瀋陽醫學院醫學基礎部創建於1958年。2006年7月，根據學院整體發展的需要調整成為基礎醫學院。50年來，基礎醫學院的幾代教師嚴謹治學，敬業守道，勤於奉獻，勇挑重擔，在沈醫的發展史上鐫刻下了奮鬥的篇章。
目前，基礎醫學院共有教職工144人，其中，教授21人，副教授30人，講師28人，助教23人，教輔和其他人員42人。基礎醫學院下設：醫學檢驗系、醫學生物技術工程中心（由生物化學研究室、分子生物學研究室、藥物開發研究室、醫藥保健品研究室、微生態學研究室、病理研究室、藥理研究室、毒理研究室等組成）、化學教研室、解剖學教研室、組織學與胚胎學教研室、生物化學與分子生物學教研室、生理與病理生理學教研室、病原生物學教研室、免疫學教研室、病理學教研室、藥理學教研室、中心實驗室、機能中心實驗室、形態中心實驗室、學生科和辦公室（教務科）等16個部門，承擔著臨床（英文）醫學、預防醫學、眼視光學、醫學影象學、醫學檢驗學、護理學、麻醉學、口腔醫學和公共事業管理等10餘個專業的醫學基礎課程，以及大量的科研工作和學生管理工作。
近幾年來，伴隨著瀋陽醫學院的日益發展和壯大，基礎醫學院在以“教學為中心，科研為先導”方針的指導下，在上級黨政領導的正確引領下，在全體教師的共同努力下，各項工作也取得了長足的進步。
2003－2006年間，病理學、組織學與胚胎學、生理學被評為遼寧省精品課程，生物化學被評為遼寧省優秀課程，藥理學、醫學微生物學被評為院級精品課程；2005年，榮獲遼寧省優秀教學成果一等獎1項，遼寧省優秀教學成果二等獎1項，遼寧省優秀教學成果三等獎2項。同時，我們尚承擔中國高等教育學會教研課題2項，遼寧省“十一五”規劃教研課題6項，學院教研課題11項；發表教研教改論文60餘篇。
本著集中優勢，突出特色的原則，基礎醫學院實施了學科整合戰略，著重加強“呼吸道微生態學”等研究方向的建設。2005年，病原生物學、病理與病理生理學、生物化學與分子生物學、生理學被學院評為重點學科,並參加了碩士授予權的申報。其中，病原生物學的專家同意率為100%。幾年來，我們先後榮獲遼寧省科技進步二等獎1項，瀋陽市科技進步三等獎3項；承擔國家自然基金項目4項，省部級（教育廳）科研項目17項，瀋陽市科技計畫項目31項，累計獲得科研經費近300萬元；發表學術論文近300篇（其中，SCI收錄14篇）。上述這些成績的取得，也與我們主動汲取院士工作站的工作指導密不可分。
在學院的重視和支持下，基礎醫學院不斷加強師資隊伍建設，積極推行人才培養工程。目前，基礎醫學院已有博士16人，碩士57人；在讀博士18人，在讀碩士18人；具博士後工作經歷者4人，具出國研修經歷者28人；中國醫科大學和吉林大學兼職碩士生導師17人。同時，基礎醫學院尚有國務院政府特殊津貼專家2人，遼寧省優秀科技工作者1人，瀋陽市勞動模範稱號者2人，瀋陽市優秀專家1人，瀋陽市十佳科研尖兵1人，瀋陽市師德先進個人2人，瀋陽市優秀教師2人，瀋陽市百佳科技能手1人,瀋陽市教科系統“三育人”標兵1人,遼寧省優秀青年骨幹教師6人,瀋陽醫學院“十大育人”標兵4人，“十大教學”標兵2人。
幾年來，學院始終對我們的建設給予高度的重視，相繼為中心實驗室、機能中心實驗室、形態中心實驗室、解剖學實驗室投入了大量的現代化的科研儀器設備和教學儀器設備，較好地搭建起了我們教學工作和科研工作的舞台，孵育出了多項省、市級科研成果，奠定了多項重大教學研究和科學研究的基礎，擴大了我們對外交流的影響。
歷史的積澱為我們夯實了發展的基礎，“迎評”和“申碩”工作賦予了我們發展的契機。基礎醫學院將加快建設，開拓創新，努力實現“建設謀發展，眾志鑄輝煌”之目標。
