基本介紹
作品背景,故事內容,登場角色,主角,四天王,邪惡勢力,用語解說,章節劇情,第1章,第2章,第3章,第4章,第5章,第6章,第7章,第8章,第9章,第10章,第11章,第12章,出版信息,社會反響,關聯作品,
作品背景
在創作這一系列時，本著讓讀者在閱讀這一系列漫畫作品時擁有一種自己在玩電視遊戲的感覺的理念，日下秀憲一直嘗試著在作品中加入一些令人驚訝、令人激動的元素。漫畫的很多設定，例如漫畫中人類創造出的武器、棲息地等都來源於遊戲。日下秀憲對漫畫最大的期待就是讓寶可夢們變得更加有吸引力，讓讀者更加喜愛他們。為了忠於原作，日下秀憲也一直嘗試著平衡訓練家和寶可夢們的數目。第10冊之後的作畫山本智評論說，在他剛剛接手漫畫系列的作畫工作時，他幾乎不了解，但他依舊專注於克麗絲塔兒這一角色的繪畫。在一年後，他逐漸對日下秀憲的故事感到驚訝，並向要讓自己的繪畫給讀者帶來更好的第一印象。在漫畫系列的前四章中，山本智提到一些在豐緣地區發生的災難是取材於自己喜歡的恐怖片和怪獸電影。
故事內容
特別篇主要描述了各個地區訓練家和寶可夢邂逅的故事。其中涉及不斷被引入的新人訓練家、傳說寶可夢、館主和冠軍、反派等，在很大程度上與遊戲系列相對應。故事被分為章節、章節下再分為回數。目前已有10個章節完全出版。
登場角色
主角
 小智 | |
小茂（オーキド・グリーン） 培育之人。頭腦冷靜，是小智的勁敵。他們的關係在旅程中不斷改善。小茂的初學者寶可夢是小火龍。小茂極為擅長培育寶可夢。曾在第九屆聯盟第二名。在第三章就任常磐訓練館館長。後來在第五章結局中被石化。在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。 擁有寶可夢： 小火龍→火恐龍→噴火龍，飛天螳螂→巨鉗螳螂，哥達鴨，豪力→怪力，比雕，九尾，3D龍，鐵甲暴龍→超鐵暴龍，胡地，風速狗，椰蛋樹 登場章：第一至三章、第五至六章 登場單行本：1~7，9，12~15，23~26，29 |  小茂 |
小藍（ブルー） 進化之人。真新鎮出生的少女，在5歲時曾被戴面具的男子用鳳王抓走，後逃出來。原本是穿著黑色連身裙，於火紅、葉綠篇換上全新的服裝。個性機智、有點容易得意忘形。後來在第五章結局中被石化。 在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。 擁有寶可夢： 阿龜（傑尼龜→卡咪龜→水箭龜），胖丁→胖可丁，小皮（皮皮→皮可西），小百變（百變怪），小墨（墨海馬），尼多（尼多娜→尼多後），布盧→ 布盧皇 登場章：第一至三章、第五至六章 登場單行本：2~3，5~7，13~15，23~26，29 |  小藍 |
小黃（イエロー） 治癒之人。小黃在常磐森林出生，繼承了常磐森林所賜予的特殊能力，這使得小黃可讀取寶可夢的思想，治癒它們。曾在常磐森林迷路被小智所救，從而對小智產生好感，後聽從小藍的指示，出發尋找小智。為了保全小智與自己的良好關係，刻意戴上草帽來掩飾她真正的性別。不擅長收服寶可夢，也不喜歡讓寶可夢戰鬥。後來在第五章時,由小智將圖鑑交給小黃，並在結局中被石化。在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。 擁有寶可夢： 丘丘 （皮卡丘），小拉拉（小拉達→拉達），小嘟嘟（嘟嘟→嘟嘟利），小毛蟲（綠毛蟲→鐵甲蛹→巴大蝶），小菊石（菊石獸→多刺菊石獸），小隆隆（隆隆石→隆隆岩），海刺龍 登場章：第一至三章、第五至六章 登場單行本：3~7，11~15，24~26，29 |  小黃 |
阿金（ゴールド） 孵化之人。阿金在若葉鎮出生，家裡住著很多寶可夢，和它們如同家人般的生活在一起，被若葉鎮的人稱為“寶可夢少年”。個性草率又冒失，但是愛護寶可夢的心卻不輸給其他人。從空木博士那得到火球鼠。第六章里與克麗絲塔兒受命協助解除小智等人五點陣圖鑒所有者的石化。之後在第九章里受渡所託平息阿爾宙斯的怒火。 擁有寶可夢： 爆太郎（火球鼠→火岩鼠→火暴獸），尾太郎（長尾怪手→雙尾怪手），蛙太郎（蚊香蝌蚪→蚊香蛙→牛蛙君），向日太郎（向日種子→向日花怪），胡太郎（胡說樹），巨翅太郎（巨翅飛魚+鐵炮魚群），波克太郎（波克比→波克基古→波克基斯），皮丘 登場章：第三章、第六章、第九章 登場單行本：8，9，12~15，28~29，41—43 |  阿金 |
