福建工程學院提出並開展“福建自貿區智慧財產權研究中心”建設，是落實學校學科發展布局的重要舉措之一。福建自貿區智慧財產權研究中心依託福建工程學院法學院長期以來較紮實的人才團隊、條件資源和學術成果積累，圍繞我省自貿區產品供應鏈智慧財產權保護領域等重要課題開展系統的研究和套用，為福建自貿區產品供應鏈智慧財產權合作保護提供支持。
福建自貿區智慧財產權研究中心包括福建自貿區智慧財產權戰略與管理研究、福建自貿區專利分析與運營研究、福建自貿區智慧財產權糾紛解決研究等3個研究方向，各方向具有良好的學術積累，凸顯與福建自貿區建設緊密結合的特色和優勢。
福建自貿區智慧財產權研究中心的建設目標明確，在從事的研究領域內有省內外知名的學術帶頭人，擁有一支結構較合理研究和服務水平較高的科研隊伍,平台現主任為許步國教授，團隊成員一半以上為副高上職稱，在智慧財產權理論和實務領域積累了大量的中心的建設與發展奠定了良好研究成果和實務經驗，為福建自貿區智慧財產權研究中的基礎。
福建自貿區智慧財產權研究中心包括福建自貿區智慧財產權戰略與管理研究、福建自貿區專利分析與運營研究、福建自貿區智慧財產權糾紛解決研究等3個研究方向，各方向具有良好的學術積累，凸顯與福建自貿區建設緊密結合的特色和優勢。
福建自貿區智慧財產權研究中心的建設目標明確，在從事的研究領域內有省內外知名的學術帶頭人，擁有一支結構較合理研究和服務水平較高的科研隊伍,平台現主任為許步國教授，團隊成員一半以上為副高上職稱，在智慧財產權理論和實務領域積累了大量的中心的建設與發展奠定了良好研究成果和實務經驗，為福建自貿區智慧財產權研究中的基礎。
福建自貿區智慧財產權研究中心主要研究方向及內容：
與上海類似，福建自貿區將逐步實施“一線”徹底放開，管住， "區內”貨物自由流動的監管服務新模式。所謂“一線”是指國境線， "二線”是指“關境線”。自貿區的運作模式決定了其在智慧財產權方面會遇到一些不同於非自貿區的問題。本研究中心以福建自貿區為基礎，以產品供應鏈為線索，以智慧財產權保護問題的新發展及新對策為核心展開研究。其研究方向和研究內容
福建自貿區智慧財產權研究中心主要包括以下9個方面：
1,為福建自貿區智慧財產權制度的完善獻計獻策
(1)完善自貿區關於智慧財產權保護方面的立法
中國對經過自由貿易試驗區中轉的過境貨物的智慧財產權監管，可以借鑑歐盟
2012年2月發布的《過境貨物智慧財產權執法指南》的做法，以規範海關執法實踐和法院的司法適用，即證明國際中轉的貨物意圖在中國大陸銷售時，才能被認定侵犯相關權利，構成假冒或盜版等侵權貨物。由於這一規定與現行的智慧財產權法律沒有衝突，可以通過地方規章的方式實現。另可加強非物質文化遺產保護方面的立法工作。
具體立法時，應先成立調研工作組對自貿區進行深入的調研，基於準確、真實的數據形成調研報告；聘請智慧財產權相關領域專家進行理論研究；開展法規、規章意見徵詢會及立法聽證會，認真聽取社會公眾特別是自貿區各行業協會的意見和建議。充分考查我國國情和現有政策以及自貿區的實際情況，參考國外先進的立法成果和國際發展的趨勢，形成自貿區關於智慧財產權條例的草案，提請福建省人大或省政府以地方性法規的形式出台相關法規。
(2)建立多元化智慧財產權糾紛解決機制協商和解糾紛解決機制：協商和解包括當事人自主協商和通過第三人促成當事人達成和解的糾紛解決程式。自貿區應規範當事人的協商和解的程式，完善行業協會、中介組織、相關領域的技術專家、法律專家以及國外相關機構組織作為第三人參與解決糾紛的相關規定。
同時，建立行政機關和法院和解解決糾紛程式，比如審前會議、訴訟和解、訴訟調解等。健全完善自主調解、行政調解與司法調解相銜接的“三位一體”調解機制，把大量矛盾糾紛化解在法庭外，減輕法院審理訴訟案件的壓力，充分利用司法資源提高爭端的解決效率。
