由德林，1991年畢業於長春工業大學，2001年於吉林大學獲生物化學與分子生物學專業博士學位。2001-2003年在北京大學生命科學學院做博士後研究，2003年於上海交通大學微生物代謝國家重點實驗室工作，2010-2011年在麻省理工學院進行合作研究。研究領域涉及微生物天然產物生物合成和DNA大分子磷硫醯化修飾。先後主持國家自然科學基金項目、國家高技術研究發展計畫 重大項目(863計畫)、上海市科學技術委員會研究項目。
基本介紹
- 中文名：由德林
- 國籍：中國
- 畢業院校：長春工業大學
- 主要成就：研究領域涉及微生物天然產物生物合成和DNA大分子磷硫醯化修飾
人物經歷,研究方向,主要貢獻,發表論文,著作,發明專利,
人物經歷
1991年畢業於長春工業大學，2001年於吉林大學獲生物化學與分子生物學專業博士學位。2001-2003年在北京大學生命科學學院做博士後研究，2003年於上海交通大學微生物代謝國家重點實驗室工作，2010-2011年在麻省理工學院進行合作研究。研究領域涉及微生物天然產物生物合成和DNA大分子磷硫醯化修飾。先後主持國家自然科學基金項目、國家高技術研究發展計畫 重大項目(863計畫)、上海市科學技術委員會研究項目。相關研究成果發表在Chemistry & Biology、Nucleic Acids Research 、Biochemistry和Nature Chemical Biology等。
研究方向
1. 微生物代謝產物生物合成的分子基礎
以具有新穎結構、獨特生理活性的微生物次級代謝產物為研究對象，綜合運用生物化學、分子遺傳學和化學生物學等手段，開展微生物次級代謝產物的分離鑑定、生物合成基因簇的克隆、生物合成途徑和調控機制及生物活性與功能的研究，並在此基礎上開展活性天然產物的結構修飾和組合生物合成改造。目前集中在微生物天然產物xantholipin、Piericidin、Chlortetracycline、Agri-Antibiotic 120（Anisomycin 和Tetramycin）和Candicidin的生物合成途徑和酶反應機制研究。
2. DNA大分子硫修飾的生物化學機理
從細菌中發現的DNA大分子磷硫醯化出發，調查DNA大分子硫修飾的生物類別和分布規律，利用生物學和化學的研究方法，研究DNA骨架磷硫醯化修飾的生物化學途徑、生物學作用和產生機理，為DNA大分子硫修飾的套用研究奠定科學基礎。
主要貢獻
發表論文
13. Zhang W, Wang L, Kong L, Wang T, Chu Y, Deng Z, You D*. Unveiling the post-PKS redox tailoring steps in biosynthesis of the type II polyketide antitumor antibiotic xantholipin. Chem Biol. 2012, DOI: 10.1016/j.chembiol.2012.01.016
12. Liu Q, Yao F, Chooi Y, Kang Q, Xu W, Li Y, Shao Y, Shi Y, Deng Z, Tang Y*, You D*. Elucidation of piericidin A1 biosynthetic locus revealed a thioesterase-dependent mechanism of α-pyridone ring formation. Chem Biol. 2012, 19(2):243-53.
11. Wang T, Bai L, Zhu D, Lei X, Liu G, Deng Z, You D*. Enhancing macrolide production in Streptomyces by coexpressing three heterologous genes. Enzyme Microb.Tech. 2012, 50: 5-9.
10. Xu T, Yao F, Zhou X, Deng Z*, You D*. A novel host-specific restriction system associated with DNA backbone S-modification in Salmonella. Nucleic Acids Research. 2010, 38(20): 7133-41.
9. Yao F, Xu T, Zhou X, Deng Z*, You D*. Functional analysis of spfD gene involved in DNA phosphorothioation in Pseudomonas fluorescens Pf0-1. FEBS Lett. 2009, 583(4):729-33.
8. Xu T, Liang J, Chen S, Wang L, He X, You D, Wang Z, Li A, Xu Z, Zhou X, Deng Z*. DNA phosphorothioation in Streptomyces lividans: mutational analysis of the dnd locus. BMC Microbiol. 2009, 9: 41.
7. You D*, Xu T, Yao F, Zhou X, Deng Z*. Direct evidence that ThiI is an ATP pyrophosphatase for the adenylation of uridine in 4-thiouridine biosynthesis. Chembiochem 2008, 9(12):1879-82.
6. Zhou Y, Meng Q, You D, Li J, Chen S, Ding D, Zhou X, Zhou H*, Bai L*, Deng Z. Selective removal of aberrant extender units by a type II thioesterase for efficient FR-008/candicidin biosynthesis in Streptomyces sp. strain FR-008. Appl Environ Microbiol. 2008, 74(23):7235-42.
5. Wang L, Chen S, Xu T, Taghizadeh K, Wishnok JS, Zhou X, You D, Deng Z*, Dedon PC*. Phosphorothioation of DNA in bacteria by dnd genes. Nat Chem Biol. 2007, 3(11): 709-10.
4. Chen Q, You D, Liang Y, Su X, Gu X, Luo M, Zheng X*. Crystal structure of Thermoanaerobacter tengcongensis hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase L160I mutant--insights into inhibitor design. FEBS J. 2007, 274(17):4408-15.
3. You D, Wang L, Yao F, Zhou X, Deng Z*. A novel DNA modification by sulfur: DndA is a NifS-like cysteine desulfurase capable of assembling DndC as an iron-sulfur cluster protein in Streptomyces lividans. Biochemistry 2007, 46(20):6126-33.
2. Liu T, You D, Valenzano C, Sun Y, Li J, Yu Q, Zhou X, Cane DE*, Deng Z*. Identification of NanE as the thioesterase for polyether chain release in nanchangmycin biosynthesis. Chem Biol. 2006, 13(9):945-55.
1. Wang L, Chen S, Xiao X, Huang X, You D, Zhou X, Deng Z*. arsRBOCT arsenic resistance system encoded by linear plasmid pHZ227 in Streptomyces sp. strain FR-008. Appl Environ Microbiol. 2006, 72(5):3738-42.。
著作
1. 《酶工程原理》, 由德林主編, 北京: 科學出版社, 2011.
發明專利
5. 四黴素的生物合成基因簇, 項目負責人, 申請號: 201110365125.0
4. 殺粉蝶菌素A1生物合成基因簇, 項目負責人, 申請號: 201110063924.2
3. 提高鏈黴菌抗生素產量的方法及其質粒, 項目負責人,申請號：201110054035.X
2. 黃脂菌素的生物合成基因簇, 項目負責人, 申請號：201010251262.7
1. 鏈黴菌線性質粒中抗砷基因簇, ZL20051003098