阿銀（シルバー） 交換之人。阿銀是阿金的勁敵，曾被戴面具男子抓走，後和小藍一塊逃離，之後並一直從旁協助小藍，查出事情的真相。個性冷靜，戰鬥實力強。從空木博士那裡偷走小鋸鱷，也從大木博士那偷走一個新圖鑑。在火紅、葉綠篇時被確認是坂木的兒子，並在結局中被石化。在第六章中被阿金和克麗絲塔兒解除石化。 擁有寶可夢： 小鋸鱷→藍鱷→大力鱷，狃拉（狃拉→瑪狃拉），黑暗鴉（黑暗鴉→烏鴉頭頭），海刺龍→刺龍王，圈圈熊，暴鯉龍，班吉拉，超鐵暴龍 登場章：第三章、第五至六章、第九章 登場單行本：8~9，12~15，22，24~26，29，41~43 |  阿銀 |
克麗絲塔兒（クリスタル） 捕獲之人。克麗絲塔兒是大木博士為了完成圖鑑內容找來的捕獲專家。擅長使用各式各樣的精靈球,其實力甚至被傳說中的精靈水君所肯定。於第三章結局完成大木博士完成圖鑑的任務。在第六章里與阿金受命協助解除小智等人五點陣圖鑒所有者的石化。 擁有寶可夢： 百萬蹦跳（菊草葉→月桂葉→大菊花），風速蹦跳（風速狗），天蹦跳（天然雀→天然鳥），可拉蹦跳（可拉可拉），派拉蹦跳（派拉斯特），艾蹦跳（艾比郎），迷蹦跳（迷唇娃），吸盤魔偶 登場章：第三章、第六章、第九章 登場單行本：10~15，27~29，41~43 |  克麗絲塔兒 |
 路比 | |
 莎菲雅 | |
 米拉特 | |
戴亞蒙德（ダイヤモンド） 作為相聲演員，戴亞蒙德他在與帕爾的相聲表演中充當發獃役。在帕爾認真起來的時候，有時會用戴亞蒙德的全名來稱呼他。戴亞蒙德經常表現出傻乎乎的樣子，並且總是和他的寶可夢們在一起不停地吃東西，和總是元氣十足的帕爾形成強烈的反差。然而在提到和食物有關的事情時，戴亞蒙德就會認真起來，並且他還是製作面寶的專家。儘管看起來非常遲鈍，但其冷靜的性格卻使戴亞蒙德有著非同一般的洞察力，往往會最早發現一些不起眼的小細節，這一點使得他在後面的對戰中經常出奇制勝。 擁有寶可夢： 阿龜（草苗龜→樹林龜→土台龜），阿比（小卡比獸），阿龍（盾甲龍→護城龍），阿舌（大舌舔），阿豬（象牙豬） 登場章：第七至八章 登場單行本：30~40 |  戴亞蒙德 |
帕爾（パール） 帕爾戴亞蒙德從小時候起就是朋友，聰明、機靈而且元氣十足的他和同伴戴亞蒙德形成鮮明對比，雖然帕爾經常罵戴亞蒙德和打戴亞蒙德，但他十分珍惜與戴亞蒙德的友誼。不過帕爾有時的急躁也會讓他們陷入麻煩之中。在與戴亞蒙德的相聲表演中，帕爾一般是逗哏。由於從小接受爸爸的薰陶，帕爾具有幽默的性格。 擁有寶可夢： 小火彥（小火焰猴→猛火猴→烈焰猴），聒噪彥（聒噪鳥），倫琴彥（倫琴貓），泳氣彥（泳氣鼬），地鼠彥（地鼠），泰羅彥（肯泰羅） 登場章：第七至八章 登場單行本：30~40 |  帕爾 |
 普蘭汀娜 | |
布萊克（ブラック，暫譯）/透也 布萊克從小立志要戰勝合眾地區聯盟的所有館主、四天王和冠軍。在發生情況時，他總會用夢蝕的招數“食夢”來清空自己的大腦，並在大腦中出現許多棋盤格，產生敵人的形狀，判斷方向以來攻擊。因為第一次出場時，懷特正在拍攝電影，恰好有一隻電蜘蛛搗亂，布萊克搞定了它，卻被懷特告知他要賠償她50倍的修理費，被迫成為“BW"攝影社的社員，跟隨懷特四處旅行演出。 擁有寶可夢： 武王（暖暖豬→炒炒豬→炎武王），阿勇（幼獵鷹→空戰鷹），夢蝕（食夢夢→夢夢蝕），阿蛛（電蜘蛛），阿肋（原蓋海龜→肋骨海龜） 登場章：第十章 登場單行本：43~51 |  布萊克 |
懷特（ホワイト，暫譯）/透子 懷特是“BW事務所”的社長，在一次拍攝過程中，因偶然遇見布萊克，且他有一隻雄的暖暖豬，於是留下他來協助拍攝，因為一隻電蜘蛛的搗亂，使布萊克出手擊敗了它，但卻破壞了拍攝現場，懷特只好收他為社員，但布萊克要賠償懷特50倍的修理費，於是兩人踏上了在合眾地區的旅程。 擁有寶可夢： 小豬豬（暖暖豬），阿曼達（青藤蛇→君主蛇），桃樂絲（泥巴魚），單寶（單卵細胞球），娘希（保母曼波），潔西卡（四季鹿），芭芭拉（禿鷹小子） 登場章：第十章 登場單行本：43~51 |  懷特 |
拉克茲 來自檜扇市的少年，在遊戲的開始中會跟童年好友兼勁敵修一起從此開展旅程。很受女孩子歡迎，經常有人和他告白。真實身份是國際刑警搜查官。 擁有寶可夢：炎武王、路卡利歐、風速狗 登場章：第十一章 登場單行本：52~ |  |
法伊茲 相當崇拜N，有自己特製的掛飾，一直希望N能歸來。在一次比賽中勝出後和拉克茲一起踏上了旅行。 擁有寶可夢：葉皇蛇 登場章：第十一章 登場單行本：52~ |  |
