漁政管理費審計是對水產系統設定的漁業指揮、湖泊管理、船舶管理、海難救助船、漁政管理船、漁用電台、航標燈塔等機構設施的人員經費、業務費和設備購置費支出的審計。
審計的重點內容是: (1)漁業指揮經費。①有無用事業費擠占專用資金現象,有無將專用資金存款利息用於事業費開支。②有無亂髮崗位津貼、擅自提高補助標準問題。③有無擅自購置控購商品問題。④漁業電台服務費收入有無沖減經費支出,列入預算外資金中。(2)船舶檢驗和漁港監督經費。①有無不按規定濫開臨時工工資和補助性工資,有無任意擴大福利開支。②有無將公務費和業務費支出轉到預算外。③嚴格審查控購政策執行情況。