特種基金是施工企業按照規定的取費標準向建設單位收取，用於特定用途的資金來源。是工程預算造價的重要組成部分。主要包括：(1) 臨時設施包乾基金。指施工企業按工程預算成本的一定比例向建設單位收取用於搭建施工生產和職工生活所必需的各種臨時設施的資金來源。它獨立於工程成本之外，由施工企業自行安排，量入為出，以收抵支，包乾使用，其收取方法主要有兩種：一是按照各地區規定的取費標準向建設單位預收，年終進行結算。二是按照施工組織設計的規劃，編制臨時設施預算，經有關部門審批後，向建設單位收取。臨時設施基金如有多餘時，可根據市政和建設部門的統一規劃，並經地區計畫部門綜合平行審查同意後，納入年度自籌資金基本建設計畫，修建必要的永久性或半永久性建築。建成以後，按照固定資產管理。
(2)勞保基金。指施工企業按照工程預算成本的一定比例向建設單位收取的用於職工勞動保險的資金來源。根據勞動保險條例的規定，勞保基金的使用範圍一般包括離退休職工的離退休金和醫藥費、六個月以上的長期病假人員的工資及工資附加費，職工死亡喪葬補助費、撫恤費和有關勞動保護的各種費用支出等。特種基金的收取方式主要有兩種：一是列入“工程價款結算帳單”隨同工程價款一併收取，二是不列入“工程價款結算帳單”而單獨向建設單位收取。施工企業收取的特種基金，應專戶儲存。要堅持專款專用，先取後用的原則，劃清資金界限，並按照規定的範圍支用。在施工企業會計中，特種基金的收取和支用應通過“特種基金”帳戶進行核算。貸方登記按規定向建設單位收取的各項特種基金; 借方登記按規定用途支用的特種基金，期末餘額為結存的特種基金。還應按特種基金的種類設定明細帳，進行明細核算。