艾克斯 幼時是非常厲害的訓練師，由於一次失敗後被大人們所批判，便變得萎靡不振。 |  |
娃伊 艾克斯的青梅竹馬，外表美麗動人，夢想成為天空訓練家，性格有些急躁，希望自己可以讓艾克斯振作起來而在為之努力著。 |  |
四天王
主條目：四天王
 關都四天王 | |
 梨花 | |
 豐緣四天王及冠軍 | |
 竹蘭 | |
 阿戴克 |
邪惡勢力
 坂木 | |
赤焰松（マツブサ） 赤焰松是以豐緣為據點，暗中活動的秘密組織火岩隊的首領。性格與水梧桐對比鮮明，自由奔放大膽。實力難以忽視，與水梧桐勢均力敵。赤焰松企圖操縱固拉多增加陸地面積，卻被操控用的寶珠控制。在脫離了寶珠的控制之後，決定與水梧桐一起打倒面前所有的阻礙征服世界。 要求手下稱呼他為“頭目”。 |  赤焰松 |
水梧桐（アオギリ） 水梧桐是以豐緣為據點，暗中活動的秘密組織水艦隊的首領。個性冷靜，同時冷酷無情。以電視台上層人員為名目掩蓋組織的活動，企圖找出蓋歐卡，並操縱它增加海洋面積。在脫離了寶珠的控制之後，決定與赤焰松一起打倒面前所有的阻礙征服世界。及後第六章再度登場，並利用基拉祈來擴張海洋。 要求手下稱呼他為“總帥”。 |  水梧桐 |
 赤日 | |
N（N） N是電漿團的重要人物。他將寶可夢稱作朋友，並希望將寶可夢與人像黑與白一樣分離開來。智商非常高，被稱作“數學的魔術師”，可以看到人的過去及未來。據說是寶可夢所生的人類，很愛寶可夢，和人類保持距離。認為自己是完全的存在，因為疏遠人類而被人類所畏懼，所以與寶可夢有著非常緊密的關係。 |  N |
魁奇思（ゲーチス） 魁奇思是電漿團的七賢人之一，也是電漿團的真正的首領。在電漿團襲擊聯盟的行動中，魁奇思表現出了絕對的實力和冷酷的本性。在N被擊敗逃走後，魁奇思向布萊克承認自己是N的父親，同時表示N只是自己的傀儡，自己的真實目的是讓寶可夢成為電漿團的專屬品。魁奇思還試圖殺死布萊克，以防N被擊敗的事情泄露。義憤填膺的布萊克通過打擊魁奇思的弱點擊敗了魁奇思，並用石刃困住魁奇思，結束了其陰謀。在第十一章中，魁奇思放棄了領導職位，但依舊在電漿團中積極活動。 |  魁奇思 |
用語解說
圖鑑是訓練家持有的，能把新收服到的寶可夢按順序記錄下來的機器。遊戲中把圖鑑收集完也是所要做的目標之一。見過的記錄，查詢資料、分布等。
精靈球是訓練家用於捕捉或者攜帶寶可夢所用的一種道具。它們的基本用途都是相同的，但是根據種類的不同也有不同的特殊效果。到處都可以見到球。一個訓練家只能攜帶6隻裝有寶可夢的球，背包里可以放任意數量的空球。一般情況下，寶可夢都是放在球里的，但是也有不喜歡待在球里的寶可夢。已經有被收服的寶可夢，理論上只能進入當時收服自己的球。球是否容易捕捉到野生寶可夢，取決於捕獲率，以及球本身的情況，另外還有對戰中的狀況。球可以限制裡面寶可夢的力量，並且馴化它們，但不一定能讓他們聽訓練家的指揮。
徽章是一個道具，象徵著一位訓練家戰勝一位館主的實力。訓練家該要收集某數的道館徽章才能有資格參賽地區的聯盟，少年的訓練家經常會展開旅程，遊歷城鎮來收集徽章。徽章小到可以用大拇指和食指拿起，可以在別一件襯衫或放在徽章盒裡。
章節劇情
特別篇被分為稱為章節的數個部分。所謂章節，即是每一章節都有互不隸屬的故事，且會有新的主角出現，但和以前的章節還是會有一定的相關性，每個角色、基本設定、感情、時間等，在不同的章節中基本上都是相同的。各章又分為數冊和數話。目前，特別篇擁有12個章節，其中9個章節已經完全出版，1個章節部分出版。截至2014年3月，漫畫共出版了50冊。
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第1章
第一章 | 紅·綠·藍篇 | 主角 | 小智、小茂、小藍 |
回數 | 1－40 | 收錄的單行本 | 1－3 |
小智、小茂、小藍以及各自的初學者神奇寶貝第2章
第二章 | 黃篇 | 主角 | 小黃、小智、小茂、小藍 |
回數 | 41－90 | 收錄的單行本 | 4－7 |
黃篇在小智收穫冠軍頭銜的兩年後開始。小智在接受一位名為希巴的人的挑戰後消失了一個月。一天，大木博士發現了小智的皮卡丘皮卡受傷倒在自家門前。在皮卡現身後不久，一名年輕的訓練家來到了大木博士的研究所。這名訓練家小黃聲稱自己是小智的朋友，並想帶著皮卡一起去尋找小智。儘管大木對其治癒、感受寶可夢情緒的能力持懷疑態度，但大木最終把尋找小智的任務和小智升級過的圖鑑託付給了小黃。
