基本介紹
- 書名:生態及環境微生物學
- 又名:Topics in Ecological and Environmental Microbiology
- ISBN:9787030342928
- 頁數:749
- 定價:168.00元
- 出版社:科學出版社
- 出版時間:2012-6
- 副標題:生態及環境微生物學
內容介紹
本書目錄
前言
第一部分 微生物生態學
1.微生物生態學的原則
什麼是微生物生態學
微生物生態學的發展史
微生物生態學的範疇
微生物生態學的原則
總則
群體生態學的原則
生理生態學的原則
微生物生態學研究方法
對自然生態環境中微生物活性及分布的描述性研究
原位生長率或生物地球化學活性分析
模擬環境下自然生態樣品的操作(微生態系統)
現代實驗系統
微生物生態學的未來
微尺度的微生物學:單細胞微生物學
微生物生態學學說
培養的革新
最新進展
分子生態學技術進展
人體微生物群系
推薦閱讀
2.微生物食物網(webs)
引言
對微生物食物網的認識
組成與途徑
海洋食物網中的微生物
海洋浮游生物
底棲生物
微生物食物網在生物地球化學循環中的作用
後生動物的食物源
模擬微生物食物網
微生物間的化學相互作用
微生物食物網的空間結構
微生物食物網形式與功能的生物地理學研究進展
推薦閱讀
3.生物被膜
生物被膜的結構與功能
自然生態環境中的生物被膜
工業環境中的生物被膜
醫療系統中的生物被膜
結語
總結
推薦閱讀
4.微生物席
引言
棲息地分布
高鹽水中的微生物席
天然熱泉中的微生物席
南北極湖泊中的微生物席
陸生微生物席和殼
短期微生物席
熱帶珊瑚上的微生物席
研究的複雜性
微生物席生態系統案例研究
墨西哥Guererro Negro的微生物席
美國黃石公園章魚泉和蘑菇泉中的微生物席
微生物席對各種脅迫的回響
微生物對強光和UV脅迫的應激反應
乾燥與滲透壓脅迫
溫度脅迫
低pH、金屬、類金屬及有毒硫化物的脅迫
寡營養脅迫
結語
推薦閱讀
5.基因水平轉移:細菌對胞外DNA的吸收
細菌對胞外DNA的自然吸收過程
在各種不同環境中細菌對胞外DNA的吸收
土壤微生物對DNA的吸收
植物相關微生物對DNA的吸收
水體及沉積層中的微生物對DNA的吸收
消化道微生物對DNA的吸收
食品微生物對DNA的吸收
現用的DNA吸收系統的局限性
影響單個細菌細胞對DNA穩定吸收的因子
在細菌群體中水平獲得的DNA長期存在的影響
預測細菌對DNA吸收及使用遺傳修飾微生物(GMM)的潛在危險
推薦閱讀
6.超微真核生物
引言
什麼是海洋超微真核生物
方法驅動下的海洋超微真核生物研究史
可培養海洋超微真核生物的生物學
已培養的菌株
細胞結構
生理參數
超微生物的啟示
海洋環境中超微真核生物
主體豐度與分布
光合(PP)超微真核生物的生態功能
異養微生物(HP)的生態功能
研究超微真核生物生態的分子生物學手段
非分子生物學手段獲得的原位多樣性
環境樣品基因的直接克隆及序列分析
克隆文庫之外的手段:螢光原位雜交(FISH)和手跡技術
原位系統進化的多樣性
18S rDNA文庫的概況
相對知名的分類群
海洋多孔類及不等鞭毛類原生動物
屬於系統分類高層等級的新分類群
生物地球學
基因組水平的ERA
可培養的超微真核生物的基因組項目
環境基因組及元基因組
總結
最新進展
推薦閱讀
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7.藻華
引言
藻華的生理環境
藻華的化學環境
藻華的主要參與者
藍藻類
硅藻類
觸絲藻類
腰鞭毛蟲類
其他類群
藻華中的病原菌及藻的捕食者
周期性的和非尋常的藻華
春季藻華
秋季藻華
低緯度上涌洋流區域的藻華
其他類型藻華
有危害性的藻華
富鐵營養引起的藻華
最新進展
海洋基因組學
放棄斯維爾德魯普(Sverdrup)關鍵深度假說
捕食在非硅藻類藻華的抑制作用及浮游生態系統中鐵的再循環中的作用
未來研究之路
致謝
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8.環境病毒庫
引言
自然環境中的病毒
海洋中的病毒
沉積物中的病毒
土壤中的病毒
極端環境中的病毒
在生態系統中的重要性
