生物乙醛酸循環是植物細胞內脂肪酸氧化分解之後，在乙醛酸體(glyoxysome)內生成蘋果酸;此琥珀酸可用於糖的合成的過程。動物和人類細胞中沒有乙醛酸體，無法將脂肪酸轉變為糖。植物和微生物有乙醛酸體。油料植物種子(花生、油菜、棉籽等)萌發時存在著能夠將脂肪轉化為糖的乙醛酸循環。水稻盾片中也分離出了乙醛酸循環中的蘋果酸合成酶。
脂肪酸經過β-氧化分解為乙醯CoA，在檸檬酸合成酶的作用下乙醯CoA與草醯乙酸縮合為檸檬酸，再經烏頭酸酶催化形成異檸檬酸。隨後，異檸檬酸裂解酶(isocitratelyase)將異檸檬酸分解為琥珀酸和乙醛酸。再在蘋果酸合成酶(malate synthetase)催化下，乙醛酸與乙醯CoA結合生成蘋果酸。蘋果酸脫氫重新形成草醯乙酸，可以再與乙醯CoA縮合為檸檬酸，於是構成一個循環。其總結果是由2分子乙醯CoA生成1分子琥珀酸。
