甘肅醫學院基礎教學部是2003年7月成立的二級教學管理部門，集教學、科研、社會服務為一體。下設病理學、生理學、藥理學、生物學、生物化學、人體解剖學與組織胚胎學、病原生物學、醫學免疫學、臨床檢驗共9個教研室和4個教學團隊。承擔5個本科專業和11個專科專業、總計31門課程的教學任務。
2019年1月份，甘肅醫學院基礎教學部網站顯示，基礎教學部現有專任教師52人，其中教授10人，副教授15人；主任醫師1人、副主任醫師1人；碩士研究生22人，在讀博士1人； 40歲以下的青年教師30人；雙師型教師26人；省級教學名師2人，校級教學名師17人；一級學科帶頭人1人，二級學科帶頭人6人，專業帶頭人2人。
