根據省局《關於印發福建省食品藥品質量檢驗研究院（海峽化妝品保健食品檢驗檢測中心）職能配置內設機構和人員編制規定的通知》（閩食藥監人〔2015〕49號）精神，其主要職責是：
（一）承擔食品(保健食品)監督、風險監測、許可（註冊）、強制檢驗及委託檢驗等檢驗檢測工作；
（二）承擔藥品監督、評價、註冊、強制檢驗、復驗及委託檢驗工作；
（三）承擔化妝品監督、風險監測、行政許可、備案、強制檢驗及委託檢驗工作；
（四）承擔進口藥品檢驗及質量標準覆核工作；
（五）承擔國家及地方標準的起草、覆核及修訂工作；法定標準物質的初選和協作標定工作；
（六）開展相關的科研和技術服務工作；
（七）承擔對全省食品藥品檢驗機構、生產企業質檢部門的業務指導和人員培訓工作；
（八）承擔上級部門交辦的其他有關工作。