小黃和皮卡
小黃和皮卡然而，這只是一個大陰謀的序幕。小黃不斷被四天王襲擊。小黃髮現四天王的大本營位於深紅島，隨即趕往那裡，並與小茂、小藍、夏伯和火箭隊的指揮官馬志士、娜姿和阿桔相遇。他們決定齊心協力擊敗四天王。他們發現，以渡為首的四天王的計畫，是建立寶可夢的理想國並毀滅除了關都四天王以外的所有人類。他們認為人類和寶可夢是不相容的。小智之後出現，幫助馬志士和曾根崎正輝擊敗了希巴。事後發現，是坂木將小智從冰棺中救了出來。訓練家們將他們的力量賦予了小黃，憑藉他們聯合的實力擊敗了渡。
第3章
第三章 | 金·銀·水晶篇 | 主角 | 阿金、阿銀、克麗絲 小智、小茂、小藍、小洛 |
回數 | 91－180 | 收錄的單行本 | 8－15 |
關都地區恢復平靜。嶄新的旅程則在城都地區開始。阿金同自己的寶可夢和家人正過著平靜的日子，直到阿金在空木博士的研究所里碰見了一個小偷阿銀。藉助自大木博士處得到的圖鑑和在空木博士處得到的火球鼠，阿金髮現了面具男的陰謀。與此同時大木博士派出了正在收集圖鑑的“捕獲專家”克麗絲塔兒。後者涉足米那君的捕獲水君的計畫，並正要自己行動。隨後，克麗絲塔兒被捲入了面具男捕捉洛奇亞和鳳王的計畫，而更驚人的是面具男是城都地區的道館訓練家之一。聯盟組織了城都和關都地區的導管訓練家對抗賽，而面具男出面干預。小智、小茂、小藍和小黃也先後來到城都地區。之後，阿金、阿銀、克麗絲塔兒、小智、小茂、小藍和小黃擊敗了面具男和其隨從。
金·銀·水晶篇中全體圖鑑持有者
金·銀·水晶篇中全體圖鑑持有者第4章
第四章 | 紅寶石·藍寶石篇 | 主角 | 路比、莎菲雅 |
回數 | 181－267 | 收錄的單行本 | 15－22 |
路比、莎菲雅、固拉多、蓋歐卡和烈空坐城都地區和關都地區剛剛恢復平靜。豐緣地區，故事圍繞著路比和莎菲雅的80天競爭展開。80天內，路比要贏得豐緣地區所有華麗大賽，而莎菲雅要戰勝豐緣地區所有的道館。他們遭遇了豐緣地區的兩個邪惡組織——崇尚陸地的火岩隊和崇尚海洋的水艦隊。水艦隊自得文製造股份有限公司的董事長茲伏奇社長處偷來了核心部件，而火岩隊則偷到了潛艇探索者一號。火岩隊和水艦隊決定結盟前往海底洞窟，喚醒了固拉多和蓋歐卡，兩者開始破壞豐緣地區。與此同時，千里和小光喚醒了烈空坐，而路比和莎菲雅阻止了兩邪惡組織的頭目水梧桐和赤焰松。最終，道館訓練家們、路比和莎菲雅藉助紅、藍寶珠和烈空坐的力量平息了固拉多和蓋歐卡的憤怒，一切重歸平靜。
第5章
第五章 | 火紅·葉綠篇 | 主角 | 小智、小茂 小藍、小黃、阿銀 |
回數 | 268－302 | 收錄的單行本 | 22－26 |
故事主角又變為小智、小茂和小藍三人。小智和小茂回到了真新鎮，但被代歐奇希斯化成的陰影襲擊。小藍在與父母重逢前，其父母突然被黑洞吞噬，小藍因此昏厥。小智、小茂隨後和小藍一起來到了七島，其間，他們向極梅老人學習了強力技能。此時的七島，火箭隊三獸士正在大肆破壞，而坂木則捉到了代歐奇希斯。與此同時，阿銀和小黃、小智一行人再度相遇，阿銀表示他正在調查自己的身世。緊接著，小智同超夢一道，在火箭隊的飛行船上挑戰了坂木的代歐奇希斯的組合。坂木再次輸掉對戰，但飛行船失去控制。小智、小茂、小藍、小黃和阿銀一起避免了飛行船的墜毀。火箭隊三獸士之一的薩奇再次試圖捕獲剛剛啟程尋找隕石的代歐奇希斯，在前者拿出寶可夢並朝向代歐奇希斯放出奇異的光束時，小智一行和超夢挺身而出擋下了光束，但一行人（除超夢外）被奇異的光線包裹而石化，薩奇隨即離開。
第6章
第六章 | 綠寶石篇 | 主角 | 米拉特、路比、莎菲雅 阿金、克麗絲、小智 小茂、小藍、小黃、阿銀 |
回數 | 303－337 | 收錄的單行本 | 26－29 |
七之島騷動約三個月後，對戰開拓區開發完成，正籌備著開幕式。突然有名少年被拉帝亞斯及拉帝歐斯帶到這裡來。名叫米拉特的他，沒有攜帶任何寶可夢卻熱衷於對戰。米拉特隨後被克麗絲塔兒和大木博士僱傭，並被指派在7天內、搶在大反派盔甲男之前捕捉基拉祈。以此同時，米拉特也嘗試著圓自己制霸七個對戰開拓區場館的夢想。在這期間，米拉特與豐緣地方其他兩點陣圖鑒持有者路比和莎菲雅相識。
綠寶石篇全體圖鑑持有者
綠寶石篇全體圖鑑持有者三點陣圖鑒持有者們在對戰開拓區進行著挑戰，但這一過程被盔甲男打斷，後者控制了對戰大君莉拉。在緊接著同米拉特的戰鬥中，盔甲男將莉拉從其控制中釋放出來，並稱自己是水艦隊的首領水梧桐。盔甲男還稱自己捕捉到了基拉祈，隨後利用基拉祈召喚出了一個巨型的、由水組成的蓋歐卡，後者企圖淹沒對戰開拓區。盔甲男的言行暗示，很長一段時間以來，他不能與身上的盔甲分離。