病毒影響營養物質的再循環
病毒與寄主間的相互作用及其對微生物多樣性的影響
病毒影響寄主的基因轉移與進化
研究環境病毒的方法
病毒濃度的計數與測量
病毒的多樣性
結論
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9.大氣微生物學
引言
微生物的來源及時空分布
細菌
真菌
病毒
分析手段
統計學手段
空氣中微生物的存活模型
氣象學
大氣微生物樣品來源與採集方法
採樣方法
微生物樣品來源
最新進展
病毒
細菌
真菌
致謝
推薦閱讀
10.植物內生微生物
引言
內生真菌
一些常見的與草本植物相關的內生真菌
高羊茅內生真菌——Neotyphodium coenophialum
多年生黑麥草內生真菌——Neotyphodium lolii
毒麥草內生真菌——Neoty phodium occultans
豎針茅內生真菌——Neotyphodium chisosum
“醉馬草內生真菌”——Neotyphodium gansuense
“其他醉草”——Neotyphodium melicicola Association
森林刺蝟草內生真菌——Neoty phodium
南美“Huecu” 草內生真菌——Neoty phodium tembladerae
內生菌的生態影響
內生菌的無毒產物
內生菌是有生物活性的代謝產物之源
麥角菌生物鹼
吲哚-雙萜類代謝產物
對胺
黑麥草鹼
最新進展
未來內生真菌的分類
新內生真菌
菌絲生長的新機制
寄主的脅迫耐受機制和有防禦的互利共生
生物活性化合物
內生真菌研究的新鑑定技術
結論
致謝
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第二部分 各種不同微生物的代謝與習性
11.產甲烷菌
歷史概況
多樣性與系統發育
生境
種間H2轉運
淡水沉積層
厭氧反應器
海洋生境
反芻動物
蝕木白蟻
原生動物內共生體
人體內的定植
其他生境
生理與生化
分解代謝途徑
生物能學
生物合成途徑
分子遺傳
基因組結構
DNA複製、修復、修飾及代謝
基因結構與轉錄
RNA結構和翻譯
基因與基因組學
近期進展
結論
推薦閱讀
12.甲烷營養菌
引言
甲烷營養菌生態學與分類學
甲烷營養菌的生理生化特性
甲烷營養菌在生物技術領域的套用
後基因組學
推薦閱讀
13.微生物的光合作用
引言
發展史
光合生物的分類
光合作用發生的過程
光能的吸收與轉運
吸光載色體
聚光結構與能量轉運
水分解複合體
跨膜電子傳遞
電荷分離狀態的穩定性
影響電子傳遞速率的因子:馬庫斯(Macus)理論
光合反應中心
CBB(Calvin-Benson-Bassham)循環
不產氧光合作用
紫色細菌
綠硫細菌
螺桿菌
其他光合細菌
光合作用的進化
未來研究方向
致謝
推薦閱讀
14.碳同化作用的調控
引言
調控的必要性
兩期生長
全局調控與特定調控
信號與感應
碳同化途徑:中心碳代謝
糖酵解、Entner-Doudoroff和磷酸戊糖途徑
糖酵解與糖生成作用
PEP-丙酮酸-草醯乙酸-節點途徑
TCA循環和乙醛酸分支
氧化還原勢能,NADPH/NADH的平衡
培養基中碳源的吸收
細菌的磷酸轉移酶系統(PTS)
革蘭氏陰性菌大腸桿菌中的新陳代謝副產物阻遏
誘導物排斥
腺苷酸環化酶的激活
cAMP/CAP的轉錄起始調控
其他碳源利用的全局調控子
硬壁菌門菌枯草芽孢桿菌中的新陳代謝副產物阻遏
P-Ser46-HPr和誘導物排斥現象
CcpA和cre因子介導的新陳代謝副產物阻遏與調控
PRD(PTS 調控域)及相關蛋白對PTS的調節
甘油激酶對PTS的調控
其他細菌的碳調控和新陳代謝副產物阻遏
假單胞菌
天藍色鏈黴菌
谷氨酸棒桿菌
雙歧桿菌
結論
最新進展
推薦閱讀
15.微生物對重金屬的抗性
對砷的抗性
對汞及有機汞製劑的抗性
對銀的抗性
對鎘的抗性
對鉻酸鹽的抗性
其他細菌抗有毒金屬的系統
推薦閱讀
16.微生物的吸附
引言
微生物吸附的生物學意義
在水中的吸附
與植物的吸附
人體寄主上的吸附
微生物吸附機制
影響吸附的普遍生理生化因子
吸附子與特異受體機制
幾種具有代表性的特異吸附策略
