者。
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開山鼻祖
周春（1729—1815），字松靄，號屯兮，晚號黍谷居士，海寧人，著名學者、藏書家。乾隆十九年進士，曾任岑溪知縣。他博學多識，一生著作頗豐。他的出生時間僅比曹雪芹晚十四年，可算是曹雪芹的同時代人。他研讀《紅樓夢》的成就體現為所著的《閱紅樓夢隨筆》，書中有本人於乾隆五十九年（1794年）所作的自序，可以證實是目前所知《紅樓夢》研究史上最早的一部評論專著。
周春在本書中主張《紅樓夢》“寫張侯家事”，可以說是紅學索隱派的鼻祖，結果被周汝昌先生譏諷為“紅學在東南半壁一興起，那兆頭就不怎么美妙”。
周春文中記載“乾隆庚戌秋,楊畹耕語余雲:‘雁隅以重價購抄本兩部：一為《石頭記》八十回；一為《紅樓夢》一百廿回，微有異同’。”證明了早在程高整理出版《紅樓夢》之前就有一百二十回本的存在，推翻了胡適先生考證的高鶚續寫《紅樓夢》的結論。
周春於乾隆五十九年撰就《閱紅樓夢隨筆》。全書計有《紅樓夢記》﹑《紅樓夢評例》﹑《紅樓夢約評》，內容駁雜，分條評述，或三言兩語或二三百字。其中有的評論不乏見地，如他說：“閱《紅樓夢》者既要通今，又要博古，既貴心細，尤貴眼明，當以何義門評十七史法評之。若但以金聖歎評四大奇書法評之，淺矣。”還說：“天下閱《紅樓夢》者，俗人與《金瓶梅》一例，仍為導淫之書，能論其文筆之若何，已屬難得……”說讀《紅樓夢》要博古通今，心細眼明，不能把《紅樓夢》視為淫書，不能只以金聖歎評“四大奇書”的評法評《紅樓夢》，這些都是正確的見解。他認為《紅樓夢》是敘寫“金陵張侯家事”，證據是“張氏與曹氏有通家之好，雪芹時常過從，目擊其家庭一切，涉筆成此傑作”。但他的“張侯家事說”破綻太多，且不能自圓其說，後世贊同這種說法的寥寥無幾，影響不大。作為早期的紅學家，就其思想方法和學識見解而言，是缺乏科學性、準確性的。
但是他的這種抓住書中的隻言片語或某一個人物、情節，跟歷史人物相比附，測字猜謎式地從中“索”出所“隱”的人和事的考證方法，可以說是開了《紅樓夢》索隱的先河。從清末到“五四”,在“紅學”研究上，索隱派紅學家著書立說，眾說不一，但所用的方法同周春毫無二致。從這個意義上說，把他舉為“索隱派紅學”的開山鼻祖是當之無愧的。
產生
索隱派紅學的產生，有作品本身的原因，也就是學派觀點的發端有其內在理路。《紅樓夢》開卷第一回的話，一般的讀者是不大注意的，而直接從“列位看官，你道此書從何而來”讀起。研究《紅樓夢》的人可是不同，他們難得在作品中發現作者的自白，因而如獲至寶，格外重視，很想通過解讀這段話，找到最終找開《紅樓夢》之謎的鑰匙。
特別是這段敘述中滲透出一種真真假假、若隱若顯、撲朔迷離的氣氛，增加了人們解讀的興趣。既然作者自己說，他寫這部書的時候已將真事隱去那么到底隱去的是什麼事呢？由不得動人尋根問底。而書一些帶懺悔意味的話，似乎是在回憶一個人家族中的往事，所以便有人猜測：《紅樓夢》可能寫的是清初某一個家庭。
而一般家庭又不會有“天恩”，於是又進一步猜想，可能是康熙未年“一勛貴家事”。這樣看來，索隱派的產生倒也順理成章。作者自己一定要那樣說——隱去了真事，還能怪讀者沿著作者所說的方向去七想八想嗎？
這種關於《紅樓夢》寫的是哪一家的家事的猜測，開始比較分散，有的說明珠家，有的說傅恆家，有的說張侯家。輾轉相傳而為更多接受的是明珠家事說。一則因為《紅樓夢》里賈府的遭遇與大學士明珠一家的榮枯不無相似之處，都經歷了由盛而衰的過程；二則是納蘭公子的性格才情，使人聯想到賈寶玉的性格。
明珠家事說的廣為流傳，還和乾隆對《紅樓夢》的看法有一定關係。只是比較起來，早期索隱派中還是以明珠家事說的影響最大。早期索隱派的特點是起於猜測，止於猜測，輾轉相傳，缺乏論證。
索隱派紅學的大規模興起是在清末民初，當時正是清王朝搖搖欲墜，反封建的民主革命日益走向高潮的歷史時刻。覺醒了的中國知識界開始重新反思歷史，包括古典文學在內的傳統文化被賦予新的內容。小說在傳統文化中向來不登大雅之堂，但在時代潮流的衝擊下，人們驚異地發現，具有廣泛的平民性和現實主義精神的恰恰是小說這種形式。三十年代的日本發動侵華戰爭，陷中國人民於水火，民族矛盾上升為主要矛盾，學者們的種族思想再次被喚醒，以弘揚種族思想為特徵的紅學索隱又躍躍欲試，正不足怪。
發展
