簡單序列長度多樣性

簡單序列長度多樣性是據串聯重複排列微衛星基序兩側的單一序列設計引物，對微衛星序列(SSR)進行擴增，由微衛星基序重複數目的變異而產生多態性。由於基因組中某一特定的微衛星的側翼序列通常都是保守性較強的單一序列，因而可以將微衛星側翼的DNA片段克隆、測序，然後根據微衛星的側翼序列就可以人工合成引物進行PCR擴增，從而將單個微衛星位點擴增出來。

在不同動植物品系中其重複次數不同，故可用PCR法來檢測各該多態性序列的長度，從而快速測定出多種回交後代中標記物的分離方式。基因組中廣泛分布，等位性變異豐富，檢測手段簡便，穩定可靠而受重視，但是微衛星標記要求已知微衛星兩側單一序列信息而使其發展受到限制，同時微衛星標記具有嚴格的種屬特異性也使其套用上受到限制。