菌毛介導對尿道中碳水化合物的吸附
對ECM組分的吸附
Curli菌毛介導的多目的吸附
微生物吸附在人類疾病中的作用
大腸桿菌與尿路感染(UTI)
銅綠假單胞菌與囊性纖維化患者(CF)
用吸附因子作靶標來抑制細菌的致病力
最新進展
致謝
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17.細菌生物發光
引言
細菌發光的生物化學
發光細菌的種及分類
發光細菌生境與生態
海洋
淡水
陸生
生物發光共生體系
細菌發光的調控
群感效應
生理調節
在細菌中發光的作用
細菌發光系統的進化
細菌螢光素酶在進化上的起源
基因複製
基因丟失
引進基因到lux操縱子
lux操縱子的水平轉移
自然形成的lux-rib操縱子局部二倍體
發光細菌的純化、保存和鑑定
結論
最新進展
發光細菌新種
生物發光共生體系
lux操縱子的水平轉移
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18.趨磁性
引言
趨磁細菌的普遍特性
趨磁細菌的純培養
未培養趨磁細菌
磁小體
趨磁生物物理學
趨磁性
趨磁-趨氧性
趨磁真菌
趨磁細菌與地球化學、地球物理學及太空生物學
趨磁細菌、磁小體、磁小體晶體在生物技術中的套用
展望
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19.群感效應
引言
革蘭氏陽性細菌的群感效應信號分子
肺炎雙球菌(S.pneumoniae)ComC小肽
糞腸球菌( Enterococcus f aecalis)FsrB/D小肽
金黃色葡萄球菌( Staphylococcus aureus)AgrD小肽
枯草芽胞桿菌(Bacillus subtilis)ComX和Phr小肽
乳酸乳球菌(L actococcus lactis)Nisin小肽
革蘭氏陰性細菌高絲氨酸內酯類(AHL)群感效應信號分子
費氏弧菌(V.f ischeri) LuxI/R
銅綠假單胞菌Las/Rhl 自誘導信號分子(AI-1)系統
根癌農桿菌(Agrobacterium Tume f acients)Tra信號系統
Pantoea stew artiiEsaI/EsaR信號系統
A cidithiobacillus f errooxidansAfeI/R信號
AHL依賴型信號通路的研究與群感效應信號分子AI-2的發現
哈氏弧菌(V.harveyi)和LuxS表達的AI-2信號分子
AI-2與霍亂弧菌(V.cholerae)
大腸桿菌(E.coli),鼠傷寒沙門氏菌(S.ty phimurium)與AI-2
luxS依賴的人口腔微生物間的相互作用
其他群感效應信號分子
AI-3/腎上腺素群感效應信號分子
日本慢生大豆根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)Bradyoxetin信號
銅綠假單胞菌喹喏酮類(PQS)信號分子
Ralstonia solanacearum的3-OH PAME信號分子
影響群感效應系統的胞外因子
通過群感效應信號分子與寄主相互作用
擴散的感應、有效的感應和未來的群感效應系統
群感效應信號研究會有什麼樣的前景
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20.趨化性
應激策略
非隨機行走
暫時感應與激活
記憶與適應
細菌行為的遺傳學
趨化突變株
大腸桿菌趨化相關受體蛋白的遺傳分析
Che基因
甲基化蛋白在細菌適應機制中的作用
趨化性對甲基化的需要
可被甲基化的趨化蛋白(MCPs)
MCPs受體蛋白感應與信號結構域的結構及功能組學研究
受體蛋白甲基化酶學
趨化作用的信號傳遞機制
受體蛋白——CheW-CheA信號複合體
驅動調節和反饋調控
系統發育的多樣性
細菌的群體運動
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第三部分 微生物的生存環境
21.酸性環境
極酸環境的來源及自然狀態
地熱區
礦物影響的環境
極端嗜酸菌的生物多樣性
酸性環境的初級產物
異養嗜酸菌
