福建工程學院馬克思主義學院源自原福建職業技術學院的基礎教學部和原福建建築高等專科學校的社會科學部。馬克思主義學院擁有一支教學經驗豐富、教研科研能力強的師資隊伍。目前，共有專任教師35名，其中教授6人，副教授14人，高級職稱占教師比例為57%，具有博士、碩士學位的教師32人，占教師比例為91%。
福建工程學院馬克思主義學院源自原福建職業技術學院的基礎教學部和原福建建築高等專科學校的社會科學部。2002年8月二校合併升本後，原二校相應的教學機構通過整合調整成立馬克思主義理論教研部，承擔學校政治理論課和思想品德課的教學教研任務。2007年學校機構調整，原馬克思主義理論教研部與新成立的法學系合屬辦公，2011年3月根據上級的有關檔案精神，學校將“馬克思主義理論教研部”重新作為學校的二級機構單獨設立，並更名為“思想政治理論課教研部”。2016年10月，根據上級有關精神和學校教育事業發展的需要，思想政治理論課教研部更名為馬克思主義學院，承擔全校思想政治理論課和心理健康教育課的教學與馬克思主義理論學科研究的任務。
馬克思主義學院擁有一支教學經驗豐富、教研科研能力強的師資隊伍。目前，共有專任教師35名，其中教授6人，副教授14人，高級職稱占教師比例為57%，具有博士、碩士學位的教師32人，占教師比例為91%。
馬克思主義學院設有馬克思主義理論和中國問題研究所、套用倫理與大學生德育研究所2個研究所，有基礎教研部、綱要教研部、原理教研部、概論教研部、形勢與政策教研部、心理健康教育教研部等6個教研部。有1個校級重點學科（馬克思主義理論），2門省級精品課程（《毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論》、《思想道德修養與法律基礎》），三門校級精品課程（《馬克思主義基本原理概論》、《中國近現代史綱要》、《形勢與政策》）。有福建省第一批思想政治理論課學科帶頭人培養對象1名，省級思想政治理論課教學團隊1個。獲得省社科優秀成果二等獎1項、三等獎1項。
2016年10月19日上午，福建工程學院馬克思主義學院揭牌儀式在田家炳樓一樓舉行。校黨委書記吳仁華、副書記何代欽共同為馬克思主義學院揭牌。
吳仁華就成立馬克思主義學院的重要性和如何加強馬克思主義學院建設講話，他指出，馬克思主義學院不僅是一個簡單教學科研機構，也不僅僅是換個“牌子”，而是要真正成為在師生中開展理想信念教育的主陣地，在大學生思想政治教育過程中發揮主渠道的重要作用。
吳仁華還就辦好馬克思主義學院提出四點要求：要推動思想政治理論課綜合改革創新，使之成為教學和科研的雙中心、雙基地；要大力推進馬克思主義理論學科建設；要進一步加強教師隊伍建設；要以思想政治理論課建設為核心，提高思想政治理論課教育教學效果。
成立馬克思主義學院，是該校認真貫徹《中共中央宣傳部教育部關於進一步加強高校思想政治理論課教師隊伍建設的意見》的具體舉措，標誌著該校馬克思主義理論課教育教學與學科建設工作進入了新的發展階段。
