真菌分類表，本列表使用NCBI所公告之真菌分類表為準。
以前的分類學家將真菌和細菌都列為植物，稱為菌類植物，但他們和植物相當不同，都是異養生物，現在的分類法傾向將它們獨立在動物和植物之外，各自單獨分為一個界。
外囊菌亞門（Taphrinomycotina）,粒毛盤菌綱（Neolectomycetes）,肺孢子菌綱(Pneumocystidomycetes),裂殖酵母綱(Schizosaccharomycetes),盤菌亞門(Pezizomycotina),星裂菌綱(Arthoniomycetes),刺盾炱綱(Chaetothyriomycetes),座囊菌綱(Dothideomycetes),散囊菌綱(Eurotiomycetes),蟲囊菌綱(Laboulbeniomycetes),茶漬綱(Lecanoromycetes),微孢衣亞綱(Acarosporomycetidae),茶漬亞綱(Lecanoromycetidae),厚頂盤菌亞綱(Ostropomycetidae),錘舌菌綱(Leotiomycetes),李基那地衣綱(Lichinomycetes),圓盤菌綱(Orbiliomycetes),盤菌綱(Pezizomycetes),糞殼菌綱(Sordariomycetes),肉座菌亞綱(Hypocreomycetidae),糞殼菌亞綱(Sordariomycetidae),酵母菌亞門(Saccharomycotina),擔子菌門(Basidiomycota),異擔子菌綱(Heterobasidiomycetes),異擔子菌亞綱(Heterobasidiomycetidae),銀耳亞綱(Tremellomycetidae),同擔子菌綱(Homobasidiomycetes),鏽菌綱(Urediniomycetes),亞綱(Agaricostilbomycetidae),微球黑粉菌亞綱(Microbotryomycetidae),鏽菌亞綱(Urediniomycetidae),黑粉菌綱(Ustilaginomycetes),亞綱(Entorrhizomycetidae),外擔子菌亞綱(Exobasidiomycetidae),球囊菌門(Glomeromycota),接合菌門(Zygomycota),毛菌綱(Trichomycetes),
外囊菌亞門（Taphrinomycotina）
[title3]粒毛盤菌綱（Neolectomycetes）[/title3]
粒毛盤菌綱（Neolectomycetes）
[title3]肺孢子菌綱(Pneumocystidomycetes)[/title3]
肺孢子菌綱(Pneumocystidomycetes)
[title3]裂殖酵母綱(Schizosaccharomycetes)[/title3]
裂殖酵母綱(Schizosaccharomycetes)
[title3]外囊菌綱(Taphrinomycetes)[/title3]
盤菌亞門(Pezizomycotina)
[title3]星裂菌綱(Arthoniomycetes)[/title3]
星裂菌綱(Arthoniomycetes)
[title3]刺盾炱綱(Chaetothyriomycetes)[/title3]
刺盾炱綱(Chaetothyriomycetes)
[title3]座囊菌綱(Dothideomycetes)[/title3]
座囊菌綱(Dothideomycetes)
[title3]散囊菌綱(Eurotiomycetes)[/title3]
散囊菌綱(Eurotiomycetes)
[title3]蟲囊菌綱(Laboulbeniomycetes)[/title3]
蟲囊菌綱(Laboulbeniomycetes)
[title3]茶漬綱(Lecanoromycetes)[/title3]
茶漬綱(Lecanoromycetes)
[title4]微孢衣亞綱(Acarosporomycetidae)[/title4]
微孢衣亞綱(Acarosporomycetidae)
[title4]茶漬亞綱(Lecanoromycetidae)[/title4]
茶漬亞綱(Lecanoromycetidae)
[title4]厚頂盤菌亞綱(Ostropomycetidae)[/title4]
厚頂盤菌亞綱(Ostropomycetidae)
[title3]錘舌菌綱(Leotiomycetes)[/title3]
錘舌菌綱(Leotiomycetes)
[title3]李基那地衣綱(Lichinomycetes)[/title3]
李基那地衣綱(Lichinomycetes)
[title3]圓盤菌綱(Orbiliomycetes)[/title3]
圓盤菌綱(Orbiliomycetes)
[title3]盤菌綱(Pezizomycetes)[/title3]
盤菌綱(Pezizomycetes)
[title3]糞殼菌綱(Sordariomycetes)[/title3]
糞殼菌綱(Sordariomycetes)
[title4]肉座菌亞綱(Hypocreomycetidae)[/title4]
肉座菌亞綱(Hypocreomycetidae)
[title4]糞殼菌亞綱(Sordariomycetidae)[/title4]
糞殼菌亞綱(Sordariomycetidae)
[title4]炭角菌亞綱(Xylariomycetidae)[/title4]
酵母菌亞門(Saccharomycotina)
[title3]酵母綱(Saccharomycetes)[/title3]
擔子菌門(Basidiomycota)
[title3]異擔子菌綱(Heterobasidiomycetes)[/title3]
異擔子菌綱(Heterobasidiomycetes)
[title4]異擔子菌亞綱(Heterobasidiomycetidae)[/title4]
異擔子菌亞綱(Heterobasidiomycetidae)
[title4]銀耳亞綱(Tremellomycetidae)[/title4]
銀耳亞綱(Tremellomycetidae)
[title3]同擔子菌綱(Homobasidiomycetes)[/title3]
同擔子菌綱(Homobasidiomycetes)
[title3]鏽菌綱(Urediniomycetes)[/title3]
鏽菌綱(Urediniomycetes)
[title4]亞綱(Agaricostilbomycetidae)[/title4]
亞綱(Agaricostilbomycetidae)
[title4]微球黑粉菌亞綱(Microbotryomycetidae)[/title4]
微球黑粉菌亞綱(Microbotryomycetidae)
[title4]鏽菌亞綱(Urediniomycetidae)[/title4]
鏽菌亞綱(Urediniomycetidae)
[title3]黑粉菌綱(Ustilaginomycetes)[/title3]
黑粉菌綱(Ustilaginomycetes)
[title4]亞綱(Entorrhizomycetidae)[/title4]
亞綱(Entorrhizomycetidae)
[title4]外擔子菌亞綱(Exobasidiomycetidae)[/title4]
外擔子菌亞綱(Exobasidiomycetidae)
[title4]黑粉菌亞綱(Ustilaginomycetidae)[/title4]
球囊菌門(Glomeromycota)
[title3]球囊菌綱(Glomeromycetes)[/title3]
接合菌門(Zygomycota)
[title3]毛菌綱(Trichomycetes)[/title3]
毛菌綱(Trichomycetes)
[title3]接合菌綱(Zygomycetes)[/title3]
