異噬作用溶酶體對外源性異物的消化過程稱為異噬作用（heterophagy）。細胞外物質（如作為營養成分的大分子顆粒物質、細菌、病毒等）經吞噬作用或吞飲作用進入細胞，形成吞噬體（phagosome）或吞飲泡(pinocytotic),它們與初級溶酶體相融合後成為次級溶酶體。次級溶酶體內的各種大分子在水解酶的作用下，被分解為小分子物質，小分子通過溶酶體膜上的載體蛋白轉運到細胞質中，供細胞代謝使用。未被消化的物質殘留在溶酶體中，形成殘餘體。
