生態環境經濟效益審計是將某項經濟建設活動與其對自然生態環境的影響聯繫起來，綜合審評其效益的審計。審計的標準有：(1) 某項經濟建設活動是否會破壞自然生態平衡，程度如何。(2) 是否會造成環境污染，程度如何。(3) 是否會引起或誘發有害於人類和自然界動植物的疾病; (4) 是否會產生有害於生產工人的職業疾病，程度如何。(5) 該項經濟建設所產生的經濟利益與生態環境遭受的損失比較，孰重孰輕等等。對一項經濟建設活動的生態環境效益審計應放在事前進行，以免造成過大的經濟損失和對生態環境的破壞。
環境經濟問題的實質是生態經濟問題。它既受經濟規律的制約，也受自然規律的制約。人類的社會生產與周圍的生態環境是不可分割的。人類社會在與周圍環境進行物質交換的過程中，維持生態平衡，就能促進生產發展，同時保護環境質量，獲得經濟和生態兩方面的效益。反之，就得不到應有的經濟效益，還會造成生態平衡的破壞，影響經濟的進一步發展。因此在處理環境經濟問題上，必須做到經濟與生態之間的矛盾得到統一。