好氧及厭氧嗜酸菌
嗜酸微生物生長溫度和pH值的特點
原核嗜酸菌生理多樣性:特殊與普通微生物
嗜酸真核微生物
嗜酸微生物間的相互作用
互惠作用
協同作用
互營作用
捕食
競爭性互作
極酸環境的微生物生態
地熱區
酸性礦溪流及湖泊
酸性流、席和泥
前景與套用
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22.高溫環境
引言
高溫條件下的生命
分類學
嗜熱嗜酸菌
超嗜熱菌
熱穩定的機理
DNA
蛋白
細胞壁
高溫對生命的限制
超嗜熱菌培養研究
天然微生物集合體的實驗室研究
實地觀察
代謝和生長
二氧化碳和乙酸的同化
異養生物
呼吸作用
微生物與生存環境之間的關係
推薦閱讀
23.低溫環境
冷適應微生物的發現
早期的發現和相關術語
低溫深海環境的研究
其他低溫環境的研究
太空對生物的影響
冷適應的進化機制
地球上的冰川時期
冷適應的系統發育
冷適應的遺傳機制
冷適應的分子基礎
細胞膜的流動性
冷激活的酶類
冷休克蛋白
冷保護劑和胞外多聚物
結論:一個冷適應環境的模型
最新進展
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24.乾燥環境(包括隱藏於岩石內的生物)
引言
乾燥區域中的微生物群體
沙漠土壤中的微生物區系
生物結皮
棲息在岩石中的微生物
對乾燥環境的適應
水活度和水勢的概念
低水活度對單細胞微生物的影響
乾燥環境的適應機制
最新進展
生物結皮的形成模式
乾燥環境與太空生物學的關係
推薦閱讀
25.海洋環境
引言
海洋微生物生命的本質
海洋微棲息地的結構和分類
海洋微生物及其生長必需因子
海洋微生物的分布、豐度和生物地球學特徵
陽光、營養、水流和生物泵
隨時間和氣候變化的海洋棲息地
總結和展望
致謝
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26.高壓環境
引言
歷史和現狀
壓力的定義
地球和其他星球上的高壓環境
有關高壓環境的其他參數
高壓環境中微生物的調查和取樣所需的設備
實驗室研究所需的高壓裝置
細菌和古菌在高壓環境中的分布
高壓環境中微生物的性質
生長速率
PTk-圖
溫度和壓力角度上的細菌和古菌的生理分類
高壓適應的分子生物學和生物化學機制
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27.海底表層
引言
原核細胞的濃度和在海底深部沉積物中的分布
原核生物及其生長速率和潛在污染隨深度變化的大體趨勢
水的縱深和有機物的供給可以控制原核生物種群,但深部的理化層和岩層會刺激原核生物種群
地下岩層和深海蓄水層中的生物圈
白堊紀的岩層和油田以及與陸地的聯繫
深海地下原核生物的代謝狀態
原核生物的代謝和能量來源
新陳代謝
能源和碳源
深海生物圈的生物多樣性
可培養生物的多樣性
內生孢子對深海生物圈的貢獻
細菌和古菌分子生物學角度上的多樣性
硫還原、產甲烷以及厭氧甲烷氧化的原核生物
有關古菌與細菌間的分歧
生理上的適應性
深海生物圈的熱點
深海流體流量的介紹
深海沉積物中的氣體與水
白堊紀的岩層、腐泥和有機質富含層
深海高溫沉積物
油田
深海生物圈的重要意義
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28.深海火山口熱液和海底熱液口
海洋中部海脊中的熱液口
深海熱液口生命的化學合成基礎
化能無機自養細菌
獨立生存的化能無機自養細菌
共生的化能無機自養細菌
異養的熱液口細菌
高嗜熱古菌
化能無機自養古菌
異養古菌
深海熱液口未培養的古菌和細菌
與陸地熱液口的對比
奇特的熱液口:Loihi 、Guaymas 、Lost City
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29.淡水環境
概述
淡水濕地
濕地的類型和性質
微生物過程
微生物群落
人類活動引起的生物分布
湖泊
湖泊的類型和性質
微生物過程
微生物群落
人類活動引起的生物分布
溪水與河流
激流生態系統的性質
微生物過程
微生物群落
人類活動引起的生物分布
不同淡水環境的對比