三點陣圖鑒持有者們在剛剛趕到的阿金和阿銀的幫助下逃脫了逐漸上升的水面。阿金解釋說，五位被石化的圖鑑持有者們——小智、小茂、小藍、小黃和阿銀——已經被船運到了對戰開拓區。阿金寄希望於向基拉祈許願來使其脫離石化。在克麗絲塔兒向路比和莎菲雅傳授能夠阻止蓋歐卡的強大技能的時候，水梧桐拋棄了基拉祈，後者隨後來到了米拉特身邊。
阿金讓米拉特向基拉祈許一個解除眾人石化的願望。基拉祈在了解到米拉特的最真實的願望——同寶可夢和喜歡寶可夢們的人們成為朋友後，實現了米拉特許下的願望，五名圖鑑持有者們被從石化狀態解救出來。小智和阿金隨即破壞了水梧桐的盔甲，重創了水梧桐。十名圖鑑持有者們團聚，他們集合了自身最強的攻擊，擊敗了蓋歐卡。因離開自己的盔甲太久，水梧桐隨後消失。
第7章
第七章 | 鑽石·珍珠篇 | 主角 | 戴亞、帕爾、普蘭汀娜 |
回數 | 338－416 | 收錄的單行本 | 30－38 |
故事的主人公是大小姐普蘭汀娜·貝爾里慈。普蘭汀娜為了自己即將到來的成人禮，要到達殿元山頂，採集用來製作自己家族紋章的材料。儘管由於出身富裕的學者大家族，普蘭汀娜知識淵博，但其父堅持讓兩名專業保鏢隨行。後來，普蘭汀娜誤認為戴亞蒙德和帕爾是被聘請的她的保鏢，而戴亞蒙德和帕爾誤認為普蘭汀娜是他們之前贏得的神奧全地區旅行的導遊。
神奧圖鑑持有者們和其初學者神奇寶貝
神奧圖鑑持有者們和其初學者神奇寶貝在他們遊歷神奧的過程中，普蘭汀娜在與道館訓練家瓢太對戰以增強自己的圓企鵝的信心後，變得專注於道館戰。普蘭汀娜成功地在25天內收穫了六枚道館徽章，布萊恩評價說這已經打破了莎菲雅80天收穫8枚道館徽章的記錄。在緊張的備戰道館賽的過程中，山梨博士贈予的普蘭汀娜的圓企鵝最終進化成為帝王拿波，另一隻寶可夢小火馬也進化成了烈焰馬。
在帷幕市與銀河隊相遇後，普蘭汀娜變成了銀河隊的肉票目標，後者企圖通過贖金來研發銀河炸彈進而摧毀神奧的三大湖。普蘭汀娜是各方關注的焦點，這使得自己的兩名真正的保鏢墜入破格的世界，也使得戴亞蒙德和帕爾在不知情的情況下繼續扮演普蘭汀娜的保鏢。種種跡象在三人來到神和鎮並遇見正在考察遺蹟的赤日時被進一步坐實。
在與道館訓練家梅麗莎對戰並獲得道館徽章後，三人得知普蘭汀娜的父親和山梨博士在水脈市的學術會議上被綁架，隨即搭上了梅麗莎的附和氣球趕往水脈市。在普蘭汀娜的父親和山梨博士獲救後，普蘭汀娜得知戴亞蒙德和帕爾並非自己的保鏢，這一事實使得三人發生分歧。後普蘭汀娜通過揭示自己的真實姓名來表示自己接受二人作為朋友，三人和好。三人決定繼續在神奧地區的旅行，以阻止銀河隊的邪惡計畫，並分頭行動救出三隻湖中的傳說寶可夢（由克希、艾姆利多、亞克諾姆）。其後，銀河炸彈在立志湖爆破，三隻湖中的傳說寶可夢最終落入銀河隊之手，而赤日藉機製作出了兩條紅鎖鏈來召喚出帝牙盧卡和帕路奇犽以創造出新世界。普蘭汀娜、戴亞蒙德和帕爾再次會和，擊敗了銀河隊並平息了帝牙盧卡和帕路奇犽的憤怒。最後，騎拉帝納出現，將赤日、帝牙盧卡和帕路奇犽拖入了槍柱上空的破格的世界的入口。
第8章
第八章 | 白金篇 | 主角 | 普蘭汀娜、戴亞、帕爾 |
回數 | 417－441 | 收錄的單行本 | 38－40 |
本章繼續大小姐普蘭汀娜·貝爾里慈的故事，與戴亞蒙德和帕爾分開後，普蘭汀娜來到了對戰開拓區並遇見了身為國際刑警組織一員、正在搜尋銀河隊的情報的探員“帥哥”，後者同時開始幫助普蘭汀娜調查兩名保鏢所在的破格的世界的有關信息。為達此目的，普蘭汀娜挑戰開拓之腦們，以期獲得更多有關破格的世界的信息。其間，普蘭汀還結識了帕爾的父親，對戰大君桄榔。銀河隊餘黨冥王，則開始了其捕捉神奧地區傳說寶可夢的計畫，首先便捕獲了席多藍恩。
普蘭汀娜和帥哥
普蘭汀娜和帥哥與此同時，戴亞蒙德和帕爾則跟隨足跡博士和神奧寶可夢聯盟主席踏上旅程，並在旅途中碰到了洛托姆，後者加入了他們的旅行隊伍。隨後，騎拉帝納在百代市出現，並通過技能影子潛水使正在救助帕爾的戴亞蒙德消失，戴亞蒙德之後發現自己來到了破格的世界並遇見了赤日。身處對戰開拓區的普蘭汀娜同對戰大君桄榔、亞玄、小麥和芽米一起進入了破格的世界，隨後一行人團聚。冥王的陰謀仍在繼續，騎拉帝納在濱海市出現隨後被打敗，但冥王最終被帥哥逮捕。赤日在事後悔悟，解散了銀河隊。
