納米比亞航空的前身是成立於1946年的西南航空運輸（South West Air Transport），後更名為西南航空（South West Airways）。1959年，西南航空與羚羊航空（Oryx Aviation）合併為Suidwes Lugdiens。1966年，位於鯨灣港的Namib Air成為Suidwes Lugdiens的子公司。1978年，Suidwes Lugdiens更名為Namib Air。1982年，政府獲得了公司的大部分股權。1990年，納米比亞獨立後，Namib Air更名為納米比亞航空（Air Namibia），同時開通了溫得和克與法蘭克福之間的定期航班，由波音747SP執飛。次年，開通倫敦航線。
