準噶爾褶皺系（Junggar fold system）為一華力西褶皺系。西南以比艾比湖深斷裂與天山褶皺系相鄰。奧陶系、志留系有較典型的蛇綠岩套，泥盆系和石炭系則為以安山岩為主的火山岩及火山碎屑岩建造。中、晚石炭世地槽自北而南逐漸封閉，早二疊統為磨拉石，晚二疊世陸相碎屑岩系構成後華力西地台蓋層。對準噶爾盆地基底性質的認識意見尚不一致，有人認為基底屬前古生代，構成準噶爾地塊；有人則認為基底大部仍為華力西褶皺。