第9章
第九章 | 心金·魂銀篇 | 主角 | 阿金、阿銀、克麗絲 |
回數 | 442－460 | 收錄的單行本 | 41－43 |
*本章為本系列首次採用逆流時間軸，時間設定在第七章（鑽石·珍珠篇）數年前。 | |||
阿金在綠寶石篇結束後重返城都地區，後又帶著大木博士所交待的秘密任務跟隨小茜來到全能競技賽賽場，在參加寶可夢全能競技賽時遇上新的城都四天王。獲勝後，阿金說明了自己的目的：與前任關東四天王之一的渡接頭，了解火箭隊與阿爾宙斯信息。其後，阿金遭遇了渡失控的快龍。在打倒快龍之後，阿金前往圓朱市，後又追隨突然出現的阿爾宙斯來到了神都遺蹟。
阿金、阿銀和四名火箭隊幹部
阿金、阿銀和四名火箭隊幹部另一方面，阿銀獲得了阿爾宙斯和阿爾宙斯的令牌的有關信息，並在野生原野區與克麗絲塔兒再次見面，其後又發現了石板的用途。克麗絲塔兒則追蹤著阿爾宙斯，與阿金、阿銀重新在神都遺蹟會面。神都遺蹟的三幻舞台上，火箭隊成員阿波羅迫使阿爾宙斯再次創造時空神話的寶可夢（即帝牙盧卡、帕路奇犽和騎拉帝納）。這時，坂木、渡和柳伯出現，火箭隊的計畫被幾人合力終止。在神奧地區，冠軍希羅娜目睹了帕魯迪亞和迪亞魯加飛往神奧的身影后，又與帕爾的父親——身為開闊之腦的桄榔——相遇。同在神奧，彩子發現自己的兒子已出發參加滑稽競賽。
第10章
第十章 | 黑·白篇 | 主角 | 布萊克（ブラック） 懷特（ホワイト） |
回數 | 461－524 | 收錄的單行本 | 43－51 |
以稱霸合眾聯盟為目標的布萊克，帶著波卡（暖暖豬）等寶可夢踏上旅程，途中遇上“BW事務所”社長懷特，後者為了完成暖暖豬的電影製作，所以借布萊克的雄性暖暖豬進行拍攝工作，拍攝時突然遇到寶可夢的襲擊。為了查明真相，布萊克藉助食夢夢的技能食夢，並進行推理，找出了襲擊的對象—電蜘蛛，並將其擊敗。但布萊克卻被懷特告知要賠償她50倍的修理費，不得已成為“BW事務所”攝影公司的社員，跟隨懷特四處旅行拍攝兼挑戰道館。布萊克最終獲得冠軍，並獲得雷希拉姆認可，擊敗了N和捷克羅姆，打敗了身為電漿團的七賢人之一、電漿團的真正首領的魁奇思。
黑·白篇部分登場角色
黑·白篇部分登場角色第11章
第十一章 | 黑2·白2篇 | 主角 | 拉克茲（ラクツ） 法伊茲（ファイツ） 布萊克、懷特 |
回數 | 525－ | 收錄的單行本 | 52－ |
黑2·白2篇登場角色合眾聯盟事件結束兩年後，等離子隊再次捲土重來，少年國際刑警拉克茲為了調查與兩年前事件相關的等離子隊成員，而潛入檜扇市的訓練家學園臥底。與此同時，神秘的少女轉學生懷茲也轉到了這間學校，她的真實身份並是拉克茲要找的前等離子隊成員。
第12章
第十二章 | X·Y篇 | 主角 | 艾克斯（エックス）、娃依（ワイ） |
回數 | X,Y特別篇 | 收錄的單行本 | X,Y特別篇 |
X·Y篇的主角是一名曾在兒時贏得一場重要錦標賽的失落男孩艾克斯，和夢想成為天空訓練家的女孩娃依。
X·Y篇主要角色
X·Y篇主要角色出版信息
| 冊數 | 日文版ISBN | 大陸版ISBN | 台灣版ISBN | 香港版ISBN |
|---|---|---|---|---|
1 | 4-09-149331-9 | 7-5386-1742-9 | 957-595-395-9 | 962-8712-29-2 |
2 | 4-09-149332-7 | 7-5386-1742-9 | 957-595-507-2 | 962-8712-63-2 |
3 | 4-09-149333-5 | 7-5386-1742-9 | 957-595-651-6 | 962-8760-02-5 |
4 | 4-09-149334-3 | 7-5386-1742-9 | 957-595-814-4 | 962-8760-03-3 |
5 | 4-09-149335-1 | 7-5386-1742-9 | 957-595-955-8 | 962-8760-04-1 |
6 | 4-09-149336-X | 7-5386-1742-9 | 957-509-058-6 | 962-8760-05-X |
7 | 4-09-149337-8 | 7-5386-1742-9 | 957-509-393-3 | 962-8786-67-9 |
8 | 4-09-149338-6 | 7-5386-1742-9 | 957-509-478-6 | 962-8822-15-2 |
