當反相填料色譜柱使用接近100%的水為流動相時，有時會發生分離突然喪失及被分析物質保留明顯降低或完全不保留的現象，這就是疏水坍塌。此現象是由流動相不浸潤固定相表面而致。
碳長鏈(常見的有C18，C8等)在有機相中是呈舒展的毛刷狀的，被測物色譜保留的作用力主要是和非級性的烷基長鏈的作用，所以含碳量高即烷基長鏈的C數和健合密度高，其色譜保留就強。但烷基長鏈長時間在水中,由於水的表面張力作用,會擠壓烷基長鏈使他們聚集或蜷縮於矽膠表面，其其表觀表面積大大減少，導致色譜無保留行為。
目前常規的C18柱已經可以在95%左右的水相環境下正常使用而不發生疏水塌陷現象。純水中使用，則需要使用經過修飾改性的專用耐水柱進行。
需要注意的是，一般的疏水塌陷現象是可以修復的，方法是先用含大量有機組分或純有機的流動相浸潤固定相，一般使用低流速過夜沖洗，再用較小比例有機相的流動相進行較長時間平衡即可。
