筒型外膜蛋白質是廣泛存在於革蘭氏陰性菌、線粒體和葉綠體外膜的結構類似筒型的蛋白質，研究這種蛋白質的結構和功能對於了解細胞內物質和能量的運作機理十分重要。本書用生物信息學的方法研究筒型外膜蛋白質，詳細介紹了筒型外膜蛋白質的基本結構和功能，包含結構模型、角度模型、側鏈旋轉異構體等，對目前已知三維結構的筒型外膜蛋白質分為10種類型詳細介紹，還研究了筒型蛋白質OmpA的摺疊過程。分別用神經網路模型、隱馬氏模型及根據蛋白質的物理化學特性抽象出的幾種結構辨識模型，分析了蛋白質的結構。為了方便不同學科的讀者能夠較為順利地閱讀本書，其中涉及到的相關基礎知識均有適當介紹，包括蛋白質基礎知識和蛋白質資料庫PDB 的相關內容，神經網路模型和隱馬氏模型的基本內容也有簡明闡述。 本書可作為生物學、計算機科學、信息科學、數學等領域的教師、學生和科研工作者的參者書。
基本介紹
- 書名：筒型外膜蛋白質生物信息學
- 出版社：國防工業
- 頁數：276頁
- ISBN：7118050342, 9787118050349
- 品牌：國防工業出版社
- 作者：孟朝暉
- 出版日期：2007年4月1日
- 開本：0開
- 定價：38.00
作者簡介,圖書目錄,
作者簡介
孟朝暉，河海大學計算機及信息工程學院副教授，1968年生，1989年本科畢業、1992年碩士研究生畢業於西安交通大學數學系。從事計算機專業和通信專業的教學與科研工作，已發表9篇第一作者論文。目前的主要研究方向為：蛋白質結構分析，生物信息學。
圖書目錄
第1章 蛋白質簡介
1.1 胺基酸
1.2 肽鏈
1.3 肽鍵的空間結構與β-摺疊
第2章 蛋白質資料庫PDB
2.1 PDB數據格式
2.2 序列和原子坐標記錄
2.3 蛋白質二級結構數據
2.4 注釋記錄
2.5 連線類記錄
第3章 β-筒型外膜蛋白質
3.1 β-筒型外膜蛋白質的結構
3.2 良筒型外膜蛋白質的功能
3.3 β-摺疊股的N端和C端不對稱
3.4 角度模型
3.5 側鏈旋轉異構體
第4章 β-筒型外膜蛋白質的數據
4.1 OMPA超族
4.2 OMP超族
4.3 Autotransporter超族
4.4 OMPLA超族
4.5 Tsx超族
4.6 長鏈脂肪酸轉運蛋白族
4.7 寡糖轉運蛋白族
4.8 孔蛋白族
4.9 麥芽糖孔蛋白族
4.10 配體門控通道蛋白族
4.11 附錄
第5章 β-筒型外膜蛋白質的摺疊
5.1 OmpA的SDS-OG-DMPC摺疊過程
5.2 OmpA的UREA-DMPC摺疊過程
5.3 OmpA摺疊的3箇中間過程
5.4 用螢光猝滅技術研究OmpA的摺疊過程
第6章 神經網路概述
6.1 生物神經元簡介
6.2 人工神經元
6.3 神經網路計算模型
6.4 感知機
6.5 BP神經網路
第7章 蛋白質結構的神經網路預測
7.1 z-坐標值神經網路預測法
7.2 β-結構的神經網路直接預測法
第8章 隱馬氏模型基礎
8.1 HMM模型的基本概念
8.2 前向後向算法
8.3 Viterbi算法
8.4 Baum-Welch算法
第9章 蛋白質結構的隱馬氏模型預測
9.1 基於序列模體的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
9.2 含4類子模型的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
9.3 表示摺疊股方向的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
第10章 基於物理化學性質的結構辨識方法
10.1 通過構象參數規則辨識蛋白質結構
10.2 4個指標辨識蛋白質結構
10.3 基於殘基統計指標辨識蛋白質結構
10.4 殘基在β-筒型蛋白質不同位置的統計特性
10.5 筒型蛋白質摺疊股間的相互作用模式
附錄
參考文獻
1.1 胺基酸
1.2 肽鏈
1.3 肽鍵的空間結構與β-摺疊
第2章 蛋白質資料庫PDB
2.1 PDB數據格式
2.2 序列和原子坐標記錄
2.3 蛋白質二級結構數據
2.4 注釋記錄
2.5 連線類記錄
第3章 β-筒型外膜蛋白質
3.1 β-筒型外膜蛋白質的結構
3.2 良筒型外膜蛋白質的功能
3.3 β-摺疊股的N端和C端不對稱
3.4 角度模型
3.5 側鏈旋轉異構體
第4章 β-筒型外膜蛋白質的數據
4.1 OMPA超族
4.2 OMP超族
4.3 Autotransporter超族
4.4 OMPLA超族
4.5 Tsx超族
4.6 長鏈脂肪酸轉運蛋白族
4.7 寡糖轉運蛋白族
4.8 孔蛋白族
4.9 麥芽糖孔蛋白族
4.10 配體門控通道蛋白族
4.11 附錄
第5章 β-筒型外膜蛋白質的摺疊
5.1 OmpA的SDS-OG-DMPC摺疊過程
5.2 OmpA的UREA-DMPC摺疊過程
5.3 OmpA摺疊的3箇中間過程
5.4 用螢光猝滅技術研究OmpA的摺疊過程
第6章 神經網路概述
6.1 生物神經元簡介
6.2 人工神經元
6.3 神經網路計算模型
6.4 感知機
6.5 BP神經網路
第7章 蛋白質結構的神經網路預測
7.1 z-坐標值神經網路預測法
7.2 β-結構的神經網路直接預測法
第8章 隱馬氏模型基礎
8.1 HMM模型的基本概念
8.2 前向後向算法
8.3 Viterbi算法
8.4 Baum-Welch算法
第9章 蛋白質結構的隱馬氏模型預測
9.1 基於序列模體的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
9.2 含4類子模型的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
9.3 表示摺疊股方向的HMM模型預測β-筒型蛋白質結構
第10章 基於物理化學性質的結構辨識方法
10.1 通過構象參數規則辨識蛋白質結構
10.2 4個指標辨識蛋白質結構
10.3 基於殘基統計指標辨識蛋白質結構
10.4 殘基在β-筒型蛋白質不同位置的統計特性
10.5 筒型蛋白質摺疊股間的相互作用模式
附錄
參考文獻