9 | 4-09-149339-4 | 7-5386-1742-9 | 957-509-554-5 | 962-8822-39-X |
10 | 4-09-149340-8 | 7-5386-1742-9 | 957-509-697-5 | 962-8822-69-1 |
11 | 4-09-149711-X | 7-5386-1742-9 | 957-509-886-2 | 962-8822-93-4 |
12 | 4-09-149712-8 | 7-5386-1742-9 | 957-509-991-5 | 962-8906-13-5 |
13 | 4-09-149713-6 | 7-5386-1742-9 | 986-156-097-1 | 962-8906-29-1 |
14 | 4-09-149714-4 | 7-5386-1742-9 | 986-156-196-X | 962-8906-40-2 |
15 | 4-09-149715-2 | 7-5386-1816-7 | 986-156-224-9 | 962-8906-56-9 |
16 | 4-09-149716-0 | 7-5386-1816-7 | 986-156-266-4 | 962-8906-69-7 |
17 | 4-09-149717-9 | 7-5386-1816-7 | 986-156-457-8 | 962-8906-93-2 |
18 | 4-09-149718-7 | 7-5386-1816-7 | 986-156-607-4 | 962-8981-03-8 |
19 | 4-09-149719-5 | 7-5386-1816-7 | 986-156-731-3 | 962-8981-11-3 |
20 | 4-09-149720-9 | 7-5386-1816-7 | 986-156-885-0 | 962-8981-21-2 |
21 | 4-09-140096-5 | 7-5386-1816-7 | 986-209-036-7 | 962-8981-31-1 |
22 | 4-09-140228-3 | 7-5386-2258-4 | 986-209-190-6 | 962-8981-40-3 |
23 | 4-09-140254-2 | 7-5386-2258-4 | 986-209-348-1 | 962-8981-46-5 |
24 | 4-09-140318-6 | 7-5386-2258-4 | 986-209-434-1 | 962-8981-52-6 |
25 | 4-09-140329-2 | 7-5386-2258-4 | 986-209-682-6 | 962-8981-60-1 |
26 | 4-09-140366-7 | 7-5386-3121-0 | 986-209-783-0 | 962-8981-66-3 |
27普通版 | 4-09-140398-8 | 7-5386-4091-5 | 986-256-006-8 | 962-8981-71-7 |
27限定版 | 4-09-159050-3 | （未出版） | （未出版） | （已出版） |
28 | 4-09-140456-5 | 7-5386-4185-1 | 986-256-090-7 | 962-8981-85-4 |
29 | 4-09-140743-6 | 7-5386-5170-6 | 986-256-332-8 | 962-8981-98-4 |
30 | 4-09-140770-2 | 7-5386-6018-0 | 986-256-512-4 | 988-8044-05-4 |
31 | 4-09-140799-3 | 7-5386-4815-7 | 986-256-634-3 | 988-8044-15-3 |
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35 | 4-09-141057-3 | 7-5386-8191-4 | 986-310-125-3 | 988-8044-51-1 |
36 | 4-09-141118-1 | 7-5386-8305-4 | 986-310-186-4 | 988-8044-58-0 |
