科學出版社東京分社是經國家新聞出版總署和商務部批准，在日本東京設立的中國科技出版傳媒股份有限公司的全資子公司。成立於2009年7月，地點在日本國東京都。
主要業務範圍：
1. 利用中國學者的內容資源，翻譯出版發行日文版圖書，以人文社科、科學技術、時政經濟等學術專著，以及科學圖鑑，文物圖鑑，傳統文化、歷史文化著作等為主要出版方向；
2. 中、日文版圖書的著作權代理；
3. 中、日文版書刊的銷售。
科學出版社東京成立以來，已出版學術類圖書100多種，並全部進入日本國日文圖書主流發行渠道銷售，還與日本多家發行商建立了良好的合作關係，同時也建立了大型專業圖書的個性化發行渠道。科學出版社東京分社已建立穩定的、具有較高水準的譯者隊伍，已培養酷愛中國文化且熟悉中國、日本兩國圖書市場和兩國文化的圖書編輯和出版專業人才。科學出版社東京分社還與京都大學、東京大學、奈良文化研究所、大東文化大學、京都泉屋博古館、大阪陶瓷博物館、東京博物館等多個單位的學者建立了良好的合作關係。
科學出版社東京分社策劃出版多種圖書系列。“中國文物圖鑑及學術全集系列”中有《中國出土壁畫全集》（11卷）、《雲岡石窟》（20卷42冊）、《文物藏品標準定級圖例》（6卷）、《洛陽銅鏡》（上下）等等已在日本發行；“中國歷史專史系列”中有《中國七千年絲綢科技史》、《中國針灸史》、《中國音樂史》等等已出版發行；“中國時政及經濟學術著作系列”中有《改革是中國最大的紅利》《辯論“中國模式”》《中國震撼》《中國經濟數字地圖》《中國集體領導體制》《人民幣國際化報告Ⅰ、Ⅱ》《民主的中國經驗》等一批書已出版發行；另有“中國非物資文化遺產系列”“中國書畫系列”等多個系列的數十種圖書出版發行。
科學出版社東京分社出版的圖書均在當地製作宣傳單，寄發到日本各高校圖書館、研究機構及公共圖書館；也在當地報紙上刊登廣告宣傳，並參加每年的東京國際書展展示宣傳。由於出版的圖書按當地質量標準要求製作，已在當地樹立較好的品牌影響。