胡適的《紅樓夢考證》發揮的對索隱派紅學的打擊力量，主要在於他發現了大量的有關《紅樓夢》的作者曹雪芹生平的資料和帶有脂硯齋批語的早期抄本，證明《紅樓夢》是以作者身世經歷為底本的文學作品，不是明清的宮闈史的變換，也不是明珠或其他官宦家庭生活的翻版。
索隱派紅學在考證派和小說批評派的打擊之下，自二十年代以來便進入了衰竭時期。壽鵬飛、景梅九的作品在二三十年代具有一定代表性，但影響並不大。四十年代方豪發表《紅樓夢新考》，表示確信順治與董鄂妃戀愛故事說“有一部分是真實性”，只是一筆帶過，未做任何論證。
五十年代以後，索隱派在大陸基本上消失了。但值得注意的是，索隱派在大陸上雖基本消失，卻在海外得到復活。其間代表作品有： 杜世傑：《紅樓夢原理》、李知其：《紅樓夢謎》、趙同：《紅樓猜夢》。
索隱派紅學的產生，除了有作品本身的原因和時代思潮及文化環境方面的原因之外，還有中國文學的特性和學術傳統方面的原因，從文學研究的方法論的角度來看，這方面的原因更具有普遍性，可以說，是紅學索隱派存在的理論前提。
紅學索隱派的產生，對《紅樓夢》研究而成為紅學，是有貢獻的，就像沒有考證派，紅學不會像現在這樣紅火一樣。但索隱派離開清末明初民主革命的背景，時代風潮的支撐作用已經失去，新時代的讀者怕難以理解索隱者的苦心孤詣。《紅樓夢》這個偉大的文學之謎，人們將繼續猜下去，今後還會有索隱文章和索隱著作的出現；索隱作為文學研究的一種方法，仍不時地為人們運用。
從胡適先生1921年推出“曹雪芹自傳說”以來，經其幾代弟子的承繼和推廣，已經占據了紅學研究的主流，考證曹雪芹家族的史料，並套在《紅樓夢》中人物的身上，成了紅學研究（實質上只是曹學）的主要工作，自號“考證派、新紅學”。
在考證派“新紅學”一枝獨大的境況下，索隱派一直不被看好，成為了紅學中被打擊嘲笑的主要對象。索隱派紅學出現時間比較早，雖經考證派與小說批評派的屢屢打擊，但研究者不乏其人，影響從未斷絕，不時一波未平，一波又起，以驚濤拍岸之勢，在紅學的研究領域掀起狂瀾。
索隱派紅學的研究者，以嚴謹治學態度，解密的姿態，苦心蒐集文獻史料，企圖探尋《紅樓夢》真事隱去的究竟，找到最終解開《紅樓夢》之謎的鑰匙。《紅樓夢》開卷第一回的作者自白，作者回憶家族往事，帶有深深懺悔的意味，從文學作品的角度看，是一種鮮見的筆法，由不得讓人去尋根究底。其實，胡適和周汝昌所認為的曹雪芹自傳說，將這一“貴族家事”鎖定為曹家，也未嘗不是索隱了其中的一個家族。
但是考證派考證的愈深，卻愈陷入一個重大的邏輯陷阱：如果按考證出曹雪芹出身於雍正二年的年齡，雍正六年曹家就被抄家罹禍，那時他僅四五歲，曹雪芹並沒有經過曹家的全盛時期，如何寫出如此一部絕大富麗典制文字？而且即便考證到了曹雪芹的完整的家譜及生平，仍然無法解釋《紅樓夢》中存在大量的礙語和密語。更何況隨時間的推移，存世的證據只會越來越少，越來越沒得可考。
而索隱派卻是以解密的姿態來研究，以史料的對照來做應證。解密法經過脫密的變換，將會得出唯一的正確答案。因此索隱派紅學的研究特點是：研究家們層出不窮，風起雲湧，不斷將《紅樓夢》中的各類人物，映射為自己解讀的歷史人物，都認為自己的解密將是唯一的標準答案，各執一辭，水火不容。
隨著信息技術和網際網路的廣泛普及，信息的查詢與獲取變得快捷高效，使得索隱派研究的最大困難：巨大的信息檢索工作量，變成輕敲鍵盤觸手可得，在信息技術大潮的推動下，一些國外的古老命題得到了重新審視，因此紅學索隱派研究在海內外得到復活，漸成風起雲湧之勢。用信息手段重新審視我國重大謎題《紅樓夢》，是歷史趨勢所然，也是如今浩浩湯湯的世界潮流中的一支。
不管您對索隱派紅學了解多少，任何人都無法否認，《紅樓夢》中存在大量的礙語和密語。《紅樓夢》的故事情節是鏡中花、水中月，這表面的幻相是真相的光影折射。因此《紅樓夢》並不僅僅是一部文學作品，而是一部用漢字密碼寫就的曠世奇書。我們先不要為“《紅樓夢》弦外之音到底隱喻什麼”而產生爭執，而應該先把《紅樓夢》既有表，又有里，具有雙面性、二維性的事實肯定下來。而且正因為《紅樓夢》兼有“表、里”的二維性，使得《紅樓夢》卓然超越於眾小說之上，讓讀者讀之如觀鏡花水月，捉摸不透，欲罷不能；讓學者忍不住要對其真相和幻相進行探究，從而形成一科專門的學問：紅學。 其實所謂紅學研究“索隱派”與“考證派”的學術紛爭，正是體現在對“表”與“里”的不同認識上，考證學派研究的是“表”中所喻（明文、顯學、作者家世、自傳說），索隱學派研究的是“里”中所喻（密文、隱學、隱喻、弘外音）。雙方各研究其中的一個維度，其發生的爭執根本不在同一層面上，因此誰也不曾說服過誰。