37 | 4-09-141207-2 | 7-5386-9869-5 | 986-310-260-1 | 988-8044-63-4 |
38 | 4-09-141208-9 | （未出版） | 986-310-402-5 | 988-8044-66-5 |
39 | 4-09-141314-7 | （未出版） | 986-310-517-6 | 988-8044-71-9 |
40 | 4-09-141468-7 | （未出版） | 986-310-633-3 | 988-8044-81-8 |
41 | 4-09-141497-7 | （未出版） | 986-310-873-3 | 988-8044-83-2 |
42 | 4-09-141537-0 | （未出版） | （已出版） | 988-8044-90-0 |
43 | 4-09-141583-7 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
44 | 4-09-141644-5 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
45 | 4-09-141684-1 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
46 | 4-09-141688-9 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
47 | 4-09-141587-5 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
48 | 4-09-141625-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
49 | 4-09-141699-5 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
50普通版 | 4-09-141708-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
50限定版 | 4-09-159185-2 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
51 | 4-09-141809-8 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
52 | 4-09-141894-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
X・Y先行版1 | 4-09-141779-4 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
X・Y先行版2 | 4-09-141837-1 | （未出版） | （未出版） | （未出版） |
社會反響
《寶可夢特別篇》的日文版在日本國內漫畫市場多次表現優異。英文版《寶可夢特別篇》的第一冊登上了美國亞文化領域業界情報網站ICv2“2008年4月繪畫小說前20名”榜單。《寶可夢特別篇》贏得了2009年第一屆尼克國際兒童頻道連環畫獎“最受歡迎的漫畫系列”獎。Media Factory出版的綜合文藝雜誌達文西發起的讀者投票，其中，在最想看到動畫改編版的漫畫作品中，《寶可夢特別篇》位列第三。
ICv2的評論家尼克·史密斯給予了漫畫3.5星的評價（滿分5星），並稱漫畫中的一些部分使得其比動畫作品更加有趣，例如火箭隊的登場、皮卡丘叛逆的性格等。儘管他指出漫畫中的暴力元素比動畫中要多，他還是向所有年齡段的讀者推薦了《寶可夢特別篇》。Active Anime的斯科特·坎貝爾給出了相似的評價，並表示自己喜歡漫畫中的小智和動畫中的小智相比擁有能力和性格上的諸多不同，這使得漫畫中的小智看上去更加有趣。作品的作畫被描述成“有些矯揉造作、有些滑稽、但依舊是高質量的作品”。
2011年8月6日，單行本第14冊在發行的第一個周末登上了《紐約時報》最暢銷的漫畫榜第十名。
寶可夢股份有限公司執行長石原恆和說：“我期望每一位寶可夢迷都能欣賞這部漫畫！”
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