秘書組是國家清史編纂委員會常設的綜合性管理部門，是編委會主任及主任辦公會議的辦事機構。
秘書組的職責是承擔編委會主任及主任辦公會議布置的工作事項，做好編委會主任、副主任的助理工作，發揮作為編委會領導班子的助手以及信息樞紐作用。
具體工作職責包括：
1 負責編委會主任、副主任的秘書工作，協助領導做好各自分管部門的管理和聯繫，起草編委會重要檔案和領導講話稿，安排並參加編委會主任辦公會議、編委會部門聯席會議以及其他日常工作會議；
2 與清史辦有關部門協同處理編委會的辦公室日常事務，安排編委會領導的出行、接待等日常事務，組織、協調編委會重大事項和大型活動，開展對外聯絡和宣傳，接待重要來賓；
3 負責編委會委員的聯絡工作，負責編委會工作會議的學術組織工作，做好錄音整理和會議檔案、紀要、新聞通稿的草擬及編印，協助清史辦有關部門搞好會議服務工作；
4 負責編委會各部門之間的綜合協調以及相關工作的督促落實；負責編委會內部的檔案收發、運轉、處理和保密工作；負責執行“工作報告制度”，編印《清史編纂通訊》；負責清史編纂工程信息的蒐集、匯總以及重要數據的統計工作；設立檔案檔案庫，收集和保管編委會重要檔案檔案；
5 負責編委會與清史辦各部門的聯絡、協作及配合工作；
6 參與編委會領導安排的有關學術研究工作；
7 承擔編委會領導交辦的其他工作。
秘書組負責人先後為王江、董建中、王立新，現為劉文鵬。