(2)建立多元化智慧財產權糾紛解決機制協商和解糾紛解決機制：協商和解包括當事人自主協商和通過第三人促成當事人達成和解的糾紛解決程式。自貿區應規範當事人的協商和解的程式，完善行業協會、中介組織、相關領域的技術專家、法律專家以及國外相關機構組織作為第三人參與解決糾紛的相關規定。
同時，建立行政機關和法院和解解決糾紛程式，比如審前會議、訴訟和解、訴訟調解等。健全完善自主調解、行政調解與司法調解相銜接的“三位一體”調解機制，把大量矛盾糾紛化解在法庭外，減輕法院審理訴訟案件的壓力，充分利用司法資源提高爭端的解決效率。
仲裁解決機制：借鑑上海自貿區的經驗，結合福建省的實際情況，制定《福建自由貿易試驗區仲裁規則》。完善申請仲裁的“臨時措施”,並增設“緊急仲裁庭”制度，防止利害關係人惡意危害仲裁程式的正常進行，使得當事人能夠及時有效的獲取臨時性救濟。增設“小額爭議程式”,壓縮了仲裁程式的期限，提高了仲裁的效率，降低了相應的仲裁收費。這些仲裁規則同國際貿易仲裁接軌，給當事人更多的自主選擇權，有利於推進自貿試驗區經濟的發展。建立糾紛的訴訟與非訴解決方式的協同機制：在行政執法機構、海關、法院、仲裁機構、調解機構建立良好的溝通平台，實現信息共享，規則協調，同時，義持非訟機構的工作，為仲裁、調解結果的執行保駕護航。
2、自貿區智慧財產權執法體系的完善研究，智慧財產權行政管理實行“三權合一”的管理模式，著作權、專利權和商標權由自貿區管委會下屬部門統一管理，該部門主要承擔提供有關智慧財產權的備案、統計、調研、諮詢等行政服務等工作。自貿區管委設立智慧財產權綜合執法大隊，綜合執法大隊依法集中行使智慧財產權行政處罰權、行政強制措施權和行政檢查權。除此之外，還可以設立聯合執法辦公室、市場規範管理處、電子平台監督管理處、
智慧財產權促進處等部門。明確管委會智慧財產權工作部門的組織結構、職能部門、許可權予以明確界定，確保其在法律規定的範圍內各司其職。
2、自貿區智慧財產權執法體系的完善研究，智慧財產權行政管理實行“三權合一”的管理模式，著作權、專利權和商標權由自貿區管委會下屬部門統一管理，該部門主要承擔提供有關智慧財產權的備案、統計、調研、諮詢等行政服務等工作。自貿區管委設立智慧財產權綜合執法大隊，綜合執法大隊依法集中行使智慧財產權行政處罰權、行政強制措施權和行政檢查權。除此之外，還可以設立聯合執法辦公室、市場規範管理處、電子平台監督管理處、
智慧財產權促進處等部門。明確管委會智慧財產權工作部門的組織結構、職能部門、許可權予以明確界定，確保其在法律規定的範圍內各司其職。
管委會的智慧財產權部門建立統一的智慧財產權監管與維權中心，實行一個視窗對外、統一受理的行政執法模式。
福建自貿區智慧財產權研究中心中心對外開通統，熱線，並在自貿區的網站上設立諮詢保護方面的諮詢和投訴，受理維權請求。中心在受理案件之後，再將其整理分類後，通知並轉交綜合執法大隊或相關執法單位核查處理。
實行“三權合一”的模式，一方面，可以提高智慧財產權管理效率，另一方面，可以為園區內智慧財產權企業和人員提供“一站式”服務。智慧財產權企業和人員進行智慧財產權備案、統計、調研、諮詢等事項，可以集中去某一個部門辦理，使管理變得更加便捷、人性化和規範化。
3,自貿區智慧財產權海關監管機制的建立健全研究在立法層面進一步明確海關在自由貿易試驗區內的執法權，使其能夠以透明和專業的模式查驗、扣押假貨和盜版產品，防止侵權者為逃避法律制裁而改變貨物運輸目的地，達到打擊侵權，促進合法商業的目的。
其次，在智慧財產權海關保護條例和實施細則中明確海關在自由貿易試驗區等特殊監管區域內的智慧財產權執法範圍和一般規則，並明確海關在過境貨物智慧財產權監管中啟動智慧財產權保護的程式。
