生態模擬方法是套用系統分析原理建立生態系統數學模型,模擬生態系統行為和特點的研究方法。系統分析在生態學研究中的套用始於60年代。採用模型來描述和預測生態系統行為,主要根據等級組織原理,即把一個大系統劃分為若干亞系統,亞系統可再分為亞亞系統,從而造成一個有層次結構的系統。在預測系統或亞系統行為時,可以把其內部結構不清楚的對象看成“黑箱”,把外部對這個系統的影響看成輸入,而把這個對象對外部的影響看成輸出,通過對輸入輸出關係的研究,來預測“黑箱”的行為。“黑箱”理論是控制論方法,適用於複雜的生態學研究。建立模型常用集論、向量、矩陣代數、微分和積分等數學手段。