根據省局《關於印發福建省食品藥品認證審評中心職能配置內設機構和人員編制規定的通知》（閩食藥監人〔2015〕46號）精神，其主要職責是：
（一）承擔食品、藥品、保健食品、化妝品、醫療機構製劑註冊、再註冊或許可事項技術審查（或審評）工作；醫療器械產品註冊、延續註冊、許可事項變更註冊的技術審評工作。
（二）承擔藥品生產質量管理規範認證、藥品經營 (批發及零售連鎖總部)質量管理規範認證；承辦食品、保健食品、化妝品、藥品、藥包材註冊、再註冊或許可事項現場核查工作，以及醫療器械生產質量管理規範檢查工作。
（三）承擔省級食品、藥品、保健食品、化妝品、醫療器械等審核查驗員和評審員、GSP認證檢查員、GMP認證檢查員的日常管理（遴選、使用、培訓、考核等）工作；
（四）開展食品、藥品、保健食品、化妝品、醫療器械等審評和核查相關的研究工作及國內外的交流與合作；
（五）指導設區市級相應機構開展技術審評及審核查驗工作；
（六）為食品、保健食品、化妝品、藥品、醫療器械的研製、生產、經營、使用單位提供技術指導和服務；
（七）承擔省局交辦的其他有關事項。
