皖南行署，是中華民國時期安徽省政府的地方派出機關。
民國26年（1937年），抗日戰爭爆發之後，安徽省沿江重城蕪湖、安慶相繼失守，安徽省政府遷至六安縣，後遷立煌縣。由於省政府對皖南各縣指揮不便，因此開始有設立皖南行署之議。民國27年（1938年）4月16日，皖南行政公署在休寧縣屯溪鎮（今黃山市屯溪區）正式成立。皖南行政公署秉承安徽省政府主席的命令，在所轄區域內執行一切政令，以安徽省政府主席名義行文，由行政公署主任副署。
行政公署設主任1人，在安徽省政府委員當中提請1人，由國民政府簡派之，綜理全署事務，監督所屬職員及機關。皖南行政公署成立時，任命戴戟為行署主任，由於與李品仙等新桂系人物之間發生矛盾，後來被免職。民國29年（1940年）1月，黃紹耿接任行署主任，黃屬桂系，對於皖南錯縱複雜的局面難於應付，被免職。民國31年（1942年）1月正式任命張宗良為皖南行署主任，民國34年（1945年）抗戰結束後，安徽省政府遷至合肥縣，皖南行政公署已無存在的必要，因此於同年11月15日正式結束。
民國37年（1948年）12月4日，安徽省政府南遷懷寧縣安慶城。省政府鑒於江北不少地區已入解放軍之手，因應國共內戰情勢，決定重設皖南行政公署。因此在宣城正式成立，主任為張義純，旋遷屯溪鎮。民國38年（1949年）2月，張義純任省政府主席。3月2日，皖南行政公署併入遷駐屯溪鎮的安徽省政府。
行政公署設主任1人，在安徽省政府委員當中提請1人，由國民政府簡派之，綜理全署事務，監督所屬職員及機關。皖南行政公署成立時，任命戴戟為行署主任，由於與李品仙等新桂系人物之間發生矛盾，後來被免職。民國29年（1940年）1月，黃紹耿接任行署主任，黃屬桂系，對於皖南錯縱複雜的局面難於應付，被免職。民國31年（1942年）1月正式任命張宗良為皖南行署主任，民國34年（1945年）抗戰結束後，安徽省政府遷至合肥縣，皖南行政公署已無存在的必要，因此於同年11月15日正式結束。
民國37年（1948年）12月4日，安徽省政府南遷懷寧縣安慶城。省政府鑒於江北不少地區已入解放軍之手，因應國共內戰情勢，決定重設皖南行政公署。因此在宣城正式成立，主任為張義純，旋遷屯溪鎮。民國38年（1949年）2月，張義純任省政府主席。3月2日，皖南行政公署併入遷駐屯溪鎮的安徽省政府。
