衝突始於2004年，當時的緊張局勢，根植於巴基斯坦陸軍在瓦濟里斯坦山區（聯邦直轄部落地區）搜尋基地組織戰士演變成武裝抵抗。巴方的行動被認為是對國際反恐戰爭的貢獻。2008年-2010年，衝突進一步在統一的巴基斯坦軍方和與阿拉伯武裝分子結盟的中亞激進組織間爆發。外部武裝分子在阿富汗戰爭西線加入巴基斯坦非退伍軍人，隨後成立了塔利班及伊斯蘭軍等其他好戰的龐大組織，並在1992年成立執行先知法典運動。
戰爭耗盡了國家的人力資源，巴基斯坦加入美國領導的反恐戰爭，又給本國經濟帶來深刻影響。根據財政部的統計和數據蒐集調查，作為“前線國家”，自2001年以來，經濟遭受直接和間接損失達679.3億美元。根據財政部發行的《2010-2011年度巴基斯坦經濟調查報告》，“巴基斯坦的產值從未有過如此有毀滅性的社會和經濟動盪，甚至是1971年對印度直接宣戰。”
