溫州醫科大學口腔醫學研究所前身為口腔材料實驗室和口腔正畸實驗室，始建於2002年12月。2012年10月建立口腔醫學研究所。本研究所目前有口腔生物材料實驗室一、口腔生物材料實驗二、口腔細胞生物學實驗室、口腔分子生物學實驗室、溫州醫科大學生物醫藥科研樓新建口腔醫學實驗室。截止2016年，實驗室已擁有相對獨立的科研用房690平方米，科研儀器設備總值850餘萬元。
溫州醫科大學口腔醫學研究所的主要研究方向為口腔新型修復材料的研發及套用，口腔（常見）疾病發生機制和相關治療藥物的研究，組織工程和再生醫學研究，醫用體內植入器械的研究，口腔藥物緩釋載體研發。
溫州醫科大學口腔醫學研究所除承擔本院醫師、研究生和院外的科研項目外，還承擔了我院口腔醫學本科生歷年的“挑戰杯”大學生課外學術科技作品競賽、“大學生創新活動計畫（新苗人才計畫）”等學生創新科研項目。實驗室承擔課題共36項，其中國家級基金項目7項、省級基金項目14項，市級基金項目15項，研究經費總計約390萬元；科研人員以第一作者或者通訊作者發表學術論文總計94篇，其中SCI收錄53篇；授權專利9項；主編國內專業教材4部，參編國內專業教材4部。同時，本研究所積極拓展與國內外交流與合作。
溫州醫科大學口腔醫學研究所已與美國羅瑪琳達大學、美國太平洋大學、荷蘭阿姆斯特丹大學及澳大利亞昆士蘭大學等10餘所學校建立了良好的合作意向及戰略合作夥伴關係。