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30.寡營養環境
寡營養的水體環境
寡營養水環境的相關參數
營養的運輸
微生物種群相關術語的定義
極端環境
環境的限制
氧氣
寡營養培養
寡營養培養的重要性
寡營養培養的原則
是否為專性寡營養細菌
不生長的細菌是死亡、休眠還是處於其他的狀態
寡營養細菌在低營養水體中的小生態環境
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31.水底沉積物環境
引言
什麼是沉積物
在哪裡可以找到沉積物
沉積物由什麼組成
沉積物的多樣性
覆水層的重要性
海洋沉積物
湖泊沉積物
沉積物採樣和描述
孔隙水
孔隙度和彎曲率
沉積物性質
沉積物的氧化還原預算
沉積物中的微生物輸入
沉積物中的微生物
微生物生態學有關的沉積物屬性
沉積物中的微生物數量
由微生物活動產生的化學梯度
沉積物的化學剖面(分層的微生物群落)
什麼是LMC?
沉積物/溶質遷移速率
從化學分層可否預測微生物種群
大型土壤動物的活動對分層的擾亂
化學梯度的交叉
貧營養沉積環境
地下沉積微生物學
沉積物的古生物化石性質:岩石記錄
淺水中的沉積物及光線影響
結論
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32.植物根際環境
根際的歷史描述
根際的一般特徵
根際和散土的主要區別
根際對植物生長的重要性
根際效應的測量
根際土壤中的微生物多樣性
典型根際微生物的營養和培養策略
根際中的根系分泌物和根際沉積
根際的體積和空間度量
根系微生物定植的直接鏡檢
早期的顯微研究
現代顯微技術對根際的研究
根際微生物分子生態學研究
核糖核苷酸序列的套用
微陣列技術
案例研究:利用功能基因陣列和16S rDNA序列分析研究氣候變化對根際微生物生態的影響
案例研究:利用穩定同位素探針技術分析根際中的生物修復過程
根際微生物群落對植物的影響
微生物對植物的負面影響(致病性)
微生物對植物的正面影響(有益)
本章小結
致謝
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第四部分 生物地球化學循環及影響
33.氮循環
引言
生物氮循環
銨同化
銨運輸
GS-GOGAT途徑
銨同化的替代途徑
銨同化的調節
生物固氮
固氮酶
固氮調節
植物共生固氮與聯合固氮
硝酸鹽同化
硝酸鹽吸收系統
同化硝酸鹽還原酶(Nas)
Nir的同化
硝酸鹽同化的調節
反硝化
反硝化硝酸鹽還原酶(Nar和Nap)
反硝化Nir
Nor和Nos
硝酸鹽呼吸和反硝化的調節
硝化
厭氧氨氧化
氮循環中的其他過程
氮的礦化
硝酸鹽異化還原為銨(硝酸鹽氨化作用)
含氮化合物的脫毒
氮循環的生態和環境特徵
氮循環的演變
最新進展
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34.磷循環
引言
磷循環的全球意義
環境磷庫的表征和測量
磷的來源、匯集和運輸途徑
微生物介導的過程
風化侵蝕
溶解
礦化
固定
微生物介導的遺傳調控過程
人為改變的磷循環:水生生態系統富營養化
結論
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35.硫循環
行星硫通量
微生物硫循環
微生物硫酸鹽還原
微生物硫氧化
有機硫化合物的轉換
生態系統內的硫循環
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環境後果
技術套用
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36.一些氧化還原活性金屬的循環
引言
As75
砷生物地理循環
砷吸收系統
砷呼吸
砷脫毒
CU63
簡介
MCOs對一價銅的氧化
一價銅的還原和探測
MN55
簡介
二價錳氧化為三價錳或四價錳
四價錳的還原
SE80
簡介
硒的還原
亞硒酸鹽(和硒代半胱氨酸)甲基化為二甲基硒化物或二甲基聯二硒化物
致謝
