系統分析原則是在進行系統分析時，考慮內部要素 (子系統) 之間，系統與環境之間的相互制約、相互依存的錯綜複雜的矛盾與聯繫時必須遵循的準則。主要有以下幾點：(1) 外部條件與內部條件相結合的原則。一個系統不僅受本身各種因素的制約，而且還受外部條件的影響和約束，例如一個企業，作為一個系統，它不僅受企業的生產類型、生產環節、物流、人流、信息流所制約，還受到外部自然環境、社會環境、協作系統、運輸系統、市場狀況等條件的影響。作系統分析時，應將系統內、外部各種有關因素結合起來，綜合分析，選擇最佳方案。
(2) 當前利益與長遠利益相結合的原則。系統的動態性決定系統狀態隨外界條件變化而變化，隨時間進展而變化。在系統方案的選擇中，若方案對系統目前有利，對系統長遠也有利，則這種方案是理想的。若方案可能對目前並不有利，但從長遠發展看是有利的，則這種方案往往也是可取的。對於那些一時有利而長期處於不利狀態的方案，即使是過渡性的，最好也不選用。在處理這些矛盾時，應以長遠利益為主，兼顧眼前利益，在服從長遠利益的前提下，使當前利益的損失減到最低限度。(3) 局部效益與整體效益相結合的原則。一個系統往往可以分解為許多子系統、而子系統還可分解為更小的子系統。每個子系統都代表著局部利益，局部效益最優而且能構成整體效益最優，當然是最理想的。但實際情況往往並非如此，當局部效益較差而從全局分析能構成整體最優時，應保證整體最優。反之，局部效益較優 (或最優) 而整體效益很差，這種方案並不可取。在系統分析時，必須做到整體效益最佳化和最最佳化，局部必須服從整體要求。(4) 定性分析與定量分析相結合的原則。進行系統分析時，除了可以把數量、模型、公式、貨幣等作為定量分析的因素之外，還有許多不能用數量表示的因素，如政治、政策、法律、心理狀況、環境污染等，它們往往只能根據經驗統計和主觀判斷來進行考慮，這就是定性分析。系統分析解決的大都是影響全局的事件，在某些情況下定性因素甚至起著決定性作用。因此，系統分析強調把定量分析與定性分析很好地結合起來綜合分析，這種分析通常可採用“定性—定量—定性”循環往復的過程進行。
