生物醫學方法是從生物學角度剖析、認識機體的結構和功能、病理和病因，對疾病進行防治的一種醫學方法。強調這種方法的人認為，每一種疾病都必須並且可以在器官、細胞或生物大分子上找到可測量的形態或化學的變化，都可以確定出生物的和理化的特定原因，找到治療手段。
生物醫學方法是16世紀以後，在近代科學技術革命的推動下逐步形成的，它吸收了近代自然科學的分析方法、實驗方法、數學方法的成果，比古代籠統、含糊的整體醫學方法有了很大的進步，主要是對人體形態結構、生理、病理、病因的研究比較深入、細緻，對診斷、治療創造了一整套技術手段多、特異性強、行之有效的方法，使醫學擺脫了宗教神學的唯心主義觀念，從古代的直觀和思辨中解放出來，沿著科學的道路不斷前進，400多年來，形成了解剖學、生理學、生物化學、微生物學、病理學等50多門醫學學科和數百門分支學科，有力地促進了醫學的發展。但是，這種方法有它的缺陷，由於強調局部、強調個別、強調分解，使人產生了一種僵化的思想框架，妨礙了對疾病過程多因素綜合變化的全面認識。它只注意人的生物屬性，但忽視了人的思維屬性與社會屬性，忽視了心理因素和社會因素在人的發病和療愈過程中的重大作用，見病不見人，治病不治人，因此，這種方法，不僅在由社會因素或心理因素所致疾病面前束手無策，即使是對生物因素引起的疾病也有很大的局限性。