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37.重金屬污染物:環境污染和生物技術的套用
引言
重金屬污染物對環境的影響
環境中的重金屬
重金屬對微生物種群的影響
重金屬毒性對環境的改造
微生物的重金屬解毒機制
生物技術在重金屬污染中的套用
微生物過程對金屬的移除和恢復
金屬溶解
金屬固定
金屬、非金屬和有機金屬之間的轉換
小結
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第五部分 生物技術論壇
38.生物侵蝕—包括文物的生物侵蝕生物侵蝕
生物侵蝕
非生物因素
生物侵蝕的機制
引起生物侵蝕的細菌
細菌(真細菌和古菌)
文物維護相關材料
無機材料
有機材料
混合材料
控制和預防生物侵蝕的方法
生化方法
生物方法
物理方法
機械方法
化學方法
最新進展
致謝
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39.生物感測器
引言
生物感測器的概述
定義
理想生物感測器的特徵
分析方法
生物感測器的識別元件
抗體
酶
有特異結合性質的蛋白/多肽
核酸
細胞表面受體/糖蛋白、糖脂/糖原
全細胞
仿生材料
生物感測器的傳導機制
電化學
質量
熱學
光學
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用於環境監測的細菌生物感測器
用於食品的生物感測器
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結束語
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40.無菌或無外來污染的動物
引言
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飲用水中的化學成分
民用、商用以及工業廢水的化學成分
雨水收集系統和滲透廢水的化學成分
水收集系統中生物和非生物反應產生的化學組分
為控制廢水的氣味和腐蝕而加入到廢水中的化學成分
廢水處理後殘留的化學成分的影響
廢水處理等級
廢水消毒的副產物
替代參數的使用
廢水處理中新出現的化學成分
廢水處理系統中納米顆粒和納米材料的潛在毒性
最新進展
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46.飲用水
引言
用於飲用水中微生物監測的指示菌
美國環保局飲用水法規
總則
美國總大腸桿菌標準(TCR)
地表水處理要求
地下水規則
其他國家的規則和指導方針
水源、水的處理和輸送
水供給的來源
水的處理
水處理過程中的微生物
水輸送系統
其他的水源
瓶裝水
應急飲用水
水處理中使用端和輸出端(POU/POE)
開發中國家的民用水處理
其他與水處理相關的議題
飲用水中微生物的多樣性
水源的保護
國土的保護
總結
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47.太空飛行器上的微生物
行星保護(PP)政策與實踐
微生物多樣性研究的方法
太空飛行器配置潔淨室的特點
太空取樣以及樣品處理技術
基於培養的方法
不可培養微生物的評估
太空飛行器及其表面生物負荷和生物多樣性
太空飛行器配置設施中微生物的群落分析
幾個模擬太空太空飛行器環境下分離的細菌的抗性特證
幾次太空發射環境下的微生物群落結構
“頑強”細菌全基因組序列分析的意義
結語
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48.生物戰爭
引言
歷史回顧
公元前300~1925年
1925年~1990年
1990年和當代的發展
國際公約
1925年的日內瓦議定書
1972年的聯合國公約
歷史會議回顧
美國有關細菌戰法律法令節選
當今有關細菌戰的研究項目
當今的議題
基因工程
流行病學的數學模型
小規模衝突
恐怖主義
細菌戰進攻與防守的研究
細菌戰相關研究的保密性
查證細菌戰碰到的問題
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索引